我有 10 个 fasta 文件（每个文件包含来自 10 个样本中的每个样本的 20 个基因序列）。我想从 10 个样本中创建 20 个特定于每个基因的文件。我按照以下步骤使用标题中的 file_name 提取基因：
pyfasta extract --header --fasta test.fasta gene_name1 | awk '/^>/ {$0=$0 "_file1"}1' > gene_name1.fasta
我成功地为每个样本的每个基因创建了多个基因 fasta 文件（循环的一部分）：
pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta
pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name2 >> gene_name2.fasta
但是，我无法将 file_name 添加到循环中的文件头（但可以为开头提到的 1 个文件做）。
总的来说，我的目标是从所有 fasta 文件（多行）中提取具有相似基因名称的基因，并制作具有更新标题的基因特定 fasta 文件，包括基因名称和文件名（这样我应该知道该基因来自哪个文件) + 使用该基因名称在文件中附加基因序列。以下是示例输入和输出文件：
Input files:
#file1.fasta
>gene1
ATGC..............................max upto 120 characters per line
TTTG..............................................................
>gene2
ATGA
>gene3
ATGTTT
#file2.fasta
>gene1
ATGG
>gene2
ATGC
>gene3
ATGTT
Expected output files:
#gene1.fasta
>gene1_file1
ATGC...........................................................
TTTG...........................................................
>gene1_file2
ATGG
#gene2.fasta
>gene2_file1
ATGA
>gene2_file2
ATGC
请指导。谢谢。