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我在我的 Windows 机器上通过 Cygwin 运行 Python。我需要安装 libSBML 才能使用统计程序 (abc-sysbio)。程序说明说：

下载并安装 libSBML http://downloads.sourceforge.net/project/sbml/libsbml/4.0.1/libsbml-4.0.1-src.zip，解压 libsbml-4.0.1-src.zip

下载解压成功，但命令./configure --with-python=<dir> --prefix=<dir> --with-swig=<dir>失败

Python.h鉴于我可以在我的目录中找到，有谁知道如何解决这个问题？

我在./configure --with-python=<dir> --prefix=<dir> --with-swig=<dir>命令中弄错了目录吗？

谢谢。

我正在尝试使用 R 包SBMLR读取 SBML 文件（ Test.xml ） 。下面是我执行的代码。

当我执行第三行时，我收到一条错误消息：

xmlEventParse 中的错误（文件名，处理程序 = sbmlHandler()，ignoreBlanks = TRUE）：文件不存在

我也尝试使用 rsbml 库读取文件。但我仍然收到错误消息

错误：文件不可读。

我目前正在关注本指南。非常感谢有关此问题的任何帮助！

我有一个SBML 文件，其中包含一系列生化反应的详细信息。每个反应都有一组反应物（代谢物）。我的目标是获取每个反应的反应物列表。我可以手动访问反应物列表，如下所示。

这里R_DM_4CRSOL是第一个反应的名称。每次我想获取反应物列表时，我都需要指定反应 ID。但问题是我有 2700 个反应，我需要自动化这个过程。我尝试将 ReactioinID 分配给一个变量并执行如下命令。但它不起作用如下。

最后我想到了为每个反应创建一个可执行命令的字符串。我能够创建字符串，但我不知道如何执行它。我尝试使用 sys 但它给了我如下警告。

警告消息：运行命令 'currentFile$reactions$R_DM_4CRSOL$reactants' 的状态为 127

有人可以告诉我如何实现这一目标吗？先感谢您。

我想在我的 Windows 机器上使用 Cygwin 终端安装 libSBML，以便在 Python 中运行定制的统计包。libSBML 安装说明使我能够成功执行以下操作：

然而，

未能给出以下错误：

我相信这个问题与这里报告的问题相同http://sourceforge.net/p/sbml/libsbml/314/#581b已经关闭。有人可以帮我解释此页面上的信息或建议任何替代解决方案吗？

我已经从这里下载了文件 BIOMD0000000175.xml https://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/BIOMD0000000175。我尝试将其加载到 SBMLR 中

任何帮助，将不胜感激。

我正在寻找一种将 SBML 模型转换为 Matlab 函数的工具。我已经尝试过SBMLTranslate()libSBML 中的函数，但这会返回一个 Matlab 结构，而不是一个函数。有人知道这种工具是否存在吗？谢谢

我真的很陌生，xml我正在尝试sbml使用.xml2R

演示文件sbml取自sbml主页。

我对如何使用xpath.

例如，我试过

工作并给我"EnzymaticReaction"作为答案。但是，我不想按索引访问节点，而是按名称访问节点 - 所以我尝试了

这给了我错误

谁能帮我看看我在打电话时做错了xpath什么？该sbml文件也粘贴在下面。

谢谢！

我正在尝试执行一些已发布的 java 代码，将 SBML（系统生物学标记语言）文件转换为三个文本文件。运行 libSBML 代码需要链接到 jar 文件“libsbmlj.jar”。该代码在 Eclipse 中工作，但我想在 Powershell 中运行代码以便于运行我的生物模拟（工作流中的所有其他命令都在 Powershell 中工作）。当我尝试使用以下命令在 Powershell 中运行代码时：

如代码说明中所述，我收到以下错误：

我尝试添加一个单独的环境变量“CLASSPATH”（我相信 LD_LIBRARY_PATH 用于基于 Unix 的系统）并将文件夹路径添加到现有的“PATH”变量中，但是我仍然遇到相同的错误。将 .jar 文件复制到当前目录也不起作用。有人对如何解决这个问题有任何建议吗？

感谢您的时间！

注意：链接到已发布的代码： http: //www.comp.nus.edu.sg/~rpsysbio/pada

文件“ToyGenInput.java”包含以下代码，调用辅助文件“SBML2SPA.java”：

我正在尝试在基于 Rcpp 的包中返回一个对象，其中类型libsbml::Model来自libsbml C++ 库

最后，我希望我的包能够在R

我正在尝试以下方法来返回模型

它给了我一个明显的错误， cannot initialize a variable of type "SEXP' (aka 'SEXPREC *') with an lvalue of type 'libsbml::Model *const'

可能是因为我需要扩展wrap为返回libsbml::Model类型（我认为），基于画廊中最近的一篇文章。Rcpp我的想法是否正确？这似乎是一项艰巨的任务，因为这libsbml::Model是一个庞大的课程，而且我是 C++ 的新手，没有面向对象编程的经验。

我还尝试了以下代码（使用Rcpp模块）

为了暴露libsbml::Model类的一些方法。但是我Clean and Rebuild在包上的命令中收到以下消息

call to non-static member function without an object argument

很抱歉这个模糊的问题，但任何关于如何实现我的最终目标的指针libsbml::Model都R将非常感激。代码的最终版本可以在 -

https://github.com/sn248/Rcppsbml/blob/master/src/getModel.cpp

我是 sbml 的新手，我真的很困惑。

我想用 Runge Kutta 解决 ODE。ODE 存储在 SBML 文件中。文件的一部分如下所示

这应该描述反应 dP/dt = Rp*P

我的问题来了。我不知道如何将 sbml 公式转换为我的程序可以处理的公式（python/C++ 等）

所以最好的选择是这样的功能

我阅读了 sbml 文档并没有找到它。

你有什么建议吗？谢谢