问题标签 [sbml]

这是我在 Stack 上的第一篇文章，所以如果我没有发布足够的信息，请告诉我。然而，我已经查看了许多其他已回答的问题，并尝试了许多解决方案，结果让我在这里结束了。

我无法从一系列大约 800 个 xml 文件中获取数据。我想要以下数据框。

我可以在 PubChemID 的数据框中清除 URL 的其余部分

从以下 xml 示例。

我已成功转换为 r 中的列表并调用应应用于其他 800 xml 的第一个元素

我也可以把所有的物种都拿出来，但一些节点包含更多层次结构的事实让我有点困惑。

如何将 if/else 类型的函数添加到“lapply”中，以便在附加层次结构中查找“/rdf:resources”？

最后，我很确定将任何脚本应用于其余文件应该是可行的。

谢谢

因此，如前所述，我试图找到一种将 graphml 文件（或其他格式，如 xgmml、csv、edgelist）从 networkx 或 igraph（python 或 R）转换为这种SBML格式的方法。

我相信应该有一种简单的方法，但是……我找不到。有任何想法吗？

编辑：还有一些其他的 fomats可以用来最终降落在 SBML 星球上，但我仍然不知道如何出口到其中任何一个。

编辑二：在这里我发布了一个与 SBML 和 Cytoscape 相关的问题，所以......可能对其他对该主题感兴趣的人有用。

有人可以总结一下 SBML 是什么吗？首字母缩略词代表什么，它的目的是什么？我听说它与系统生物学和计算生物学有关？它用于什么样的计算生物学？

我正在研究模拟生物学模拟核心库 ( SBSCL )，我们目前正在其中模拟来自SBML 测试套件的 SBML 模型。但是我在模拟 SBML 模型时遇到问题，其中有耦合的隔室和物种速率规则，并且物种以浓度单位（即物种取决于隔室的值）。具有此属性的模型可以在 SBML 测试套件中找到，其中之一是测试用例1198。

关于这个问题的系列讨论也可以在 sbml-discuss google group [Link]中找到。甚至我在 SBSCL 中也为此创建了一个问题。

我能得到模拟这种类型的 SBML 模型的最佳方法吗？

我正在使用PySB图书馆进行毕业设计。最初的目标是使用模型类提供的接口SBML在 GPU 上模拟一个。我写了一个简单的 Python 脚本pysb/cupSODACupSodaSimulatorpysb.simulator.cupsoda

但我收到以下错误

有没有人知道如何解决这个问题？

我有一个来自 Reactome 的 sbml 模型，您可以从https://reactome.org/content/detail/R-HSA-156581下载它并单击 sbml。对于<reaction>，其中一些具有 的属性<listOfModifiers>，我正在尝试使用 libsbml 或 cobrapy 来做到这一点。

我的代码读取了 sbml 文件，但如何获取属性<listOfModifiers>？

我尝试使用 PyViPR 中的 PySB 接口加载由 Human1 基因组规模代谢模型制成的 SBML (xml) 模型。

它不起作用，这是错误消息的最后一部分。看起来编码有一些问题：

我使用 NCBI 基因组 GCF_000009365.1 构建模型，使用 CarveMe v1.0。SBML 3 级版本 1。我在 python 3.9.7 中使用 cobrapy 进行处理。在模型中，有一条我想探索的途径。该路径中的所有反应都没有被阻止，但其中一个无法发挥作用：当我将其设为目标时， model.slim_optimize() 的结果为 0.0 。在路径中它之前和之后的反应都给出了很高的结果。模型中的反应是：

知道为什么它不起作用吗？

你知道如何生成可以从我的 SBML 模型转换或导出为 SVG 的绘图或图形吗？或者可能直接从用 XML 编写的 SBML 模型生成 SVG？

我阅读了文档，但它对这个项目没有帮助。