问题标签 [renv]

我正在使用renv一个需要使用旧版本mongolite（1.0 版）的项目。我可以使用remotes::install_version("mongolite", "1.0"). 但是，renv无法在renv::restore(). 我试图将显式源插入到lock-file 中，如下所示：

（我也试过https://github.com/jeroen/mongolite/archive/refs/tags/v1.0.tar.gz）。它只是没有工作（Error: failed to retrieve package 'mongolite' ）。我也尝试Sys.setenv(RENV_DOWNLOAD_FILE_METHOD = getOption("download.file.method"))按照常见问题解答中的建议进行设置，但这也无济于事。

还有什么我可以尝试的吗？

为了应用 MLOps“左移”方法，我为每个项目从虚拟环境切换到容器。问题是，我想记录我使用的 R 包的版本，以便当我从 a 构建容器时，Dockerfile我有一个包含所有正确包的容器。

我目前的方法是使用renv锁定文件并调用renv::restore(). Dockerfile这种方法有效，但是每当我对环境进行快照时，renv都会创建所有其他钩子，例如renv文件夹，而这些钩子.Rprofile在我的容器中是无用的，因为我拥有的唯一环境是容器之一。

有没有聪明的方法呢？

renv将软件包部署到离线机器的正确程序是什么？

我们有一个类似 CRAN 的内部存储库，通过options(repos = list(cran = "http://our.repo.url"))在开发机器和部署机器上进行配置。它在 中指定renv.lock。包renv本身安装在两台机器上，并且都是相同的版本（1.14）。

部署后，在项目目录下启动R后，挂了一会儿，返回错误：

我如何告诉renv要么从系统库复制自己，要么从内部存储库安装？

从系统库中复制当然是首选的做法，以节省编译时间。

我写了一个闪亮的应用程序，用来renv保存工作环境和软件包版本。现在我想在 Digital Ocean 上部署该应用程序，但我找不到使用此环境的方法。

当我只是将 App 文件夹复制到/srv/shiny-server/并尝试renv::restore()它不起作用时。该应用程序仍会在日志中显示软件包丢失。有没有一种简单的方法来代替手动重新安装所有软件包？

我按照https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/215488098-Installing-multiple-versions-of-R上的说明在计算机上从源代码安装了旧版本的 R (4.0.2) -on-Linux和我在 RStudio 中使用rmarkdown和打包以进行分析。knitr我还使用renvpackage 以获得更可重复的环境和代码。

我的问题是我的内联图缺少字体。这是一个例子：

我有一个有 2 列的表格，PT 和 M，我的代码是一个简单的 ggplot：

我真的不知道问题出在哪里：Linux 中缺少软件包，R、RStudio 或rmarkdown?

有人有想法吗？

解决方案

我在我的 ubuntu 上安装了Helvetica.ttf.gz ：

我正在寻找一种方法，使我的以 R 笔记本为中心的工作流程更具可重复性，并且随后更容易使用 Docker 进行容器化。对于我的中型数据分析项目，我使用一个非常简单的结构：一个与 .Rproj 关联的文件夹和一个 index.html（这是 Github Pages 的登录页面），其中包含其他文件夹，其中包含笔记本、数据、脚本等。这种简单的“1 GitHub repo = 1 Rproj”结构也适用于 Github Pages 呈现的我的 nb.html 文件。

我希望保留这个使用 R 笔记本作为文学编程工具和控制文档的工作流程（请参阅RMarkdown Driven Development），因为它似乎非常适合中等可重现的分析项目。不幸的是，缺乏关于使用 Rmd 的工作流的文档renv，尽管它似乎与它很好地集成。

首先，谢一辉在这里暗示，与使用 renv 对单个 Rmd 文档相关的方法包括：renv::activate()、renv::use()和renv::embed(). renv::activate()只做部分工作renv::init()：加载项目并获取init.R. 据我了解，如果项目已经初始化，它会执行此操作，但它的行为就像renv::init()项目未初始化：发现依赖项，将它们复制到 renv 全局包缓存，写入多个文件（.Rprofile、renv/activate.R、renv/ .gitignore，.Rbuildignore）。renv::use()在独立的 R 脚本中运行良好，其中脚本的依赖项直接在该脚本中指定，我们需要在运行相关脚本时自动安装和加载这些包。renv::embed()只是将 的紧凑表示嵌入renv.lock到笔记本的代码块中 - 它通过添加具有依赖关系的代码块并删除对 .Rmd 的调用来更改渲染/保存时的 .Rmd renv::embed()。据我了解，对于可重现的独立笔记本来说，使用renv::embed()and可能就足够了。renv::use()不过，我不介意将锁定文件放在目录中或保留 renv 库，只要它们都在同一个目录中。

