我正在处理这段代码，当我尝试在我的一台计算机上编写 analyses.Rmd 时，由于尝试加载 kableExtra 而出现错误：

错误：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中“kableExtra”的包或命名空间加载失败：无法加载共享对象“/Users/acristia/Library/Application Support/renv/cache/v5/R -4.1/x86_64-apple-darwin17.0/systemfonts/1.0.3/5be9fcf8ef6763e8cb13ab009e273a1d/systemfonts/libs/systemfonts.so':dlopen(/Users/acristia/Library/Application Support/renv/cache/v5/R-4.1/ x86_64-apple-darwin17.0/systemfonts/1.0.3/5be9fcf8ef6763e8cb13ab009e273a1d/systemfonts/libs/systemfonts.so, 0x0006)：库未加载：/usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib 引用自： /Users/acristia/Library/Application Support/renv/cache/v5/R-4.1/x86_64-apple-darwin17.0/systemfonts/1.0.3/5be9fcf8ef6763e8cb13ab009e273a1d/systemfonts/libs/systemfonts.so 原因：试过：'/usr /local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib'（没有这样的文件），'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib/libfreetype.6.dylib'（没有这样的文件），'/Users/acristia/lib/libfreetype.6.dylib'（没有这样的文件），'/usr/local /lib/lib

我已经检查过：

• 我有最新版本的 R 和 Rstudio
• 我有最新版本的 freetype（也运行 brew doctor 并修复了那里的所有警告）

由于 brew 没有在 kableExtra 期望的地方安装 libfreetype，所以我做了sudo mkdir -p /usr/local/opt/freetype/lib/并且sudo ln -s /opt/homebrew/lib/libfreetype.6.dylib /usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib MacBook-Air:weirdChildes acristia$ ls /usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib

有了这个，我将错误从未加载因为它不存在更改为由于错误的架构而未加载：

试过：'/usr/local/opt/freetype/lib/libfreetype.6.dylib'（mach-o 文件，但架构不兼容（有'arm64'，需要'x86_64'）），

（我还看到了一个建议，brew install freetype --universal但该命令未被识别。

对于上下文：我将我的mac帐户迁移到了一台新的笔记本电脑，即intel / monterey，这可能意味着一些基本文件不正确。

或者，错误的出现可能是因为 kableExtra 的制造商需要考虑这种新架构。我确实在 kableExtra github 中发现了两个 提到 libfreetype 的未解决问题（一个说问题已通过最新的 R 版本解决，这不是我的情况）。

有关我的系统的完整信息，请参阅 renv-diagnostics.txt

我有以下项目布局：

IRkernel使用以下命令安装在 renv 中：

Jupyterlab 通过 Poetry 安装。

在jupyter_notebook_config.py中，我有：

在kernel.json中，我有：

基于这个答案。

但是，Jupyter 似乎没有选择内核：

如果我尝试poetry run jupyter notebook打开文件时会遇到错误.Rmd，因为它抱怨找不到 IRkernel，这与kernelspec list.

有没有办法可以将基于 Poetry 的 Jupyter 指向基于 renv 的 IRkernel，理想情况下无需修改项目目录之外的任何文件？

这是我第一次使用 Docker。我已经尝试了几次，但这是我第一次将项目容器化。latex该项目使用和生成报告officer。但是，在构建容器并运行映像后，Rstudio 显示没有安装和加载任何包。

Dockerfile

构建 Docker 镜像

运行带有 rstudio 支持的 docker

我做错了什么，如何修复它以便renv安装和加载所有发现的软件包？

我的 Dockerfile 使用 renv 并且我有以下 RUN 命令（这里的整个文件：https://github.com/chpatola/docker-r-tutorial/blob/main/local_file/Dockerfile）

在构建映像时运行它时，我收到以下消息：

该库已与锁定文件同步。

但是，当我从映像运行容器并启动 R (docker run -it -v "$(pwd):/usr/src/orders" --name data_cont handle_data) 时，我收到以下消息：

以下软件包已将符号链接破坏到缓存中：

断言，cli，蜡笔，摘要，dplyr，省略号，fansi，泛型，胶水，生命周期，lubridate，magrittr，支柱，pkgconfig，purrr，R6，Rcpp，rlang，tibble，tidyselect，utf8，vctrs

用于renv::repair()尝试重新安装这些软件包。

• 该项目可能不同步 - 用于renv::status()了解更多详细信息。警告消息：以下软件包在缓存中缺少条目：

  断言，cli，蜡笔，摘要，dplyr，省略号，fansi，泛型，胶水，生命周期，lubridate，magrittr，支柱，pkgconfig，purrr，R6，Rcpp，rlang，tibble，tidyselect，utf8，vctrs

  这些软件包将需要重新安装。

我不明白这里出了什么问题。在我的开发计算机上，我打了电话renv::init()，然后renv::isolate(). 我可以做些什么renv::restore()来安装包以正确安装包，以便在容器运行时可以正常加载它们？谢谢！

我下载了rJava软件包rJava_1.0-6.tar.gz并尝试在本地安装它：

我得到以下错误：

我认为这是由于renv并尝试过：

但回来了：

更新：

traceback()返回后install.packages('rJava_1.0-6.tar.gz', repos = NULL, type = "source")：

list.files()显示我的文件"rJava_1.0-6.tar.gz"

我打开 RStudio 并输入

它工作正常。

然后我加载已renv初始化的包并尝试相同的命令并返回：

可能是什么原因？

更新

我决定尝试一些激进的东西：

remove.packages('renv')

