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我最近尝试用它breseq来分析一些细菌测序数据。但是，在将原始数据与参考基因组对齐breseq时，我遇到了一个致命错误。bowtie2

这是我得到的错误的关键部分：
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

运行前的所有步骤bowtie2（samtools，转换 FASTQ）正常工作。根据错误，这是因为 score-min 函数，它的最小分数为 0 ( --score-min L,0,0.9)。当我将函数更改为（0 替换为 0.1）时，bowtie2单独工作的命令。--score-min L,0.1,0.9但看起来这部分breseq本身是编码的（不是吗？）。

关于我的问题的更多细节：
- 运行命令breseq是：breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- 原始数据类型：MiSeq (150x2)
-bowtie2版本：2.3.0
-breseq版本：0.29.0
- 操作系统：Linux 16.04 LTS
- 测试也有类似的错误。

这是一个错误还是我只是使用不正确？我将不胜感激任何意见或建议。

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这是正确的。此错误是由新的 bowtie2 版本 (2.3.0) 中的更改导致的，以禁止 breseq 用来调用它的选项。

下一版本的 breseq 将更新其选项以与新的 bowtie2 兼容。我应该在一两周内发布这个。如果您想从中构建并使用 bowtie 2.3.0，则此代码已签入 GitHub 存储库。或者，您可以暂时将 2.2.9 版的 bowtie2 与当前版本的 breseq 一起使用。

于 2017-02-01T14:26:49.673 回答