问题标签 [ape]

我有一组系统发育树，其中一些具有不同的拓扑结构和不同的分支长度。这里和示例集：

在此示例中，有 2 个独特的拓扑 - 使用R'ape unique.multiPhylo表明（假设上面的示例保存到文件中tree.fn）：

我的问题是如何获得树列表，每个树代表输入列表中的唯一拓扑，分支长度是具有相同拓扑的所有树的汇总统计量，例如平均值或中值。

在上面的示例中，它将按原样返回第一棵树，因为它的拓扑是唯一的，而另一棵树是其他树的拓扑，具有平均或中值分支长度？

我有两个具有相同拓扑的系统发育树（期望分支长度）：

在R使用中ape：

我想计算两者的平均分支长度，但问题是尽管它们的拓扑相同，但它们的节点表示的顺序并不相同，并且并非所有树节点都标记为提示，所以我认为没有简单的加入解决方案：

所以我不清楚我如何在任何一对分支长度之间进行对应以便取它们的平均值。

知道如何匹配它们或t2根据重新排序t1吗？

据说phytools'matchNodes方法是为此而设计的，但它似乎并不正确：

至少我希望它正确地对应提示，意思是：

但这并没有发生。

最终，匹配信息在这些tree tibbles 中，因为它们列出了每个节点的父节点，但实际上使用该信息来匹配模式可能需要一些递归步骤。

我正在用 xld 编写一个用于批处理音频文件的脚本。我想找到未拆分的专辑，将它们拆分并使用适当的标签将它们转换为 flac。

此命令行正在将音频转换为 flac，但我必须在 xld 中添加“-c filename.cue”选项以使其拆分文件。

寻找 。-name "*.ape" -exec sh -c 'exec echo $1 | sed 's/.ape/.cue/'' _ {} ;

此命令行向我显示 .cue 文件的路径

寻找 。-name "*.ape" -exec sh -c 'exec xld "$1" -f flac -c $1 | sed 's/.ape/.cue/'' _ {} ;

这个命令行不起作用，xld 说他没有找到 de cue 文件。我认为这只是一个语法问题。

感谢您的帮助

我想根据几个标准（Column1，Column2，Column3）以R中的树状图的形式创建一个对几个项目（Name1，Name2，Name3，...）进行分类的图形（我喜欢树状图的正交美学为此）。

我有以下 CSV（data.csv），其中包含每个标准中的项目及其分类：

以及以下 R 代码：

目前，我在非叶节点中获得以下没有标签的图像：

我想知道是否可以在树状图中的每个非叶节点中显示标签。例如，在 Column1 的决策中在每条边（与非叶节点相关）上显示“A”和“B”，在 Column2 的决策中在每条边上显示“C”和“D”，依此类推。此外，是否可以将项目名称放在图形的右侧？提前致谢。

我有来自 4 个采样位置的 20 个 DNA 序列，每个位置 5 个。我想使用 R 制作单倍型网络。这是我的脚本

输出是这样的

我想改变单倍型网络的位置，设置图片的大小（我希望它会比现在更大），并根据自己的喜好改变颜色。

有谁知道该怎么做？请帮我。谢谢你。