我最近尝试用它breseq来分析一些细菌测序数据。但是，在将原始数据与参考基因组对齐breseq时，我遇到了一个致命错误。bowtie2

这是我得到的错误的关键部分：
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

运行前的所有步骤bowtie2（samtools，转换 FASTQ）正常工作。根据错误，这是因为 score-min 函数，它的最小分数为 0 ( --score-min L,0,0.9)。当我将函数更改为（0 替换为 0.1）时，bowtie2单独工作的命令。--score-min L,0.1,0.9但看起来这部分breseq本身是编码的（不是吗？）。

关于我的问题的更多细节：
- 运行命令breseq是：breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- 原始数据类型：MiSeq (150x2)
-bowtie2版本：2.3.0
-breseq版本：0.29.0
- 操作系统：Linux 16.04 LTS
- 测试也有类似的错误。

这是一个错误还是我只是使用不正确？我将不胜感激任何意见或建议。

我有这个序列：

我想拆分这个长序列，消除“xxxxx”并创建这样的分离序列：

有没有人有任何想法开始？

谢谢你。

我有一些具有整数序列的类，这些序列在另一个类中注册，该类检查序列中的数字是否尚未使用。

这些序列是最连续的，从一个数字到另一个。

现在我一直在使用一个简单的列表，这意味着如果一个序列表示从 5000 到 15000，那么列表中将有 10000 个元素。我想用更合适的东西来代替它，它可以代表一个简单元素的范围。

在我的特殊情况下，我还希望这些范围代表一个对象（序列起源的类），这样当我查找一个数字时，我可以访问它的起源，而不是查看每个类来查看它们是否包含我要查找的号码。

这是我的伪代码和我期望的结果：

我在 .NET Framework 中找不到任何实现此行为的类，因此我想知道如何实现此行为，或者是否有任何现有的实现。

如果我在没有滑动窗口的情况下为 AVGQUAL:20 发出命令，它会为滑动窗口设置任何默认值吗？

我正在尝试在 python 中编写代码，以帮助我在两个特定字符串之间查找字符串。当我用单个字符串实现代码时，我得到了所需的输出。但是，我需要匹配序列数组中的模式。它一直给我一个错误。

定义一个函数来查找两个用户指定序列之间的模式：

当我尝试单个字符串时，它可以工作：

输出：'GTAA'

但是当我尝试读取 fastq 文件并实现搜索时，它不会：

它向我抛出了这个错误

除了 USearch 之外，是否有任何工具可以从 16s、WGS、WTS 序列中检测和去除嵌合序列。替代方案应该是开源的，以便可以用于商业目的。

解释：有 2 个任务 A 和 B，分别每天和每月安排。

任务性质：

• 所有任务都有一个唯一的 seq_number 分配给它。
• 该编号是使用存储任务的表中的 MAX(seq_number)+1 分配的。
• 一旦任务完成并且日期已更改为安排下一个任务，旧任务将被删除并添加新的 1。
• 在下一个计划之前，旧的任务记录将被保留。
• seq_number 是存储这些记录的表的主键。

例如。任务 A 计划于 2016 年 6 月 30 日，seq_number 为 1，任务 B 计划于 2016 年 6 月，seq_number 2。一旦 2016 年 6 月 30 日的任务 A 完成，其将被删除，并将为 01-7 月添加一个新任务-2016 seq_number 3。直到 7 月底，任务 A 将继续删除 seq_number 3 记录，并在第二天添加另一个 seq_number 3 的任务 A。一旦我们到达 7 月底，任务 B 将被删除并添加 seq_number 4 . 现在，当任务 A 计划于 2016 年 8 月 1 日进行时，它将占用 seq_number 5。

如您所见，seq_number 不断增加，总有一天会达到上限。

我的解决方案：

我们可以随机获取范围内的任何数字并分配，而不是取 max +1。如果我们得到主键唯一约束错误，那么我们可以再次在循环中随机找到另一个数字，直到找到一个空闲的数字。

请提供可行的方法来解决此问题。欢迎所有想法。

编辑： seq_number 列是 NUMBER(6) 并且不能轻易更改。该解决方案应该能够重用 seq_numbers。

我有一个 txt 文件，它是一个转换后的 fasta 文件，它只有一个我有兴趣分析的特定区域。看起来像这样

CTGGCCGCGCTGACTCCTCTCGCT

CTCGCAGCACTGACTCCTCTTGCG

CTAGCCGCTCTGACTCCGCTAGCG

CTCGCTGCCCTCACACCTCTTGCA

CTCGCAGCACTGACTCCTCTTGCG

CTCGCAGCACTAACACCCCTAGCT

CTCGCTGCTCTGACTCCTCTCGCC

CTGGCCGCGCTGACTCCTCTCGCT

我目前正在使用 excel 对每个位置的核苷酸多样性进行一些计算。有些文件有 200,000 次读取，因此这使得 excel 文件难以处理。我认为使用 python 或 R 必须有一种更简单的方法来做到这一点。

基本上，我想获取带有序列列表的 .txt 文件，并使用此等式 -p(log2(p)) 测量每个位置的核苷酸多样性。有谁知道除了excel之外如何做到这一点？

非常感谢您的帮助。

我有 10 个 fasta 文件（每个文件包含来自 10 个样本中的每个样本的 20 个基因序列）。我想从 10 个样本中创建 20 个特定于每个基因的文件。我按照以下步骤使用标题中的 file_name 提取基因：

我成功地为每个样本的每个基因创建了多个基因 fasta 文件（循环的一部分）：

但是，我无法将 file_name 添加到循环中的文件头（但可以为开头提到的 1 个文件做）。

总的来说，我的目标是从所有 fasta 文件（多行）中提取具有相似基因名称的基因，并制作具有更新标题的基因特定 fasta 文件，包括基因名称和文件名（这样我应该知道该基因来自哪个文件) + 使用该基因名称在文件中附加基因序列。以下是示例输入和输出文件：

请指导。谢谢。

该标准提到f(a,(t=3,t+2),c); 根据我的理解，这将是一个赋值表达式，后跟第二个运算符的表达式。

但语法将其并列列出：

表达：

赋值表达式

表达式，赋值表达式

工作草案，编程语言标准 C ++ 修订版 N4140（2014 年 11 月）

有人这么好，可以向我解释一下我在这里缺少什么吗？