command-line-interface - 在 Trimmomatic 中是否有滑动窗口的默认值？

Question

如果我在没有滑动窗口的情况下为 AVGQUAL:20 发出命令，它会为滑动窗口设置任何默认值吗？

Answer 1

如果您查看 trimmmomatic 网站http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic，您会在那里找到手册。

在手册中它对 AVGQUAL 说：AVGQUAL: Drop the read if the average quality is below the specified level

因此不需要窗口，因为这一步总结了所有质量，除以长度并检查是否达到阈值，然后丢弃或保留读取。