我正在尝试执行一些已发布的 java 代码,将 SBML(系统生物学标记语言)文件转换为三个文本文件。运行 libSBML 代码需要链接到 jar 文件“libsbmlj.jar”。该代码在 Eclipse 中工作,但我想在 Powershell 中运行代码以便于运行我的生物模拟(工作流中的所有其他命令都在 Powershell 中工作)。当我尝试使用以下命令在 Powershell 中运行代码时:
javac ToyGenInput.java
java ToyGenInput
如代码说明中所述,我收到以下错误:
Error: unable to load the file libsbmlj.jar. It is likely
your LD_LIBRARY_PATH environment variable or CLASSPATH variable
does not include the directory containing the libsbmlj.jar file.
我尝试添加一个单独的环境变量“CLASSPATH”(我相信 LD_LIBRARY_PATH 用于基于 Unix 的系统)并将文件夹路径添加到现有的“PATH”变量中,但是我仍然遇到相同的错误。将 .jar 文件复制到当前目录也不起作用。有人对如何解决这个问题有任何建议吗?
感谢您的时间!
注意:链接到已发布的代码: http: //www.comp.nus.edu.sg/~rpsysbio/pada
文件“ToyGenInput.java”包含以下代码,调用辅助文件“SBML2SPA.java”:
public class ToyGenInput{
public static void main(String[] args){
SBML2SPA ss=new SBML2SPA("./models/toy/toy.xml");
ss.printODEs("./models/toy/");
ss.printPar("./models/toy/");
ss.printVar("./models/toy/");
}
}