问题标签 [ape]

我正在画一个系统发育树，我想在已灭绝物种的尖端添加类似“死亡符号̈́̈́”（例如头骨）的东西。

我还想在用点标记的分支时间（例如 $\Delta t_i$ 或数字）中添加一个带有乳胶符号的 x 轴条。

我目前拥有的是这棵树。在这种情况下，我想在绿色虚线之后添加死符号。

我正在尝试制作一个 Web 应用程序，它将动态地通知用户服务器（php/mysql/apache）中发生的动态变化。

我试图通过 APE（推送）服务器实现解决方案，但文档很差，示例不可用。

有谁知道可以实施来解决这个问题的解决方案？

我忘了补充，因为用户太多，他们需要不断检查服务器上的当前状态 AJAX 不是最佳解决方案。AJAX 是首选，但我们必须替换它。

我有一个dendrogram：

并给出一个深度截止：

我想切断该截止点右侧的所有分支。

我想切断虚线右侧的所有分支：

最后得到这个dendrogram：

我得到的最接近的是使用ape's drop.tip，但问题是如果 mydepth.cutoff包括所有叶子，如本例所示，它返回NULL.

也许有人知道我是否以及如何从nested list代表我的元素中删除元素（dendrogram如果它们depth在下方）depth.cutoff？

或者，也许我可以将 转换dendrogram为 a data.frame，其中还列出了depth每个node（包括将具有 = 0 的叶子），从 thatdepth删除所有行，然后将其转换回 a ？depth < depth.cutoffdata.framedendrogram

我目前正在使用猿包。我的想法是提取与每个节点相对应的提示标签以及节点之间的距离。我怎样才能做到这一点？

非常感谢你的帮助

我正在尝试对包含相同分类群的两棵树进行系统发育比较。我想根据隔离站点为连接着色。我原以为我已经成功地完成了这项工作，但我的工作流程出现了错误，即彩色线条与隔离部位不准确对应。我想知道您是否有任何见解，请在下面找到我的可重复示例。

就目前而言，这是我当前的输出：

我有一个有 4 列的表，我想提取第 1 列和第 3 列来制作一个字符向量。我的目标是为系统发育图定义颜色

我已经尝试过这里的建议，但它没有给我想要的东西。 将数据框的两列转换为命名向量

当我执行命令来绘制系统发育时，向量中提供的颜色矩阵不符合要求。颜色与我在表格中的颜色不符。

有关更多信息，请参阅我以前的线程 我想使用猿中的 cophyloplot 为缠结图中的线条着色。争论"col=" states a character vector indicating the color to be used for the links; recycled as necessary

当我有一棵树和一些节点信息存储在表中时，我想删除提示，并相应地修改表。因此，需要一个在列节点中具有正确新编号的新表。

我正在使用 R 包ape来绘制系统发育树。显示的一些标签对我来说并不直接感兴趣（例如，“CAN”，见下图），其中一些是重叠的（例如，“B10”、“D1”或“D3”）。这个想法是：（1）找到一种方法来防止某些标签被显示，或者（2）减小字体大小以使标签更具可读性。

这是我用来绘制树的代码：

这是dput()矩阵Matrix_Distance：

我有一个在终端仿真器（Telnet）中运行的程序，我需要一种从它打开网站的方法。我一直在探索制作一个应用程序，该应用程序可以从 telnet 会话中侦听 XML 的网络端口并启动它要求的任何网站。这是 APE 服务器可以做的事情，还是 APE 只能在现有浏览器中运行？

R 中的 phylo 对象可以具有内部节点标签 ( phylo_obj$node.label)，但许多 R 函数使用节点编号而不是节点标签。甚至 phylo 对象本身也使用节点编号来描述边 ( phylo_obj$edge)，并且似乎没有将内部节点标签直接映射到用于 的这些节点编号phylo_obj$edge。如何将节点标签（例如，“NodeA”或“Artiodactyla”）映射到节点编号（例如，250 或 212）？我找不到任何 R 函数或通常关于此的任何文档。