其次，与RStudio 包管理器renv一起使用，为后续的 Binder 或 Docker 需求做准备。Grant McDermott在这里提供了一些有用的代码（我认为可能在 .Rprofile 或 .Rmd 本身中）并提供了它的基本原理：

锁定文件是针对 RSPM 作为默认包存储库（即从哪里下载包）的引用，而不是通常的 CRAN 镜像之一。除其他外，这使得跨不同包版本的时间旅行和在 Linux 上快速安装预编译的 R 包二进制文件成为可能。

第三，我想使用here包来处理相对路径。这似乎是让笔记本在传输时或在 Docker 容器内运行时运行的方法。不幸here::here()的是，查找 .Rproj 并将在我的上层文件夹（即notebooks_project）中找到它。.here可以放置的文件会here::set_here()覆盖此行为，使其here::here()按预期指向笔记本文件夹（即notebook1）。不幸的是，该.here文件仅在重新启动 R 会话或运行时生效unloadNamespace("here")（在此处记录）。

到目前为止，这是我尝试过的：

我希望我的 nobooks 能够在本地（已安装、缓存依赖项和初始化项目的位置）以及转移到其他系统时无需更改代码即可运行。每个笔记本都应该有自己的 renv 设置。

我有很多问题：

1. 我的 renv 序列有什么问题？每次运行（初始化和之后）都调用是renv::activate()要走的路吗？我应该使用renv::use()而不是renv::install()andrenv::hydrate()吗？renv::embed()即使每个笔记本文件夹都应该有其renv.lock和库，对于可重现的工作流程是否更好？renv激活时还会创建一个 .Rproj 文件（例如notebook1.Rproj），从而破坏了我的简单 1 repo = 1 Rproj - 这应该与我有关吗？
2. renv-RSPM 工作流程看起来很棒，但是将该脚本存储在 .Rprofile 中而不是将其存储在 Rmd 本身中是否有任何优势？
3. 有没有更好的使用方法here？这unloadNamespace("here")似乎很老套，但似乎是保留.here文件使用的唯一方法。

我有一个 RStudio 项目，它使用 来管理包renv，效果很好。

但有时我想在我不想添加到项目中的主要环境（正确的词？）上使用库来调试或探索某些东西。例如，也许我想运行一些长时间的调试功能并beepr::beep()在最后调用。如果不将beepr软件包安装到项目中，这可能吗？

我有一台运行 OS Big Sur 的 M1 Macbook Pro，只是尝试安装rjags和JAGS. 我从https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/下载 JAGS没有问题，然后运行install_packages("rjags")，但是当我运行时出现library(rjags)此错误：

我理解这意味着 R 无法“找到” JAGS 的安装。我正在使用renv这个项目，但即使我停用它并重新运行install_packages("rjags")，library(rjags)我也会收到错误（只是使用不同的文件路径）：

我是一个没有太多后端计算机专业知识的统计人员，所以我很感激帮助解决这个问题！

我想让内部共享/本地启动一个使用 {golem} 框架开发的闪亮应用更加健壮。

因此，我使用了该renv包并将闪亮的应用程序作为本地包安装到项目文件夹中。

我进行如下操作（感谢@Kat 的建议）：

1. 使用初始化 renvrenv::init(bare = TRUE)

2. renv::install("my_local_package")

3. renv::snapshot(type = "all")

4. renv::isolate()

5. 编写一个包含以下内容的启动文件：

6. 共享文件夹。

但是，在另一台计算机（或 docker 测试环境）上启动闪亮的应用程序时，我收到以下由 package 引起的错误bslib。当我删除缓存时也会发生同样的情况：

注意：即使我将缓存设置为项目本地并在项目文件夹中共享它，也会发生此错误。

但是，现在错误消息不引用全局缓存，而是引用项目本地缓存。不幸的是，它仍然是一个绝对路径，会给其他用户带来错误。

这一切都非常奇怪，我一点也不知道为什么会发生这种情况。

我想避免删除 bslib。

有人可以澄清一下全局缓存与 renv 中的项目库有何不同吗？renv 是否首先搜索项目库，然后搜索全局缓存？