问题标签 [sequencing]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
ios - 使用 AudioKit 裁剪 MIDI 文件
我正在尝试使用AudioKit.
我正在使用音序器，发现一些东西接近我需要的东西，但不完全是。
我在AKSequencer调用中找到了一个方法clearRange。使用这种方法，我可以将不需要的 MIDI 部分静音，但我还没有找到修剪音序器的方法，只保留我感兴趣的部分。现在只有我想要的部分有声音但我仍然得到沉默的部分。
有没有办法修剪音序器或创建一个新的音序器，只包含我想从原始音序器中保留的部分？
谢谢！
merge - 使用 BamTools 合并 BAM 文件是否需要排序？
我有一对 Illumina 双端读取文件（例如，A_1.fastq.gz 和 A_2.fastq.gz），它们是从单个细菌分离物中产生的，用于变异调用。首先，由于读取长度（100 bp）、插入大小（约 230 bp）及其标准偏差（约 50 bp） ，我使用FLASH合并重叠读取。FLASH 产生了三个读取文件，两个用于非重叠双端读取，一个用于合并读取（单端）。然后我使用 bowtie 将它们与一个常见的参考基因组对齐，这会生成两个 bam 文件（一个用于双端读取，另一个用于单端读取）。
为了获得更高的变异调用覆盖率和读取深度，我想将两个 BAM 文件合并为一个文件。我计划使用BamTools来完成这项任务，因为它专用于处理 BAM 文件。但是，我不确定在调用“bamtools merge”命令之前是否需要对输入的 BAM 文件进行排序？软件教程或其他地方没有涵盖它。如果您能提供帮助，我将不胜感激。
c++ - 对函数参数的要求是否也适用于初始化列表？
所以我在这里读到：https ://stackoverflow.com/a/598150/2642059这是非法的：
但我相信这是因为没有强制序列，我理解初始化列表就是这种情况。那么这是法律法规吗？
bioinformatics - RNA-Seq 质量控制工具可查找不同基因组区域中对齐读数的数量
任何人都知道 RNA-seq 数据的质量控制工具，它检查与基因编码外显子对齐的读取数量与与内含子或基因间区域对齐的读取数量的比率。
谢谢您的帮助
linux - GREP 或 AWK：在每行的前 N 个字符中搜索，并输出匹配模式的周围行
我有一个看起来像这样的 RNA-seq 数据：
如果我们把@之后的所有内容都当作一个section，你可以看到只有第二行是真正的排序信息，1,3,4,5是逻辑/质量信息。
目标是提取每行前N（N=35）个字符中包含“GCTGCA”的序列（第二行信息），同时输出周围的行（前1行，匹配行后3行） .
一个示例答案是
我试过的是
第一个不能输出周围的线。第二个不能限制每行前 35 个字母的模式匹配。第三行应该可以工作，但它给了我有线输出（这显然是不正确的）：
scheduling - 具有作业执行时间、截止日期和处罚的作业排序
如果作业错过截止日期，则有 N 个作业具有执行时间、截止日期和处罚。每项工作的执行时间、截止日期和罚款可能会有所不同。当时只能完成一项工作。所有的工作都必须完成。任务是对惩罚最小的工作（计划）进行排序。
您对算法有任何想法，甚至可以分享一些代码示例吗？我真的被这个任务困住了。
gcc - 分配中的 C++17 排序：仍未在 GCC 中实现？
我尝试了以下代码作为实现单词R和B字节交换的天真尝试ABGR
令我惊讶的是，这段代码在 C++17 模式下的 GCC 中“有效”——字节被交换了
http://coliru.stacked-crooked.com/a/43d0fc47f5539746
但它不应该交换字节！C++17 明确指出，赋值的 RHS 应该在 LHS 之前 [完全] 排序，这也适用于复合赋值。这意味着在上面的表达式中，每个 RHS 都^=应该使用 的原始值abgr。因此，最终结果abgr应该只是B逐字节进行异或运算R。这就是 Clang 似乎产生的（有趣的是，带有排序警告）
http://coliru.stacked-crooked.com/a/eb9bdc8ced1b5f13
快速浏览 GCC 程序集
显示它似乎是倒序排列的：LHS 在 RHS 之前。这是一个错误吗？或者这是海湾合作委员会的某种有意识的决定？还是我误解了什么？
parsing - 程序错误：未定义成员：>>= Haskell
我在 Haskell 中实现了一个简单的解释器，但我遇到了这个问题。代码是这样的：
如果我在拥抱中运行脚本，一切似乎都很好。但是当我尝试运行命令时
我收到一个错误：
请问有人可以帮我吗？
awk - 允许与子集 .fastq 不匹配的 Grep
我在 linux 集群上使用 bash。如果它们包含与查询序列的匹配项，我正在尝试从 .fastq 文件中提取读取。下面是一个包含三个读取的示例 .fastq 文件。
$ cat example.fastq
我想提取包含序列 GAAATAATA 的读取。我可以使用 grep 执行此提取，如以下命令所示。
$ cat MATCH.fastq
然而，这种策略不能容忍任何不匹配。例如，包含序列 GAAAT G ATA 的读取将被忽略。我需要这种提取来容忍查询序列中任何位置的一个不匹配。所以我的问题是我怎样才能做到这一点？是否有与 grep 功能相似的序列比对包可用？是否有任何可用的 fastq 子集包可以执行这种类型的操作？需要注意的是，速度非常重要。感谢您的指导。
image - 我如何使用自动机按顺序重命名目录结构中的图像
（我有一个音乐库文件夹 - 其中有文件夹和子文件夹 - 在子文件夹中有图像 - 我需要重命名这些图像 cover.xxx cover1.xxx cover2.xxx 等并对每个目录重复。重要的是不要更改后缀，因为它们可能是不同的格式。非常感谢您的帮助 - 圣诞快乐