问题标签 [rprofile]

我一直发现其他人的启动配置文件对这门语言既有用又有指导意义。此外，虽然我对Bash和Vim进行了一些自定义，但我对 R 没有任何东西。

例如，我一直想要的一件事是窗口终端中输入和输出文本的不同颜色，甚至可能是语法突出显示。

为了从我一直在使用的 OSX 上的 R 中访问 CRAN 包

作为 R GUI 中的第一个命令有一段时间，但真的很想自动设置这个代理。

我试图让相同的命令在 ~/ 中的 .Rprofile 文件中工作，但没有成功

我也试过http_proxy="http://blah_blah:1234/"了，但这也失败了。

当我尝试查看包时出现的错误是一个下拉窗口，上面写着：

GUI 然后给出：

.Rprofile 文件本身似乎正在加载（使用检查cat("my profile works\n"))

我的系统：控制台中的debian：nano /home/tiger/R-2.15.1/etc/Rprofile.site
这是我的内容：

当我保存它时，重新打开我的 R，为什么我的 R 中没有
Welcome at Sun Jul 15 07:53:58 2012？

我之前问过这个问题，但仍然无法让它工作。我正在尝试在启动 R 时安装自定义包。我们现在编写的许多代码可供用户编辑。为了尝试保护代码，我正在打包生产级代码并让用户在启动期间将其安装在他们的机器上。

但是，当我尝试在 RProfile.site 文件中安装包时，程序进入一个循环，并且不断地反复启动 R。我注意到包的锁定文件与 R 中库文件夹中的包一起创建。

这是我添加到站点文件的代码：

当我在启动 R 之后尝试运行此代码（不更改站点文件）时，它会完美地安装包并继续前进。但是，当我尝试通过 RProfile 文件执行此操作时，就会产生问题。

上次我尝试解决这个问题（https://stackoverflow.com/questions/10610067/installing-packages-upon-starting-r-session）时，我认为贾斯汀建议使用 if 语句检查包可以解决问题。但这似乎只解决了我从 CRAN 安装的包的问题，​​而不是自定义包。

对此事的任何帮助将不胜感激！

我有一个全局~/.Rprofile文件和另一个.Rprofile文件位于我项目的当前工作目录中，并且两者都具有以下内容：

不幸的是，当我打开 RStudio 应用程序时，它们似乎都没有工作。我正在尝试做的目的是让“Knit HTML”按钮呈现具有内联 LaTeX 的 Markdown 文件，使用 webtex 作为 LaTeX 渲染器通过 Pandoc 处理。

有谁知道我如何检查我的.Rprofile文件是否在启动时加载？

谢谢你的帮助！

发布答案编辑（在乔希的回答之后）： 为清楚起见，我的工作项目的.Rprofile文件（有效）现在如下所示：

在 R 和 RStudio 中，我想我已经把.Rprofile文件弄乱了几次，我目前正在启动 R 或 RStudio 时加载它的旧版本，有没有办法可以快速找到文件的位置那是生成默认选项？

谢谢

我在 Windows 7 上使用 RStudio 的“全新”版本。R 安装在C:/Program Files这意味着默认库存储在这里，并且.libPaths()启动时包含的两个位置都在这个文件夹中。

我想使用另一个 R 库（igraph）。由于该C:\Program Files文件夹是写保护的，所以我设置了另一个工作区域：C:\Users\nick\R并将 igraph 库安装在C:\Users\nick\R\library. 我可以手动将此位置添加到.libPaths()变量中并毫无问题地使用该库。

但是，我的问题是让 RStudio 在启动时自动将此位置添加到.libPaths()变量中。我读到我可以将相关命令添加到我的 .Rprofile 文件中 - 但我找不到任何这样的文件（可能在安装 RStudio 时它们不会自动创建）。然后，我创建了一个名为 .Rprofile 的文件，其中仅包含此命令。这似乎仅在保存 .Rprofile 文件时才有效C:\Users\nick\Documents（这是存储在 R_USER 和 HOME 环境变量中的路径）。我想要的是将 .Rprofile 文件存储在C:\Users\nick\R.

我已经阅读了 ?Startup 中的所有信息，它讨论了在哪里存储启动时运行的命令。但我就是无法完成这项工作。例如，如果不读取存储在主目录中的文件，似乎无法更改主目录的位置。我似乎没有任何 .Renviron 文件，并且我自己创建这些文件似乎也不起作用。

我真的很感激一个简单的答案，它解释了我如何去改变 .Rprofile 文件的读取位置。

我在 Mac 上使用 R。我尝试将我的 Rprofile 文件移动到其他位置，但 R 没有启动。当我试图将 Rprofile 文件放回其原始位置时，我不记得它究竟来自哪个文件夹。

我的 Rprofile 文件位于 /Library/Frameworks/R.framework/...

现在 R（和 RStudio）无法启动，并且 R 给出以下错误消息：

RStudio 给出的信息：

我假设 R 找不到 Rprofile 文件。如何让 R（和 RStudio）重新开始？

我想在我的 .Rprofile 中加入以下函数，以便更轻松地安装 bioconductor 包：

但是当我加载一个新的 R 会话时，这个函数现在在我调用ls. 有没有一种方法可以屏蔽该功能的显示？

我安装了多个版本的 R（2.15 和 3.0.1），我经常在它们之间切换。我想确保当我在一个版本中安装一个包时，它也会出现在另一个版本中（如果可能的话），所以我尝试设置以下系统：

1. 当安装了一个包（在任一版本中）时，写出一个 csv 文件，~/.Rinstalled，其中包含所有已安装包的列表
2. 打开新的 R 会话时，检查该文件是否存在。
3. 如果该文件存在，则将该列表与当前运行的 R 版本中安装的包进行比较。
4. 尝试安装所有丢失的软件包。

为此，我的 .Rprofile 中有以下代码：

但是，当这段代码运行时，它会递归调用mirrorSetup()，utils::install.packages(notInstalled[i])我不知道为什么。

这是一些示例输出，显示它反复尝试安装它找到的第一个包（ade4）

有任何想法吗？