问题标签 [sbml]

我对使用 C++ 非常缺乏经验，但我正在尝试在 64 位 XP 平台上为 matlab编译SBML 工具箱的 2.0.2 版。SBML 工具箱依赖于Xerces 2.8 和libsbml 2.3.5。

我已经能够在 32 位机器上构建和编译工具箱，并且在我测试它时它可以工作。但是，在 64 位机器上重建它（这是一个巨大的 PITA！）后，当我尝试用它读取长 .xml 文件时出现分段错误。

我怀疑这个问题是由指针地址问题引起的。

分段错误的堆栈跟踪开始于：

所以我正在查看 libsbml 代码中的 StringBuffer_append 函数：

确保容量看起来像这样：

和 StringBuffer_grow 看起来像这样：

有没有可能

在 StringBuffer_append 是我的段错误的来源？

如果是这样，有人可以建议修复吗？我真的不懂 C++，而且对指针和内存寻址特别困惑，所以我可能不知道你在说什么——我需要一些帮助。

此外，我将构建过程的详细信息放在此处，以防其他人正在尝试使用 Microsoft Visual C++ Express Edition 为 64 位系统编译 C++。

提前致谢！

-本

已经有很多关于如何编写 xml 解析器的问题，主要用于网站或其他应用程序。

还有其他已证明有用的教程，包括：

http://www.switchonthecode.com/tutorials/xml-parsing-with-jquery

但是，我正在尝试为文件格式 sbml（系统生物学标记语言）编写解析器：

规格 - http://sbml.org/Documents/Specifications

我一直在尝试对解析器进行硬编码，虽然它适用于我的情况，但它不适用于每个部分。

由于规范相当大（8 页）并且容易更改，有没有更好的方法来为这种情况编写解析器？

是否有可能制作所有可能节点的数组并循环而不是硬编码所有内容。这会更有效率吗？

我使用 python 和 lxml 来处理 xml。在我查询/过滤以到达我想要的节点后，但我遇到了一些问题。如何通过 xpath 获取其属性的值？这是我的输入示例。

我想要的值在 resource=... 中。目前我只是使用 lxml 来获取价值。我想知道是否可以在纯 xpath 中进行？谢谢

编辑：忘了说，这不是根节点，所以我不能在这里使用 //。我在 xml 文件中有 2000-3000 个其他人。我的第一次尝试是使用“.@attrib”和“self::*@”，但这些似乎不起作用。

EDIT2：我会尽力解释（嗯，这是我第一次使用 xpath 处理 xml 问题。英语不是我最喜欢的领域之一......）。这是我的输入片段http://pastebin.com/kZmVdbQQ（来自此处的完整片段http://www.comp-sys-bio.org/yeastnet/使用版本 4）。

在我的代码中，我尝试使用资源链接 chebi ( <rdf:li rdf:resource="urn:miriam:obo.chebi:...."/>).节点如果我从像speciesTypes这样的父节点开始，但我想知道如果我从rdf：li开始怎么办根据我的理解，xpath中的“//”将在任何地方寻找节点，而不仅仅是在当前节点中。

下面是我的代码

我正在使用 Python 解析一个 xls 文件，然后将该信息转换为SBML（XML 的一个版本）。

这是一个相当长的文件（>3000 行），当我打开 .xml 时，字符串会随机截断大约 1400 或 3000 行。但是，当我键入：print d.toSBML() 并将此字符串打印到控制台时，该字符串不会被截断，我可以看到已解析字符串的结尾。

这里可能是什么问题？

编辑：为了进一步剖析问题，我用 outfile2.close() 关闭了代码，还尝试在我的脚本中打印和打印到控制台。这将返回截断s和d字符串。但是，当我分别在解释器中输入确切的命令时，都可以正确打印。有谁知道这种差异是怎么回事？

