问题标签 [sequencing]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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nginx - 如何创建使用 SSL 和 NGINX 为自己的容器服务的 Kubernetes 集群

我正在尝试构建一个包含以下服务的 Kubernetes 集群:

  • Docker-registry(将包含我的 django Docker 映像)
  • Nginx 监听 80 和 443 端口
  • PostgreSQL
  • 几个 django 应用程序与 gunicorn 一起使用
  • Letencrypt容器生成并自动更新签名的 SSL 证书

我的问题是集群创建过程中出现的鸡与蛋的问题:

我的 SSL 证书存储在由letsencrypt 容器生成的秘密卷中。为了能够生成证书,我们需要证明我们是域名的所有者,这是通过验证可以从服务器名称访问的文件来完成的(基本上这包括 Nginx 能够通过端口 80 提供静态文件)

所以这里出现了我的第一个问题:为了提供letsencrypt所需的静态文件,我需要启动nginx。没有挂载secret,nginx的SSL部分就无法启动,只有在let's encrypt成功的情况下才会生成secret...

因此,一个简单的解决方案可能是拥有 2 个 Nginx 容器:一个仅侦听端口 80,将首先启动,然后 letencrypt 然后我们启动第二个 Nginx 容器,侦听端口 443

-> 在我看来,这种看起来像浪费资源,但为什么不呢。

现在假设我有 2 个 nginx 容器,我希望我的 Docker Registry 可以通过 https 访问。

所以在我的 nginx 配置中,我将有一个 docker-registry.conf 文件,如下所示:

重要的部分是重定向到注册表容器的 proxy_pass。

我面临的问题是我的 Django Gunicorn 服务器在同一文件夹 django.conf 中也有其配置文件:

所以nginx只有在3个条件下才会成功启动:

  • 安装秘密(这可以通过将 Nginx 拆分为 2 个单独的容器来解决)
  • 注册服务启动
  • django 服务已启动

问题是 django 镜像正在从注册表服务中拉取它的镜像,所以我们又陷入了死锁的情况。

我没有提到它,但注册表和 django 都有不同的 ServerName,所以 nginx 能够同时为它们服务

我认为的解决方案(但它很脏!)将使用越来越多的配置重新加载 nginx 几次:

  • 我启动 docker 注册服务
  • 我只用 registry.conf 启动 Nginx
  • 我创建了我的 django rc 和服务
  • 我用 registry.conf 和 django.conf 重新加载 nginx

如果有办法让 nginx 开始忽略失败的配置,那也可能会解决我的问题。

我怎样才能干净地实现这个设置?

谢谢你的帮助

蒂博

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bash - Grep 使用 -A 和 -B 标志输出奇怪字符以进行 fastq 分析

我有一个看起来像这样的文件:

我正在使用以下 grep 命令:

输出看起来像这样,您可以在第 5 行和第 10 行看到输出了两个破折号,我不希望这样:

有没有办法在第 5 行和第 10 行不带破折号输出?

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python - 提高 python 脚本的性能以过滤一对 FASTQ 文件中的未配对读取

我有一些配对末端测序数据。但是,文件未正确配对。需要删除未配对的读取以使读取对文件保持一致。尽管有使用 Trimmomatic 之类的解决方案。我想要关于如何提高我自己的脚本性能的建议。当前版本每秒处理大约 10K 条记录。

这是我的 FASTQ 文件的外观:

谢谢

更新:我在 main() 函数上运行了一个 line profiler (kernprof)。并得到以下统计数据:

定时器单位:1e-06 s

总时间:0.808629 s 文件:paired_extractor.py 功能:第 46 行的 main

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events - 强制 google map api 3 调用按顺序发生

我想加载一个叠加层,然后缩放到一个预定义的视图。这可行,但有时当叠加层很大时,首先会发生缩放。即使听者在缩放前等待“空闲”,有时它也会出现乱序。有什么办法可以在 B 之前强制 A 吗?

