我需要画一张大肠杆菌核心代谢图。与地图中的每个反应相关联，我有一个数字表示通过该反应的通量。我希望地图通过地图中每个反应的颜色来反映这些通量。
我曾尝试使用 Mathematica 和 Cytoscape 等工具，但很难获得代谢网络的良好布局。我看过纸上看起来非常漂亮的大肠杆菌代谢图。我需要的是这样的地图，但我可以在其中定义反应的颜色。
有一些可用的工具，例如，metdraw.com。但是当我上传我的 E.coli SBML 模型时，情节布局是一场灾难。曾经有一个网络 IPython 笔记本，可以用于一些预建模型，您只需输入反应通量。但现在它不见了： http: //nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb
有关示例，请参见下图。忘记分隔隔间的黄色边界框。我可以省去那些。
