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我使用 NCBI 基因组 GCF_000009365.1 构建模型,使用 CarveMe v1.0。SBML 3 级版本 1。我在 python 3.9.7 中使用 cobrapy 进行处理。在模型中,有一条我想探索的途径。该路径中的所有反应都没有被阻止,但其中一个无法发挥作用:当我将其设为目标时, model.slim_optimize() 的结果为 0.0 。在路径中它之前和之后的反应都给出了很高的结果。模型中的反应是:

 </reaction>
  <reaction id="R_ECOAH3" name="3-hydroxyacyl-CoA dehydratase (3-hydroxyoctanoyl-CoA)" reversible="true" fast="false" fbc:lowerFluxBound="cobra_default_lb" fbc:upperFluxBound="cobra_default_ub">
    <notes>
      <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
        <p>EC Number: 4.2.1.74</p>
        <p>BioCyc: META:RXN-14276</p>
        <p>BioPath Reaction: RXN01410</p>
        <p>MetaNetX (MNX) Equation: MNXR1867</p>
        <p>RHEA: 31199;31200;31201;31202</p>
        <p>KEGG Reaction: R04746</p>
        <p>GENE_ASSOCIATION: (G_WP_011587812_1 or G_WP_011588933_1 or G_WP_011589827_1 or G_WP_041705107_1)</p>
      </html>
    </notes>
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="M_3hocoa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="M_h2o_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
      <speciesReference species="M_oc2coa_c" stoichiometry="1" constant="true"/>
    </listOfProducts>
    <fbc:geneProductAssociation>
      <fbc:or>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_G_WP_011587812_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011588933_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_011589827_1"/>
        <fbc:geneProductRef fbc:geneProduct="G_WP_041705107_1"/>
      </fbc:or>
    </fbc:geneProductAssociation>
  </reaction>

知道为什么它不起作用吗?

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