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我正在使用一个平台“Bcbio”来处理 RNASeq fastqs。在该过程结束时,它会生成许多文件,例如计数表、旗鱼原始数据等。还有一个名为“combined.dexseq”的文件,看起来像;

id  Control_rep1_1  Control_rep1_2  50ng_1  50ng_2  250ng_1 250ng_2
ENSG00000000003:001 458 495 688 643 619 622
ENSG00000000003:002 143 140 204 153 166 163
ENSG00000000003:003 93  65  117 101 80  112
ENSG00000000003:004 50  47  68  73  54  89
ENSG00000000003:005 66  62  85  109 71  104
ENSG00000000003:006 97  93  152 163 131 153

我想在小插图之后运行 DEXSeq 分析,但问题是小插图生成了我在featureCounts()使用函数时最后拥有的数据形式。

谁能帮助我估计外显子折叠变化并使用我拥有的文件格式使用其他重要功能进行分析?

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