cophylo
我已经使用in 函数面对面绘制了两个系统发育树phytools
,并希望根据它们的标签为节点和尖端标签着色。
plot(cophylo(T1RnB,T2RnB,assoc=assoc))
提示标签示例:
A|A.han
A|D.ehr
D|M.gem
F|P.pri
F|P.sig
_
> write.tree(T1RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)7,D|M.gem)1,(F|P.sig,F|P.pri)67)6;
> write.tree(T2RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)40,(F|P.sig,F|P.pri)100)46,D|M.gem)9;
> assoc
1 A|A.han A|A.han
2 A|D.ehr A|D.ehr
3 D|M.gem D|M.gem
4 F|P.pri F|P.pri
5 F|P.sig F|P.sig
我想根据第一个字母为节点和提示标签着色。例如,以“A”开头的节点和提示标签为绿色,以“D”开头的为蓝色,以“F”开头的为黄色等。
我发现的最接近的示例是根据其分支长度或引导程序(使用颜色渐变)为节点着色。
是否可以根据提示标签着色?或者也许为关联文件中的每个节点手动添加颜色标签并相应地为它们着色?
谢谢!