bioinformatics - RNA-Seq 质量控制工具可查找不同基因组区域中对齐读数的数量

Question

任何人都知道 RNA-seq 数据的质量控制工具，它检查与基因编码外显子对齐的读取数量与与内含子或基因间区域对齐的读取数量的比率。

谢谢您的帮助

Answer 1

我在 R 中使用了与 Rsubread 包捆绑在一起的featureCounts工具。评估测序质量可能高度依赖于测序方法，但如果这是您确定的指标，您可以轻松比较基因间与外显子。