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r - 顺序减少R中列中的值

我目前正在尝试将列中的值减少一定的总量,直到该数量达到零。例如,在这段代码创建的数据框中:

我试图一次将 BuyAmount 列中的非零值减少 5000,沿着列运行,每次将 overbuy 的值减少 5000。在第一次运行循环后,df 应该如下所示:

并且 overbuy 的值应该减少 40000 到 460000。我希望这个循环继续运行这些值,直到 overbuy 达到 0。理论上,df 会以

一旦超买达到0。我目前的尝试是:

任何帮助,将不胜感激!

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virtualization - App-V 5.1 中的包版本 GUID

我正在使用 App-V 5.1。我对[更改历史记录]选项卡中的“包版本 GUID”是什么意思很感兴趣?此值与 [Properties] 选项卡中的“Package version GUID”不同。另外,添加包后我找不到这个值;在 appv xml 清单中发布包。此选项卡 [更改历史记录] 是否有意义?

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sequencing - 如何从床文件或假发文件中获取 RPKM 值?这两种类型的文件有什么区别?

我想从 RNAseq 下载 fastq 原始文件以获取基因表达值。但 GEO 仅提供 .bed.gz 和 .wig.gz 格式。我可以做些什么来获得 RPKM 值?非常感谢!

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c++ - 函数参数破坏的排序

根据 C++14 [expr.call]/4:

参数的生命周期在定义它的函数返回时结束。

这似乎意味着参数的析构函数必须在调用函数的代码继续使用函数的返回值之前运行。

但是,此代码显示不同:

gcc 和 clang 的输出,带有-fno-elide-constructors,是(带有我的注释):

所以,显然v' 的构造函数在gparm' 的析构函数之前运行。但在 MSVC 中,在的构造函数运行gparm之前被销毁。v

func({0})启用复制省略和/或直接初始化参数时可以看到相同的问题。v总是在gparm被破坏之前被构造。我还在更长的链中观察到了这个问题,例如在初始化之前F v = f(g(h(i(j())));没有破坏任何参数。f,g,h,iv

这在实践中可能是一个问题,例如,如果~G解锁一个资源并F()获取该资源,这将是一个死锁。或者,如果抛出,则执行应该在未初始化~G的情况下跳转到 catch 处理程序。v

我的问题是:标准是否允许这两种排序?. 除了不使用标准排序术语的 expr.call/4 中的引用之外,还有没有更具体的涉及参数破坏的排序关系的定义?

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r - DEXSeq计数表分析

我正在使用一个平台“Bcbio”来处理 RNASeq fastqs。在该过程结束时,它会生成许多文件,例如计数表、旗鱼原始数据等。还有一个名为“combined.dexseq”的文件,看起来像;

我想在小插图之后运行 DEXSeq 分析,但问题是小插图生成了我在featureCounts()使用函数时最后拥有的数据形式。

谁能帮助我估计外显子折叠变化并使用我拥有的文件格式使用其他重要功能进行分析?

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perl - 消除perl子程序中的空文件

我想在下一个脚本中添加一个代码来消除那些空的输出文件。

该脚本将单个fastq文件或文件夹中的所有fastq文件转换为fasta格式,所有输出的fasta文件保持与fastq文件相同的名称;脚本提供了一个选项来排除所有具有确定 NNN 重复次数的序列 (NNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA),我添加了此选项,因为某些序列在序列中仅存在 NNNNN,例如:如果 -n 选项等于 15 (-n 15)它将排除所有出现15个或更多N重复的序列,此时代码运行良好,但它会生成一个空文件(在那些fastq文件中,所有出现15个或更多N重复的序列都被排除在外)。我想消除所有空文件(没有序列)并添加一个计数,因为它是空的,所以消除了多少文件。

代码:

我试图在子例程之外使用下一个代码(退出之前),但它只适用于最后一个文件:

我刚刚在子例程中尝试了类似的东西,但是最后一个代码不起作用!!!!

任何建议!!!!!!!

非常感谢 !!!