我正在解析由外部程序生成的 xml 文件。然后我想使用我自己的命名空间向这个文件添加自定义注释。我的输入如下所示：

问题是 lxml 仅在使用命名空间时声明它们，这意味着声明重复多次，如下所示（简化）：

是否可以强制 lxml 在父元素中仅写入一次此声明，例如sbmlor listOfSpecies？还是有充分的理由不这样做？我想要的结果是：

重要的问题是必须保留从文件中读取的现有数据，所以我不能只创建一个新的根元素（我认为？）。

编辑：附在下面的代码。

我正在使用 SBML，它是一种用于捕获数值模拟的 XML 格式。这使用 MathML 来捕获与模拟中不同事物的数量相关的方程式。当我手工写下方程式时，我添加了一些不是严格需要的括号，但这样可以使方程式更易于阅读。例如，我可能有一个方程式，我会手写如下：

当它进入 MathML 时，这些括号被去掉了，一旦我漂亮地打印了 MathML，它就会出现：

这让我很难过。有没有办法在 MathML 表达式中捕获这些（冗余）括号？

我想使用 POCO 的库提取单个节点，但不知道该怎么做。我是 XML 新手。

XML 本身看起来像这样（缩写）：

我想提取 listOfReactions 节点中的所有内容并将其存储在 std::string 中，以便以后进行 MD5 散列。

我试过这个：

我正在尝试从下面的 sbml/xml 文件中解析信息

https://dl.dropboxusercontent.com/u/10712588/file.xml

从这段代码

http://search.bioconductor.jp/codes/11172

看来我可以通过以下方式正常导入文件

但我无法恢复节点属性

或者

文件的一个节点如下...

我想检索物种节点内的所有信息，有人知道该怎么做吗？

考虑这 4 个软件：

1. 眼镜蛇 2.05

2. LibSBML 5.10

3. MATLAB R2013a（也称为 8.1，64 位；MATLAB 不再支持 32 位 Linux）

4. 64 位 Linux 操作系统（例如 Ubuntu 14.04 或最新的 Mint，但不限于它们）

介绍

COBRA 工具箱是在 MATLAB 之上运行的优化套件，旨在开发用于代谢网络建模的 MATLAB 代码。这样的“网络”是一个方程组，可以有非常多的方程和变量（例如数千个）。因此，根据某种格式规范读取和写入这些大型模型的例程是必须具备的，而 COBRA 使用标准 SBML 来实现这一点。

问题

与 Windows 版本不同，Linux 二进制包不能很好地开箱即用地集成：首先，可供下载的预编译 Linux 二进制 libSBML（开源）不附带 MATLAB 支持。如果尝试使用预编译的 libSBML，COBRA 将找不到“MATLAB 绑定”，因此无法在 m 脚本中从磁盘读取和写入 SBML XML 文件。

问题

需要做什么才能使 COBRA 2.05 在 Linux（Ubuntu 14.04 或最新的 Mint，但这不太可能特定于发行版）下运行在 MATLAB R2013a 之上，能够读取和写入 SBML XML 文件？换句话说，需要在系统范围内做什么才能让 COBRA 通过自己的testSBML测试？

我需要画一张大肠杆菌核心代谢图。与地图中的每个反应相关联，我有一个数字表示通过该反应的通量。我希望地图通过地图中每个反应的颜色来反映这些通量。

我曾尝试使用 Mathematica 和 Cytoscape 等工具，但很难获得代谢网络的良好布局。我看过纸上看起来非常漂亮的大肠杆菌代谢图。我需要的是这样的地图，但我可以在其中定义反应的颜色。

有一些可用的工具，例如，metdraw.com。但是当我上传我的 E.coli SBML 模型时，情节布局是一场灾难。曾经有一个网络 IPython 笔记本，可以用于一些预建模型，您只需输入反应通量。但现在它不见了： http: //nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb

有关示例，请参见下图。忘记分隔隔间的黄色边界框。我可以省去那些。