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文件 gopher.D 的 colnames 是 V1-V15，文件 lice.D 的 colnames 是 V1-V17，但是表明 gophers 和 lice 之间关联的 HP.links 包含 gophers 或 lice 的特定名称。我想知道 V1-V15 是否代表地鼠名称的顺序，而 V1-V17 是否代表文件 HP.links 中虱子名称的顺序？或者它们只是地鼠/虱子名称的随机顺序？

我有一个用于创建关联文件的矩阵：

创建一个 ```mt```` 的关系文件（格式标准 - 分类矩阵）我正在使用：

这将导致：

但是，我想在我的 NEXUS 文件中也有 CHARSTATELABELS。例子：

此外，您可以看到符号未显示正确的编码状态。右边是符号 =“012345”，而不是最初描述的 0 到 9。如何包含CHARSTATELABELS和正确的 ** 符号**？

我根据表型特征做了一棵树，例如：species1 2102102 species2 1101210，其中数字是特征的表示。我计算了汉明距离，然后将它们归一化。接下来，我创建了一个 NJ 树，然后使用了这个函数：https://augix.github.io/wiki/Make%20trees%20in%20R,%20test%20its%20stability%20by%20bootstrapping.html 这是输出：新泽西树

现在我想使用ggtree，但我不知道如何根据我的距离将这些引导值添加到正常的 NJ 树中。boot.tree问题是当函数的输出只有 9 个数字时，有 20 个节点。代码：

我的目标是在用户单击浏览器的刷新按钮时执行一些 javascript 操作。

我试过了：

函数和全局变量声明

页面加载时执行

我知道“addEventListener”工作正常，但该事件不是正确的。

我也尝试过“在刷新之前”进行动态操作，但我无法将它与页面级别相关联，只有项目/区域等。

我正在分享与主坐标分析 (PCoA) 中的复杂特征值相关的问题。非常感谢任何帮助！

目的：在系统发育距离矩阵上执行 PCoA -> 在回归模型中包括排序轴，以说明植物物种（n = 1013 种）之间的系统发育相关性。

输入数据：系统发育距离矩阵，通过将cophenetic()函数应用于有根和时间校准的系统发育而获得。结果是一个 1013 x 1013 矩阵，主对角线为 0。输入矩阵是对称的（根据isSymmetric()）并且不包含复数（根据any(is.complex()）。也没有NA。请参阅以下某些物种的子集：

最小可重现示例：我创建了重现错误消息的距离矩阵的子集。它是 txt 格式，您可以在 R 中加载read.table("you_path/distance.matrix.subset.txt", header = T, row.names = 1, sep = " "). 在此处下载（GoogleDrive）。

问题：错误消息表明执行 PCoA 时产生了复杂的特征值（如果我正确理解错误）。我使用ape::pcoa()默认设置（ape版本 5.4.1）。

对此错误消息elsehwere进行了一些讨论，但我还没有找到解决方案。

stats::cmdscale()有趣的是，如果我使用（stats版本 3.6.3）执行 PCoA，我不会收到任何错误消息。此外，我最近对一组较小的物种（n = 79）做了同样的程序，使用ape::pcoa().

非常感谢您的任何帮助和/或见解！我是 Stack Overflow 的新手，所以请不要犹豫，告诉我如何使问题更易于理解，或者是否需要其他信息。

干杯!

cophylo我已经使用in 函数面对面绘制了两个系统发育树phytools，并希望根据它们的标签为节点和尖端标签着色。

提示标签示例：

_

我想根据第一个字母为节点和提示标签着色。例如，以“A”开头的节点和提示标签为绿色，以“D”开头的为蓝色，以“F”开头的为黄色等。

我发现的最接近的示例是根据其分支长度或引导程序（使用颜色渐变）为节点着色。

是否可以根据提示标签着色？或者也许为关联文件中的每个节点手动添加颜色标签并相应地为它们着色？

谢谢！

R 包ape允许我们创建DNAbin包含有关 DNA 序列比对信息的类对象的图。

假设我有一个名为myDNAbin. 我可以用

生成序列比对图。我可以为这个情节添加自定义标题吗？

常用参数如

似乎不起作用。

我想在 R 中生成一个圆形分支图。我正在尝试使用 ape 包并且可以生成如下内容：

现在我对这里的边缘看起来并不满意。我试用了evolview网络服务器，它让我得到了这样的东西，它看起来好多了，尤其是在边缘方面。

任何人都可以建议其他 R 包或使用 ape 包的不同方法，以获得与 evolview 树类似的结果吗？

当我尝试将 tibble 转换为树（treedata或phylo）对象时出现错误，即使 tibble 最初是由树生成的。参见示例：

它要求 'unique(parents[!(parents %in% children)])' 返回一个非零向量，但这与根节点本身的性质相矛盾：

例如 tidytree:::rootnode.tbl_tree 将根定义为具有 parent==node 的节点

^{由reprex 包（v1.0.0）于 2021-06-04 创建}

我正在尝试使用 phylocomr 包中的 ph_pd() 计算系统发育多样性。我有一个 nexus 格式的 phyllo 文件，这是我从从 bridtree.org 下载的 1000 棵树池中获得的共识树，然后使用导出

我还有我的示例文件（.csv），其中包含三列和列表作为分隔符，看起来或多或少像这样

可以在手册中找到使用 ph_pd() 的示例：

因此，我尝试像这样计算样本的 pd：

我收到以下错误：

在计算这个指数时，我已经克服了几个错误，但这就是我在被卡住之前已经走了多远。一些同事建议问题可能来自我的文件和示例文件之间的分隔差异（我的是表格），但我不明白如何破解或修复它。

如果有人可以提出解决方案，将不胜感激。