matlab - 将 SBML 模型转换为可模拟的 Matlab 函数

Question

我正在寻找一种将 SBML 模型转换为 Matlab 函数的工具。我已经尝试过SBMLTranslate()libSBML 中的函数，但这会返回一个 Matlab 结构，而不是一个函数。有人知道这种工具是否存在吗？谢谢

Answer 1

在这个方向上至少有三方面的努力：

1. Frank Bergmann 为 SBML 翻译提供在线服务，您可以在其中上传 SBML 文件，它将生成 MATLAB 文件。生成的 MATLAB 文件顶部的注释解释了如何使用结果。C++ 源代码可在 SourceForge 上获得。
2. 上面引用的 Bergmann 的代码被 Stanley Gu 用来创建sbml2matlab，一个 Windows 独立程序。副手，我不知道顾的版本是否改变或增强了伯格曼版本使用的算法，但似乎很有可能。（注：据我所知，顾现在在谷歌工作，不再维护这段代码。）
3. 系统生物学格式转换器 (SBFC)是主要由 Nicolas Rodriguez 编写的框架；它包括一组转换器，其中一个是SBML-to-MATLAB 转换器。该转换器是用 Java 编写的。

我自己还没有比较翻译者的结果，所以不能说输出的差异或质量。如果您尝试它们并有任何反馈要联系，请让作者知道。了解对真实用户有用或没用的东西将有助于在未来改进事情。

最后一个警告是，所有这些都是研究项目，所以一定要相应地设定你的期望。（这不是对作者的批评；作者非常好——我个人认识他们中的大多数人——但学术发展工作的现实是我们都缺乏时间和资源来使这些系统变得全面、硬化、完善和记录到我们希望的程度。）