simulator - 使用耦合隔室和物种速率规则模拟 SBML 模型

Question

我正在研究模拟生物学模拟核心库 ( SBSCL )，我们目前正在其中模拟来自SBML 测试套件的 SBML 模型。但是我在模拟 SBML 模型时遇到问题，其中有耦合的隔室和物种速率规则，并且物种以浓度单位（即物种取决于隔室的值）。具有此属性的模型可以在 SBML 测试套件中找到，其中之一是测试用例1198。

关于这个问题的系列讨论也可以在 sbml-discuss google group [Link]中找到。甚至我在 SBSCL 中也为此创建了一个问题。

我能得到模拟这种类型的 SBML 模型的最佳方法吗？

Answer 1

如果您可以将物种浓度视为一个参数，这是最简单的解决方案：直接设置变化率。如果要求计算物种的数量，请将该浓度乘以隔间大小。

但是，如果您的模拟器与大多数 SBML 模拟器一样，那么您的基本变化单位是物种数量。这使得这种情况特别尴尬，因为物质数量的变化率必须来自物质浓度的变化率以及隔室大小的变化率。

但是，它仍然是可行的。如果我们使用“S1”作为物种数量，“[S1]”作为物种浓度，“C”作为隔室大小：

同样，这适用于 dC/dt 和 d[S1]/dt 已定义且 dS1/dt 未知的情况。

这可以得出如下：

（通过链式法则）