2

我有 10 个 fasta 文件(每个文件包含来自 10 个样本中的每个样本的 20 个基因序列)。我想从 10 个样本中创建 20 个特定于每个基因的文件。我按照以下步骤使用标题中的 file_name 提取基因:

pyfasta extract --header --fasta test.fasta gene_name1 | awk '/^>/ {$0=$0 "_file1"}1' > gene_name1.fasta

我成功地为每个样本的每个基因创建了多个基因 fasta 文件(循环的一部分):

pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name1 >> gene_name1.fasta 
pyfasta extract --header --fasta $sample.fasta gene_name2 >> gene_name2.fasta

但是,我无法将 file_name 添加到循环中的文件头(但可以为开头提到的 1 个文件做)。

总的来说,我的目标是从所有 fasta 文件(多行)中提取具有相似基因名称的基因,并制作具有更新标题的基因特定 fasta 文件,包括基因名称和文件名(这样我应该知道该基因来自哪个文件) + 使用该基因名称在文件中附加基因序列。以下是示例输入和输出文件:

Input files:
#file1.fasta

>gene1
ATGC..............................max upto 120 characters per line
TTTG..............................................................
>gene2
ATGA
>gene3
ATGTTT

#file2.fasta

>gene1
ATGG
>gene2
ATGC
>gene3
ATGTT

Expected output files:

#gene1.fasta
>gene1_file1
ATGC...........................................................
TTTG...........................................................
>gene1_file2
ATGG

#gene2.fasta
>gene2_file1
ATGA
>gene2_file2
ATGC

请指导。谢谢。

4

1 回答 1

2

您的问题不清楚,但听起来您所需要的只是:

... | awk -v fname="$sample" '/^>/ {$0=$0 "_" fname}1'
于 2017-08-22T14:33:43.067 回答