问题标签 [sbml]

我想将 MathML 解析为中缀。发布“转换 Mathml 中缀的 C 库”建议我使用SBML 库。我按照线程Link 3rd Party Library In Visual Studio的 guildlines 来配置我的项目。

源代码编译成功，但我无法构建项目。

显示构建的输出：
1> 未使用的库：
1> C:\Users\maiti\Source\Repos\May 25\MathML\SBML\lib\bzip2.lib
1> C:\Users\maiti\Source\Repos\May 25 \MathML\SBML\lib\iconv.lib
1> C:\Users\maiti\Source\Repos\May 25\MathML\SBML\lib\libsbml.lib
1> C:\Users\maiti\Source\Repos\May 25 \MathML\SBML\lib\libxml2.lib
1> C:\Users\maiti\Source\Repos\May 25\MathML\SBML\lib\zdll.lib
1> C:\Program Files (x86)\Windows Kits\8.1 \lib\winv6.3\um\x86\user32.lib
1> C:\Program Files (x86)\Windows Kits\8.1\lib\winv6.3\um\x86\gdi32.lib
...

ps 抱歉，我没有足够的声誉在这篇文章上放置更多链接或屏幕截图

我有一个基因组规模的化学计量代谢模型iMM904.xml，当我在文本编辑器中打开它时，我可以看到某些基因添加了注释，例如

如何访问和更改此注释？当我尝试

我只看到一个空字典。

另外，我怎么能添加注释last modified by和实际注释呢？

我正在编写一个 r 包，它为libSBMLC库提供了一个包装器。

我使用rcppgsl 包作为参考，它查找头文件和 GNU 科学库的库文件的位置，GSL并使用该信息编写configure脚本Makevars和Makevars.in. 我目前不是为 Windows 构建的。在我的机器（macOS）上，libsbml（SBML C 库）安装在通常的位置，即

头文件位于 -/usr/local/include/sbml

和库文件在 - /usr/local/lib。事实上，如果在我的包Makevars文件中使用以下内容，我可以构建我的包。

但是，我想学习如何使用configure脚本来查找库并使用该信息来构建包。configure.acfrom的相关部分rcppgsl是

我在相关位置替换GSL_CONFIG为LIB_SBML，即configure.ac我正在使用的整个文件粘贴在下面（最后）。

但是，我没有看到configure,Makevars并且Makevars.in正在生成（我在 中看到rcppgsl）。这里的任何帮助将不胜感激！

为了完整起见， ls -l | grep sbml(in usr/local/include) 的输出为

和ls -l | grep sbml(in usr/local/lib) 是

我的configure.ac档案——

I have a model and want to add an entire new pathway to it. Some of the metabolites already exist in the model, others have to be created. I also have to add GPRs to the reactions using genes not yet present in the model.

I found the function addReaction, but always get an error when I use it:

AssertionError: ERROR: requires a Reaction object, not something of type <type 'str'>

Any ideas how I can pass a reaction object and add metabolites and a GPR?

所以前面的问题显然没有被明智地提出。所以这是改写后的原始问题：

我正计划从 nothong 建立一个新的 GSMM（即我需要一个空模型，0 反应/代谢物/隔间/GPR/注释，但具有工具箱将接受的适当模型结构）。

我曾经使用 Matlab 和 COBRA 工具箱，但最近改用 Python 和 cbmpy 工具箱。我知道如何通过 COBRA 在 Matlab 中创建模型结构，但不知道如何使用 cbmpy 在 python 中创建模型结构。我对cmbpy的功能真的不熟悉，在这里寻求帮助。

有几种方法可以满足我的需求：

1. 最愚蠢的方法：读取现有模型并删除其所有内容。

   p>

同样，以“mod.delete ....”开头的不同功能将清除所有内容。最终你会得到一个干净的空模型。

2. 按照 Cleb 的建议，我查看了源代码并找到了我需要的功能

   p>

然后创建一个 ID 为“名称”的模型对象。这是一个非常简单的问题，如果您找到了正确的功能，它的答案也非常简单。稍后您可以逐渐添加反应/代谢物/等并指定目标反应。当然也可以直接使用cbm.CBModelTools.quickDefaultBuild，但您需要准备必要的参数来添加反应/物种/边界/目标。

我想只为选定的反应做 FVA，在我的情况下，是在隔间之间的运输反应（例如细胞质和线粒体之间）。我知道我可以这样selected_reactions使用doFVA：

有没有办法获得整个运输反应列表，而不仅仅是我手动添加的两个？我考虑过根据结局选择反应，tm但失败了'R_ORNt3m'（可能还有其他反应）。

我想与其他人分享这个模型。在 SBML 文件中存储信息的最佳方式是什么？目前，我会将信息存储在反应注释中，就像在 这个答案中一样。例如

可以解析。

这是我正在使用的 XML 文件的头

我尝试使用 /sbml[@xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level3/version1/core"]/model

正如https://xmltoolbox.appspot.com/xpath_generator.html所建议的那样。但这不起作用，因为可以使用https://codebeautify.org/Xpath-Tester检查

我正在尝试使用 SBML 包模拟一些模型。模型似乎运行良好，但我不断收到这些警告。“模型不包含 SBML fbc 包信息。cobrapy 不支持 SBML 包“布局”，未解析信息 cobrapy 不支持 SBML 包“渲染”，未解析信息”

我想像这样输出

id = C00001 名称 = H2O id = C00002 名称 = ATP

并输入

ids = {"C00001","C00002"...} 名称 = {"H2O", "ATP"...}

如何编码？

我可以像阅读

但我不能这样读：

<species id="C00001" name="H2O"/>

这里是整个 XML 示例：

没有错误

我正在尝试在 Windows 10 机器上使用RTools4.0R构建一个包。我的包需要 SBML C 库和用于在 Window 上构建 R 包的 SBML 静态库由链接提供RTools4.0

我能够成功安装RTools4.0和附加的 SBML 库。我检查了我是否有 SBML 的头文件

C:\rtools40\mingw64\include\sbml>和libsbml.a文件 n

C:\rtools40\mingw64\lib>

更新了最新信息

我的包在 Mac OSX (Mojave) 上成功构建（没有RTools4.0），但是我在 Windows 上安装包时遇到了问题。

我的Makevars.win文件内容如下：

我可以rtools40使用以下命令从内部选择和构建包RStudio

我得到的错误如下：

我有点理解为什么我会收到错误，因为即使 for ，也正在使用x6432 位编译器。C:/rtools40/mingw32/bin/g++我不知道如何编写选项来选择正确的编译器，x64因为BINPREF只需要 1 个目录作为输入。

我的R.version信息如下：

完整的包代码可以在 - https://github.com/sn248/Rcppsbml

从上面可以看出，我正在使用R-3.4.1（由于非技术问题我现在无法更新）和另一个版本的 Rtools（适用于R-3.4.1）也安装在我的机器上。

我的问题如下：

无论如何在使用'选项rtools40构建包时指定使用？RStudioClean and Rebuild

即使我能够在我的机器上安装这个库，它是否适用于CRAN检查？

非常感谢这里的任何帮助，谢谢！