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python - 计算从集合节点到所有其他节点的最短路径，其中一些节点被禁止进入路径
我想在 Python 中实现以下内容，但不知道从哪里开始。这种类型的最短路径问题是否有好的模块？
我试图在给定的 xyz 坐标集合中为 3D 化学结构（图表）定义从特定原子（节点）到所有其他原子（节点）的最短路径。原子（节点）之间的键是允许从一个节点到另一个节点的移动的边。
我试图根据从选定中心节点向外的连接性从分子（图）中过滤掉某些原子（节点）。
**对于考虑的路径，我想禁止某些原子（节点）被交叉。如果从 A 到 B 的最短路径是通过禁止节点，则该答案是不允许的。从 A 到 B 的最短路径不能包括禁止节点**
如果从所选中心原子 (A) 到另一个其他节点 (B) 的最短路径包括禁止节点，并且没有通过可用边（键）从 A 到 B 的其他可用路径，则应从节点 B 中删除要保存的最后一组 xyz 坐标（节点）。
对于结构（图）中的所有其他原子（节点），应该对 A 到 C、A 到 D、A 到 E 等重复此操作。
提前感谢您提供的任何帮助。
chemistry - InChI可以代替指纹用于化学结构搜索吗
我认为使用 InChI 的主层、电荷层和立体化学层（InChI String），我们仍然可以比较化学分子结构搜索（Similarity and Substructure search），但是为什么大多数应用程序都使用化学指纹进行相似性搜索或子-结构搜索。InChI 中缺少可通过化学指纹（如日光或任何其他指纹）获得的内容
regex - 如何使用正则表达式来识别化学式中的氢数？
我应该使用哪个表达式来识别化学式中的氢原子数？
例如：
C40H51N11O19 - 51 个氢
C2HO - 1 氢
CO2 - 无氢（空）
有什么建议么？
谢谢！
干杯!
python - 化学表示 - SNL 到 SMILES
我想知道是否可以使用 Python 将 SYBYL Line Notation (SNL) 转换为 Smiles？
N-甲基吡咯烷酮的例子：
我还没有找到任何使用 RDKit 的解决方案 :(
python - 来自图表的微笑
是否有将图形（或邻接矩阵）转换为 SMILES 字符串的方法或包？
例如，我知道原子是[6 6 7 6 6 6 6 8] ([C C N C C C C O])，邻接矩阵是
我需要一些功能来输出'CC1=NCCC(C)O1'。
如果某些函数可以输出相应的"mol"对象，它也可以工作。RDkit 软件有一个'MolFromSmiles'功能。我想知道是否有类似的东西'MolFromGraphs'。
python - 将分子名称转换为 SMILES？
我只是想知道，有没有办法将 IUPAC 或常见的分子名称转换为 SMILES？我想这样做，而不必使用在线系统手动转换每一个。任何输入将不胜感激！
作为背景，我目前正在使用 python 和 RDkit，所以我不确定 RDkit 是否可以做到这一点，我只是不知道。我当前的数据是 csv 格式。
谢谢！
python - 化学反应功能中的不同限制供体
我有几个相互关联的化学反应。每个反应都有 3 个可用的供体之一，这些供体正在被消耗，因此最终它们为 0，当这种情况发生时，反应无法执行。
因此，例如，如果供体 B 的浓度很小，并且在第一个反应中被消耗，则第三个反应无法执行。
我通过excel阅读它们。
我不知道如何输入供体浓度，每次供体为“B”时，供体浓度减1。例如，如果B的浓度为1，则只能发生第一，第二，第五反应，但不是第三次和第四次。
也许我需要做一个遍历所有捐助者的 for 循环，当它找到它时，从前一个中减去。
rdkit - 有没有办法显示 rdkit.Chem.rdmolops.GetAdjacencyMatrix 中的原子索引？
我正在尝试将化合物从 mol 转换为邻接矩阵。但是，我遇到了一个问题，即 rdkit.Chem.rdmolops.GetAdjacencyMatrix() 不提供邻接矩阵的原子索引。有没有办法在 rdkit 中包含邻接矩阵的索引数据？
rdkit.Chem.rdmolops.GetAdjacencyMatrix((Mol)mol)
python - 如何从 SMILES 分子表示中生成图形？
我有一个用 SMILES 字符串表示的分子数据集。我试图将其表示为图表。有没有办法这样做？例如，假设我有 string CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，有没有一种通用的方法可以将其转换为图形表示，即邻接矩阵和原子向量？我从图表中看到解决SMILES 的问题，我知道rdkit有MolFromSmiles，但我找不到从 SMILES 字符串中获取图表的东西。