问题标签 [renv]
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r - renv - 手动覆盖锁定文件中的包版本
我无法完全恢复renv
锁定文件中的一个包,但我可以安装此包的不同版本。所以我想知道我是否可以手动覆盖锁定文件中的包版本。我只需要更换版本号吗?我也应该更改哈希吗?后果是什么?
r - renv 真的安装了与 r 基础环境隔离的软件包吗?
我有一个通过rstudio
使用 GUI 创建的项目并点击(新建项目)按钮。以下是我如何使用renv
. 我的操作系统是 Ubuntu 20.04 LTS。
到目前为止一切顺利,renv
已经创建了通常的可疑文件和文件夹:
.Rprofile
renv/activate.R
renv/library
它还没有创建renv.lock
。我相信这是因为我从未要求renv::snapshot()
创建文件夹。
然后我开始在我的项目上正常工作,并通过调用安装了几个包install.packages()
。例如dplyr
是其中一个包。但是我注意到,当我关闭项目并调用installed.packages()
我项目中安装的相同包时,也会安装在外部。我认为renv
像conda
python 中的环境一样工作,packages
与其他环境隔离。我在这里想念什么?我的直觉是,这并不是像pythonrenv
那样真正的虚拟环境。conda
当我libPaths()
在我的项目中运行时,我得到了路径renv/library
和/tmp/...
路径:
当我libPaths()
在项目之外运行时,我得到:
r - Packrat::restore() 用于系统依赖
我在 Rstudio 的 Windows 机器上开发了一个闪亮的应用程序。现在我需要在 Linux 机器上开发它,然后需要在服务器上部署它。由于需要跨平台运行应用程序,我正在研究一些环境控制应用程序,这样我就不必手动调整和重新安装所需的包。
为此,我尝试使用 Packrat。我在我的 Windows 机器上制作了一个快照,将项目复制并粘贴到我的 Ubuntu,在 RStudio 上重新打开项目,安装 Packrat 并自动运行包的恢复。然后我遇到了一个问题,一些需要系统依赖的包没有自动安装,例如rgdal和jqr。因此,我不得不在终端中手动安装这些系统依赖项(我花了一些时间,因为其中大约有 10 个需要额外的系统依赖项)。
我想知道是否有更简单的方法来自动处理这个问题。稍后,我将需要与系统管理员合作将应用程序部署到服务器。我想知道 Packrat 是否能够在 Linux 机器/服务器上自动安装系统依赖项。如果有人以前遇到过这个问题,或者有其他更好的选择,请告诉我!
谢谢!
r - 在 R 中协作:renv 与不同版本的 R?
我正在使用 renv 与我的同事协作开展 R 项目。只要每个人都使用相同版本的 R,这似乎工作得很好。这真的是一个强制性的先决条件,还是有可能仍然使用不同版本的 R 进行协作?
我在https://rstudio.github.io/renv/index.html上找不到任何答案......
有任何想法吗?
r - 什么是 RENV_PATHS_CACHE_HOST?-- 码头工人文档
在 docker vignette/documentation 中,他们给出了一个闪亮的应用程序的示例,但没有具体说明他们的参数的含义。其中一些是不言自明的,而另一些则不是。进一步来说:
https://rstudio.github.io/renv/articles/docker.html
什么是RENV_PATHS_CACHE_HOST?RENV_PATHS_CACHE_CONTAINER是我的缓存在运行图像实例/容器时的位置吗?
我不完全确定如何使用这个例子,但我觉得我需要它。
r - 使用 renv 自动安装 github 的配置选项
我正在尝试在带有 renv 的项目中包含一个开发版本包。但是该软件包需要以下安装选项
我在renv
文档中看到可以为安装提供配置选项
https://rstudio.github.io/renv/reference/install.html#package-configuration
但我不清楚如何以及在何处包含此选项,以便其他用户可以重现它
--no-staged-install
我将如何在 renv 环境中传递to renv
似乎不起作用,也没有
- 然后我会将这些说明放在哪里,以便在新用户尝试恢复存储库时遵循 VAST 安装说明?在 .Rprofile 文件中?
r - 为什么`renv` 不恢复旧 R 版本不推荐使用的软件包?
我有以下设置:
- 我从 git repo 初始化了一个新的 R-Project (R 3.4.3)。
- 来自 repo 的项目使用
renv
(0.11.0) 对项目包进行快照 - 该
renv.lock
文件包含多个包。其中之一是raster
版本2.9-5
由于 CRAN 上较新版本的raster
包更改了 R 依赖项(R>= 3.5),renv
因此无法恢复包,因为在 CRAN 上renv
找不到raster
包。
信息:
git repo 上的项目是使用 R 版本 3.4.3 构建的。我也为这个项目使用了本地仓库,但这根本不会引起问题。
有什么建议可以renv
按预期工作吗?
r - 来自 Azure DevOps 的 RStudio 安装包
我正在 RStudio 中使用 R 创建一些内部包。我的存储库托管在 Azure DevOps 中。我看到了,renv.lock
并且有一个存储库部分。
我的组件位于类似的网址中
https://dev.azure.com/mycompany/RComponents/_git/mycomponent
有没有办法在这里添加我的私人存储库?如何从 Azure DevOps 安装 R 包?
r - 使用 RMarkdown 启动 renv::activate() 会导致 R 崩溃
我有一个带有这个命令行的 r-markdown 块:
renv::activate(file.path(proj_root, "my_folder"))
当我在控制台中单独运行此行或使用ctrl
+enter
时,它可以完美运行。
但是当我尝试Run current chunk
或Run all chunks above
按钮时,R 会话失败(我没有更精确的错误消息)。
这是我的 R 规范:
上次我把 Ubuntu 的系统语言从法语改成了英语,能有事吗?
谢谢你的想法。
r - 如何手动管理 R 项目的依赖项?
我知道,并且一直在关注,renv
. 问题是,当使用它时renv
,renv::init()
它会在 repo 中搜索任何.R
文件并将它们添加到 json 文件中renv.lock
,这是一个(通常很大的)json 文件。
如果我想手动添加一个包(例如 styler 或 docopt),这并不简单。
我不同意这个被关闭
只是编辑说明,我认为这将是一个有用的问题
注意 - 我已经重新添加了这个,我也不同意之前的编辑:
不接受社区的回答是个坏主意。