r - R phylo object：如何连接节点标签和节点号

Question

R 中的 phylo 对象可以具有内部节点标签 ( phylo_obj$node.label)，但许多 R 函数使用节点编号而不是节点标签。甚至 phylo 对象本身也使用节点编号来描述边 ( phylo_obj$edge)，并且似乎没有将内部节点标签直接映射到用于 的这些节点编号phylo_obj$edge。如何将节点标签（例如，“NodeA”或“Artiodactyla”）映射到节点编号（例如，250 或 212）？我找不到任何 R 函数或通常关于此的任何文档。

Answer 1

不完全确定这里的目标是什么，但如果你想在边缘表中选择特定的节点号并且在节点标签向量中有等价物，你可以简单地使用tree$node.label[node_number - Ntip(tree)].

详细信息：

## Simulating a random tree
set.seed(1)
my_tree <- rtree(10)
my_tree$node.label <- paste0("node", seq(1:9))
## Method 1: selecting a node of interest (e.g. MRCA)
mrca_node <- getMRCA(my_tree, tip = c("t1", "t2"))
#[1] 16

mrca_node现在是边缘表中节点的 ID（在本例中为大于 10 的数字）。要选择等效节点标签，您只需从 中选择提示数mrca_node：

## The node label for the mrca_node
my_tree$node.label[mrca_node-Ntip(my_tree)]
#[1] "node6"

或者，您可以从边缘表中选择节点标签

## Method 2: directly extracting the nodes from the edge tables

node_labels_in_edge <- my_tree$node.label[my_tree$edge[,1]-Ntip(my_tree)]
tips_nodes <- my_tree$edge[,2]

select.tip.or.node <- function(element, tree) {
    ifelse(element < Ntip(tree)+1, tree$tip.label[element], tree$node.label[element-Ntip(tree)])
}

edge_table <- data.frame(
                "parent" = my_tree$edge[,1],
                "par.name" = sapply(my_tree$edge[,1], select.tip.or.node, tree = my_tree),
                "child" = my_tree$edge[,2],
                "chi.name" = sapply(my_tree$edge[,2], select.tip.or.node, tree = my_tree)
                )
#   parent par.name child chi.name
#1      11    node1    12    node2
#2      12    node2     1      t10
#3      12    node2    13    node3
#4      13    node3     2       t6
#5      13    node3     3       t9
#6      11    node1    14    node4
#7      14    node4    15    node5
#8      15    node5    16    node6
#9      16    node6     4       t1
#10     16    node6    17    node7
#11     17    node7     5       t2
#12     17    node7     6       t7
#13     15    node5     7       t3
#14     14    node4    18    node8
#15     18    node8    19    node9
#16     19    node9     8       t8
#17     19    node9     9       t4
#18     18    node8    10       t5