我正在尝试以与使用包“ape”绘制树时相同的“样式”绘制凝聚聚类（带有 Agnes 的 UPGMA）的结果。我在下图中包含了一个简单的示例

关键问题是我希望能够根据叶子标签中的 a 模式为树状图的叶子着色。我尝试了两种方法：要么我使用，要么hc2Newick使用 Joris Meys 在Change Dendrogram Leaves 的答案中提出的代码。两者都没有给出令人满意的输出。可能是我也不完全理解树状图的构建方式。abundance.agnes.ave可以在https://www.dropbox.com/s/gke9qnvwptltkky/abundance.agnes.ave上找到对象的 ASCII 保存（从运行 agnes 中存储） 。

当我使用第一个选项（hc2Newick 来自 bioconductor 的ctc包）时，我在使用此代码时得到下图：

这显然不理想，情节的“对齐”不是我想要的。我想这与分支长度计算有关，但是我不知道如何解决这个问题。当然，与 colLab 函数的结果相比，它看起来更像是我想要报告的树状图样式。此外，use.edge.length=T在上面的代码中使用确实会给出一个未正确“对齐”的聚类：

使用 Joris Meys 的 colLab 函数和以下代码的第二种方法给出了下图

这个情节越来越接近我想要的，但是我不知道为什么叶子上会出现空心圆圈以及如何去除它们。

任何帮助深表感谢。

亲切的问候，

调频

如何将 mp3 音乐文件转换为 APE？将 APE 转换为 mp3 很容易，但我不知道如何将 mp3 转换为 APE。

我在我的应用程序中使用 APE（Ajax 推送引擎）。应用程序和猿服务器之间的连接是内联推送。而且我只使用 APE 向客户端广播消息。即客户端不向应用程序或彼此发送消息。

我的问题是：APE-Server 是同步还是异步处理推送请求。即，如果我发送消息推送到 APE-Server，

1. APE-Server 是否立即响应应用程序，然后将消息推送到客户端？（异步）或
2. APE-Server 在将消息推送到客户端后（同步）是否响应应用程序

我问这个，因为有时 APE-Server 对应用程序的响应持续很长时间（有时超过 1 分钟）。

提前致谢。

我正在尝试将一个点投影到现有的 PCOA 空间（在 R 中）。我的印象是这一定是可能的，但我不知道该怎么做。

这是我已经走了多远（一个玩具示例）：

双图生成我想要的表示。现在，给定一个新点 P=(x,y,z) 我想将它投影到上面的空间中。我需要这个并且不能简单地将这个点添加到原始矩阵的原因是这个新点将是一个异常值并且会改变原始空间的投影。我想知道这一点相对于未受污染的表示在哪里结束。

另请注意，我实际上并没有使用欧几里得距离，所以做 PCA 不是一种选择。

我正在为 Android 上的聊天编写 APE 协议的实现。当我发送连接请求时，答案是：

我的 POJO 是：

解析 JSON 时出现异常：

所以例外是：UnknownLengthHttpInputStream。也许这可能是问题所在：来自服务器的响应内容类型是 text/html （我无法更改），所以我使用 -method 将此类型添加到 Jackson 转换器支持的媒体类型。这可能是错误的原因吗？

我正在为 Android 中的聊天编写 APE 协议的实现。在一种情况下，我需要发送一个请求，该请求会保留在服务器上，直到我发送另一个请求（然后服务器返回对第一个请求的响应）。

如何使用 Robospice 正确执行此操作？我将库设置为使用 2 个线程，但它不能正常工作 - 一些第一个请求运行良好，但一段时间后 Robospice 说 -request added to queue但请求没有发送。

我附上我的日志：

我使用此代码执行第一个请求，然后每 10 秒启动一个循环执行下一个请求：

任何想法为什么它不能按预期工作？

我正在尝试将 Helicon Ape 的 mod_xsendfile 与 Railo 服务器（Windows 2012 R2）一起使用。mod_xsendfile 功能正常，它与 PHP 一起工作正常，它传递文件并将内容长度值也传递给浏览器。无论文件大小如何，PHP 都没有发现文件大小限制，也没有大量使用服务器内存。

Railo 显然是第一次尝试。

这不起作用。它返回一个空白文件；Helicon Ape 没有生成错误日志，因此可以安全地假设 Header X-Sendfile 没有正确传递到 IIS/。

第二次尝试

这适用于

限制 1：当文件大小超过 2GB 时，浏览器返回错误“ERR_INVALID_CHUNKED_ENCODING” 它适用于较小的文件大小，没有内存问题。（同样，PHP 似乎没有这个问题。IIS 也没有大小限制）

限制2：这不会将内容长度传递给浏览器，因此浏览器不知道文件的大小。

第三次尝试：手动添加内容长度。（这对于 PHP 来说不是必需的）

内容长度传递到浏览器，但与 PHP 不同的是，IIS 尝试为文件分配内存，但很快就会出现“算术运算中的溢出或下溢”错误。

我确定我没有正确处理 GetPageContext().GetResponse()。如果有人可以在这里帮助我，我将不胜感激。

嗨，我正在尝试重新排序 multiphylo 对象中的所有树，这应该只是在列表上应用函数的一种形式，我以前做过。但是，我似乎无法从包 APE 中获取“重新排序”命令来处理跨多门对象的 lapply 或 treeapply 。我的函数确实使用 lapply 跨越了 multiphylo 对象，但实际上并没有重新排序树。它似乎只是返回原始的无序树。任何帮助将非常感激！

我的代码示例

编辑：它似乎也不只是我的数据，我添加了一行代码来模拟 100 棵树，并且该函数也没有正确地重新排序模拟的树。

我正在尝试使用此处定义的方法构建具有引导功能的系统发育树。由于我有一个庞大的数据集，因此绘制每个人的姓名（在此示例中命名为 1、2、3、4、...）并不提供信息。因此，我希望对提示进行着色以反映个人的物种。单个物种信息存储在称为物种的分离矩阵中：

然而，每当我尝试用 fit$tree$label 中的物种替换个体的名称时，唯一的结果就是清空向量。可能这是因为 fit 是 pml 类的对象，它与我的策略产生冲突，但我不确定。有没有办法根据个别物种为树的尖端着色？我的代码现在看起来像这样：

可重现的例子

使用名称“myalignment.fasta”保存以下内容并运行上面的代码。它应该创建一个玩具示例来玩：

我想从一个文件夹中导入所有文件，转换文件，然后以相同的名称导出它们，但扩展名不同。在我的具体情况下，我想将 150 个 nexus 文件 (.nex) 转换为 fasta 文件 (.fasta)

如果我一一执行，这就是代码的外观：

但是现在我无法制作一个有效的 for 循环来一次运行所有 150 个文件。这是我尝试过的：

当我运行这段代码时，我只得到一个名为“i.fasta”的文件，而不是 150 个名为 gen1.fasta、gen2.fasta、DNAsequence1.fasta、DNAsequence2.fasta 等的文件。我应该如何更改 for 循环以使它工作正常吗？