我有一对 Illumina 双端读取文件（例如，A_1.fastq.gz 和 A_2.fastq.gz），它们是从单个细菌分离物中产生的，用于变异调用。首先，由于读取长度（100 bp）、插入大小（约 230 bp）及其标准偏差（约 50 bp） ，我使用FLASH合并重叠读取。FLASH 产生了三个读取文件，两个用于非重叠双端读取，一个用于合并读取（单端）。然后我使用 bowtie 将它们与一个常见的参考基因组对齐，这会生成两个 bam 文件（一个用于双端读取，另一个用于单端读取）。
为了获得更高的变异调用覆盖率和读取深度，我想将两个 BAM 文件合并为一个文件。我计划使用BamTools来完成这项任务，因为它专用于处理 BAM 文件。但是，我不确定在调用“bamtools merge”命令之前是否需要对输入的 BAM 文件进行排序？软件教程或其他地方没有涵盖它。如果您能提供帮助，我将不胜感激。