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精简版

有什么简单优雅的使用方式renv，venv和jupyterlabwithIRkernel一起用？特别是，如何renv从不在根目录中的 jupyter notebook 自动激活？

长版

我正在接受一种“多语言”数据科学风格，这意味着同时使用 python 和 R。现在venv太棒了，renv太棒了，jupyterlab太棒了，所以我试图弄清楚将它们一起使用的巧妙方法是什么。

我几乎拥有它，所以可能一些提示就足以完成此设置。这就是我所在的地方。

系统

从干净的操作系统开始，并安装系统级要求：R + renv 和 Python + venv。例如在 Ubuntu 上大概是这样的：

# R
sudo apt install r-base
sudo R -e "install.packages('renv')"

# Python
sudo apt install python3.8
sudo apt install python3.8-venv

项目

现在创建一个jupyrenv包含两个文件的简单项目：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
└── requirements.txt

DESCRIPTION包含 R 依赖项：

Suggests:
    IRkernel,
    fortunes

requirements.txt包含python依赖项：

jupyterlab

创建虚拟环境并安装依赖项（顺序很重要，R 必须遵循 python）：

# Python
python3.8 -m venv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

# R
R -e "renv::init(bare=TRUE)"
R -e "renv::install()"
R -e "IRkernel::installspec()"

到目前为止非常整洁！

木星

从命令行启动 jupyter 并高兴，它可以工作了！

jupyter-lab

在此处输入图像描述

有什么不喜欢的？

不幸的是，如果我创建一个文件夹（比如说notebooks）并在那里启动一个 R 笔记本，它就不起作用:(

[I 2022-02-23 19:07:24.628 ServerApp] Creating new directory in 
[I 2022-02-23 19:07:31.159 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:07:31.416 ServerApp] Kernel started: 0aa2c276-18dc-4511-b308-e78234fa71d4
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted

尝试修复

似乎renv没有从子文件夹中使用，因此我们需要提示R使用它的过程。我试图在子.Rprofile文件notebooks夹中添加一个额外的文件：

jupyrenv/
├── DESCRIPTION
├── requirements.txt
├── renv
├── venv
├── notebooks
│   ├── .Rprofile
│   └── Untitled.ipynb
├── .Rprofile
└── Untitled.ipynb

具有以下内容：

.Rprofile：

source("../renv/activate.R")

它有点工作，但不是真的。首先，当尝试在notebooks目录中创建一个 R 笔记本时，它会创建一个新的renv：

[I 2022-02-23 19:22:28.986 ServerApp] Creating new notebook in /notebooks
[I 2022-02-23 19:22:29.298 ServerApp] Kernel started: b40a88b3-b0bb-4839-af45-85811ec3073c
# Bootstrapping renv 0.15.2 --------------------------------------------------
* Downloading renv 0.15.2 ... OK (downloaded source)
* Installing renv 0.15.2 ... Done!
* Successfully installed and loaded renv 0.15.2.

然后那个 jupyter 实例可以工作，我可以使用它，但是如果我重新启动，它会停止工作并返回丢失的IRkernel错误：

[I 2022-02-23 19:24:58.912 ServerApp] Kernel started: 822d9372-47fd-43f5-8ac7-77895ef124dc
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘IRkernel’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart

我错过了什么？

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1 回答 1

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我在github repo 中将这个问题作为一个问题renv打开，维护人员友好地提供了一种解决方法。的内容notebooks/.Rprofile应该如下：

owd <- setwd(".."); source("renv/activate.R"); setwd(owd)

它融合了！

于 2022-02-24T20:06:08.760 回答