我已经建立了一个由 Makefile 管理的工作流程。

在code/我有多个 *.r 脚本下，每个脚本通常负责创建一个输出文件（通常是 RData 文件，但也可以是 csv 导出或 png 图像，原则上是任何文件）

code/.Rprofile包含一些辅助函数来引导整个项目目录系统并获取一些辅助函数等。

需要此功能的脚本code/才能正常工作。

RStudio 有方便的菜单项来设置工作目录到源文件位置。

但是如果找到的话，我也可以让它在那个目录中运行 .Rprofile 吗？或者真的只是从源文件的目录中重新启动 R？

我在 R 中使用的大多数库都是通过操作系统安装的（即使用apt install r-cran-*安装在 中的库/usr/lib/R/*）。不幸的是，当update.libraries()在会话中使用更新这些包时，我试图让 R 只在特定位置安装库。结果，我尝试以以下方式修改我的 .Rprofile ：

但是，当我开始一个 R 会话时，我得到了错误，

`默认错误（update.packages）<-list（lib.loc = tmpLibPath）：找不到对象'update.packages'

并且我的更改不会坚持（尽管如果我在交互式会话中执行代码，他们会坚持）。谁能帮助我（a）了解我做错了什么或（b）提出另一种实现这一目标的方法？

我试图了解文件 .Renviron 和 .Rprofile 的使用。如果我理解正确的话，.Rprofile是一种启动脚本，来源于 R 代码，它设置用户可能一直需要的选项和环境变量，或者用于特定项目。另一方面，.Renviron在 .Rproject 之前加载，并且仅定义环境变量。

根据设计，我知道 R 将加载用户或项目级别的 .Renviron 和 .Rprofile 文件，但它不会同时加载用户和项目级别的文件。本质上，R 只会加载项目特定的 .Rprofile 和 .Renviron 文件，前提是它们已定义。也就是说，将一些库和函数放在用户级别 .Rprofile 中是谨慎的，因为我几乎一直都需要它（例如，我经常使用dplyr语法），同时我想加载特定于项目的库和函数。

.Renviron 文件的目的对我来说更加难以捉摸。据我了解，它的目的是存储环境变量，比如密码、API 密钥等。但是，我也可以使用 .Rprofile 在 .Rprofile 中设置环境变量Sys.setenv()。例如，我在项目的 .Rprofile 中设置了环境变量，以便将并行化与以下包一起使用：

由于 .Renviron 不使用代码，我的假设是我可以使用以下语法将此行放入 .Renviron 文件中：

但是，我发现关于如何在 .Renviron 中设置环境变量的有用信息很少，以及在这里放什么是可取的。

因此，我的问题是：

1. 在项目中工作时，如何同时加载用户和项目级别的 .Renviron 和 .Rproject 文件？
2. 我通常会在 .Renviron 中放入哪些环境变量？（任何关于如何设置变量的列表或教程将不胜感激。）
3. 在哪些情况下，建议将环境变量添加到 .Renviron 而不是Sys.setenv()在 .Rprofile 中使用，反之亦然？

我目前有一个在 Rstudio 中创建的 R 项目。对于这个项目，我创建了一个 .Rprofile 文件。最近，我一直在使用 JupyterLab 进行测试，虽然我设置了与setwd("~/path/to/project")我在 RStudio 中创建的项目相同的工作目录 ( )，但 JupyterLab 中的 R 会话不会读取项目的 .Rprofile。

如何在 RStudio 和 JupyterLab 之间共享项目的 .Rprofile 和 .Renviron 文件？

我正在使用 macOS 并且我有一个 Rstudio，我总是使用我的个人文件夹在 Rstudio 中使用 R，我通过以下方式设置默认工作目录

并添加

作为默认工作目录。

然后我创建了一个 .Rprofile 只是为了通过创建一个 .Rprofile 文件来增加历史大小：

并添加下一行

然后使用软盘图标保存它，并在以下位置创建 .Rprofile：

我的问题是，我是否必须将 .Rprofile 更改为工作目录？

还是必须在家里？

如果我想将它移动到我的个人工作目录 (~/R)，如何让 Rstudio 从我的个人文件夹中加载它？？？

谢谢

精简版

有什么简单优雅的使用方式renv，venv和jupyterlabwithIRkernel一起用？特别是，如何renv从不在根目录中的 jupyter notebook 自动激活？

长版

我正在接受一种“多语言”数据科学风格，这意味着同时使用 python 和 R。现在venv太棒了，renv太棒了，jupyterlab太棒了，所以我试图弄清楚将它们一起使用的巧妙方法是什么。

我几乎拥有它，所以可能一些提示就足以完成此设置。这就是我所在的地方。

系统

从干净的操作系统开始，并安装系统级要求：R + renv 和 Python + venv。例如在 Ubuntu 上大概是这样的：

项目

现在创建一个jupyrenv包含两个文件的简单项目：

DESCRIPTION包含 R 依赖项：

requirements.txt包含python依赖项：

创建虚拟环境并安装依赖项（顺序很重要，R 必须遵循 python）：

到目前为止非常整洁！

木星

从命令行启动 jupyter 并高兴，它可以工作了！

有什么不喜欢的？

不幸的是，如果我创建一个文件夹（比如说notebooks）并在那里启动一个 R 笔记本，它就不起作用:(

尝试修复

似乎renv没有从子文件夹中使用，因此我们需要提示R使用它的过程。我试图在子.Rprofile文件notebooks夹中添加一个额外的文件：

具有以下内容：

.Rprofile：

它有点工作，但不是真的。首先，当尝试在notebooks目录中创建一个 R 笔记本时，它会创建一个新的renv：

然后那个 jupyter 实例可以工作，我可以使用它，但是如果我重新启动，它会停止工作并返回丢失的IRkernel错误：

我错过了什么？