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我正在解析由外部程序生成的 xml 文件。然后我想使用我自己的命名空间向这个文件添加自定义注释。我的输入如下所示：

<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
  <model metaid="untitled" id="untitled">
    <annotation>...</annotation>
    <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
    <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
          <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
      <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfReactions>...</listOfReactions>
  </model>
</sbml>

问题是 lxml 仅在使用命名空间时声明它们，这意味着声明重复多次，如下所示（简化）：

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

是否可以强制 lxml 在父元素中仅写入一次此声明，例如sbmlor listOfSpecies？还是有充分的理由不这样做？我想要的结果是：

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4"  xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

重要的问题是必须保留从文件中读取的现有数据，所以我不能只创建一个新的根元素（我认为？）。

编辑：附在下面的代码。

def annotateSbml(sbml_input):
  from lxml import etree

  checkSbml(sbml_input) # Makes sure the input is valid sbml/xml.

  ns = "http://this.is.some/custom_namespace"
  etree.register_namespace('kjw', ns)

  sbml_doc = etree.ElementTree()
  root = sbml_doc.parse(sbml_input, etree.XMLParser(remove_blank_text=True))
  nsmap = root.nsmap
  nsmap['sbml'] = nsmap[None] # Makes code more readable, but seems ugly. Any alternatives to this?
  nsmap['kjw'] = ns
  ns = '{' + ns + '}'
  sbmlns = '{' + nsmap['sbml'] + '}'

  for species in root.findall('sbml:model/sbml:listOfSpecies/sbml:species', nsmap):
    species.append(etree.Element(ns + 'test'))

  sbml_doc.write("test.sbml.xml", pretty_print=True, xml_declaration=True)

  return
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6 回答 6

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在 lxml 中无法修改节点的命名空间映射。将此具有此功能的未结票视为愿望清单项目。

它起源于lxml 邮件列表上的这个线程，其中给出了替代根节点的解决方法。但是，替换根节点存在一些问题：请参阅上面的票证。

为了完整起见，我将建议的根替换解决方法代码放在这里：

>>> DOC = """<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
...   <model metaid="untitled" id="untitled">
...     <annotation>...</annotation>
...     <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
...     <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
...     <listOfSpecies>
...       <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
...         <annotation>
...           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
...         </annotation>
...       </species>
...       <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
...         <annotation>
...            <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
...         </annotation>
...       </species>
...     </listOfSpecies>
...     <listOfReactions>...</listOfReactions>
...   </model>
... </sbml>"""
>>> 
>>> from lxml import etree
>>> from StringIO import StringIO
>>> NS = "http://this.is.some/custom_namespace"
>>> tree = etree.ElementTree(element=None, file=StringIO(DOC))
>>> root = tree.getroot()
>>> nsmap = root.nsmap
>>> nsmap['kjw'] = NS
>>> new_root = etree.Element(root.tag, nsmap=nsmap)
>>> new_root[:] = root[:]
>>> new_root.append(etree.Element('{%s}%s' % (NS, 'test')))
>>> new_root.append(etree.Element('{%s}%s' % (NS, 'test')))

>>> print etree.tostring(new_root, pretty_print=True)
<sbml xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace" xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4"><model metaid="untitled" id="untitled">
    <annotation>...</annotation>
    <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
    <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
          <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
      <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfReactions>...</listOfReactions>
  </model>
<kjw:test/><kjw:test/></sbml>
于 2012-07-05T18:08:32.257 回答
6

我知道这是个老问题，但它仍然有效，从 lxml 3.5.0 开始，这个问题可能有更好的解决方案：

cleanup_namespaces()接受一个新参数top_nsmap，它将提供的前缀命名空间映射的定义移动到树的顶部。

所以现在命名空间映射可以通过简单的调用来上移：

nsmap = {'kjw': 'http://this.is.some/custom_namespace'}
etree.cleanup_namespaces(root, top_nsmap=nsmap)
于 2016-07-26T08:33:11.813 回答
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除了直接处理原始 XML，您还可以查看LibSBML，这是一个用于操作 SBML 文档的库，其中包含 python 的语言绑定。在那里你会像这样使用它：

>>> 从 libsbml 导入 *
>>> doc = readSBML('Dropbox/SBML 模型/BorisEJB.xml')
>>> 物种 = doc.getModel().getSpecies('MAPK')
>>> species.appendAnnotation('<kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>')
0
>>> 物种.toSBML()
'<物种 id="MAPK" 隔间="隔间" initialConcentration="280" boundaryCondition="false">\n <注释>\n
 <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>\n </annotation>\n</species>'
>>>
于 2012-07-06T07:02:45.953 回答
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如果您临时将命名空间属性添加到根节点，那就可以了。

ns = '{http://this.is.some/custom_namespace}'

# add 'kjw:foobar' attribute to root node
root.set(ns+'foobar', 'foobar')

# add kjw namespace elements (or attributes) elsewhere
... get child element species ...
species.append(etree.Element(ns + 'test'))

# remove temporary namespaced attribute from root node
del root.attrib[ns+'foobar']
于 2013-06-18T04:36:43.470 回答
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我编写了这个函数来为根元素添加一个命名空间： 

def addns(tree, alias, uri):                
    root = tree.getroot()
    nsmap = root.nsmap
    nsmap[alias] = uri
    new_root = etree.Element(root.tag, attrib=root.attrib, nsmap=nsmap)
    new_root[:] = root[:]
    return new_root.getroottree()

应用此功能后，您将获得一棵新树，但您可能可以从访问树的单个对象更改树实例 ……因为您拥有强大的 OO 设计！.

于 2020-02-06T22:04:54.150 回答
0

您可以替换根元素以将“kjw”添加到其 nsmap。然后 xmlns 声明将仅在根元素中。

于 2012-07-05T17:36:28.927 回答