它和工作

但后来我重新启动了 R 会话并回来了

有没有办法摆脱renv？

另一个更新：

我能够停用 renvrenv::deactive()

我跑了

回来了：

我试过traceback()并回来了：

我从哪里开始故障排除？

PS 我在 Windows 10 和 R 4.0.4

更新 这里是 renv.lock 文件

更新锁

精简版

有什么简单优雅的使用方式renv，venv和jupyterlabwithIRkernel一起用？特别是，如何renv从不在根目录中的 jupyter notebook 自动激活？

长版

我正在接受一种“多语言”数据科学风格，这意味着同时使用 python 和 R。现在venv太棒了，renv太棒了，jupyterlab太棒了，所以我试图弄清楚将它们一起使用的巧妙方法是什么。

我几乎拥有它，所以可能一些提示就足以完成此设置。这就是我所在的地方。

系统

从干净的操作系统开始，并安装系统级要求：R + renv 和 Python + venv。例如在 Ubuntu 上大概是这样的：

项目

现在创建一个jupyrenv包含两个文件的简单项目：

DESCRIPTION包含 R 依赖项：

requirements.txt包含python依赖项：

创建虚拟环境并安装依赖项（顺序很重要，R 必须遵循 python）：

到目前为止非常整洁！

木星

从命令行启动 jupyter 并高兴，它可以工作了！

有什么不喜欢的？

不幸的是，如果我创建一个文件夹（比如说notebooks）并在那里启动一个 R 笔记本，它就不起作用:(

尝试修复

似乎renv没有从子文件夹中使用，因此我们需要提示R使用它的过程。我试图在子.Rprofile文件notebooks夹中添加一个额外的文件：

具有以下内容：

.Rprofile：

它有点工作，但不是真的。首先，当尝试在notebooks目录中创建一个 R 笔记本时，它会创建一个新的renv：

然后那个 jupyter 实例可以工作，我可以使用它，但是如果我重新启动，它会停止工作并返回丢失的IRkernel错误：

我错过了什么？

我花了一天时间尝试在 R 中加载我保存在 renv 锁定文件中的适当包版本。

我使用了 RVAideMemoire 包，它与 bioconductor 中的 mixOmics 捆绑在一起，无法使用renv::restore().

我按照此处列出的步骤安装了适当版本的 bioconductor (3.11) 以获得 moxOmics 版本 6.12.1。

R如何安装指定版本的生物导体包？

不幸的是，我最终得到了 mixOmics 版本 6.14.1。我尝试使用以下方法加载早期版本：

这导致了以下错误：

这似乎有点不清楚，我认为最后的附加“.1”可能会导致问题，但我尝试加载省略最后一个“.1”的版本，如图所示：

我得到另一个错误：

我在这里有点茫然。renv::restore()只要 mixOmics 软件包安装一直失败，该功能就不会完成更新，所以我似乎有点卡住了，直到我能理顺这个问题。

编辑 只是为 renv 错误提供更多信息，这是我收到的消息：

错误：无法检索包 'mixOmics' 另外：警告消息：
1：在 system2("curl", args$data(), stdout = TRUE, stderr = TRUE) 中：运行命令 '"curl" --config "C :/Users/Corey/AppData/Local/Temp/RtmpuYYvKB/renv-tempdir-3d7050aa2ac3/renv-download-config-3d7076f57e1c"' 有状态 22
2: 在下载器中(url, destfile, type, request, headers): curl: (22) 请求的 URL 返回错误：404
3: 在 system2("curl", args$data(), stdout = TRUE, stderr = TRUE) : running command '"curl" --config "C:/Users/Corey /AppData/Local/Temp/RtmpuYYvKB/renv-tempdir-3d7050aa2ac3/renv-download-config-3d701ff05e24"' 的状态为 22
4：在下载器中（url、destfile、type、request、headers）： curl：(22) 请求的 URL 返回错误：404`

在尝试了使用的初步建议后，
options(renv.settings.bioconductor.version = "3.11") renv::install("bioc::mixOmics@6.12.1")
我得到了以下错误：

'getOption("repos")' 替换 Bioconductor 标准存储库，有关替换存储库的详细信息，请参阅 '?repositories'：CRAN：https
://cran.rstudio.com 查询存储库以获取可用的二进制包......完成！
查询可用源包的存储库...完成！检索'https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz' ...检索'https://bioconductor.org/packages/3.12/data /annotation/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz' ...检索'https://bioconductor.org/packages/3.12/data/experiment/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6。 12.1.tar.gz' ...检索'https://bioconductor.org/packages/3.12/workflows/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz' ...检索'https:// bioconductor.org/packages/3.12/books/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6.12.1.tar.gz' ...检索'https://cran.rstudio.com/src/contrib/Archive/mixOmics/mixOmics_6 .12.1.tar.gz' ...
错误：无法检索包'
另外：有 24 个警告（使用 warnings() 来查看）

我有一个学生的 Windows 10 机器为 R_LIBS_USER 变量设置了错误的路径。我进入 R 程序目录并编辑 .Rprofile 以设置为 R_LIBS_USER = ""。这一直有效，直到我在使用该renv包的项目中。 renv显然使用了该变量，它带来了不好的路径。

我找到了这个 SO 帖子并试图在控制面板（系统属性 -> 高级系统属性 -> 环境变量 -> 用户变量）中找到它的变量，但我没有看到要删除的键。

我完全重新安装了 R，但问题仍然存在....帮助。

如何查找/擦除存储在 Windows 中的错误路径？