问题标签 [renv]

我打算使用 R 中的renv包在 linux 服务器上设置全局缓存，其他用户可以在其中：i）通过创建指向我创建的renv库的符号链接来使用这些包（从而节省内存和通过不将其安装到他们自己的私有库中来节省时间），并且 ii）在包的多个版本之间快速切换（取决于项目）。

目标是能够快速复制人员代码，而无需事先安装或讨论设置。该人唯一需要的是一个锁定文件，使用 renv 根据各自的锁定文件相同地设置他/她的环境，然后运行/重现代码。

考虑以下示例：

我完成了一个使用 CRAN 的公共包的项目以及我自己开发的一个包。我现在通过设置创建一个共享/全局缓存：

并运行：

它会按预期创建一个包含所有包的文件夹。

不过，如果我想通过创建一个新项目来测试它，将 renv.lock 文件复制到新项目文件夹中，然后运行

它无法检索私有包，因为它试图从 CRAN 存储库中检索它：

错误：无法检索包“rmvtools”此外：警告消息：无法检索 url“https://cran.rstudio.com/src/contrib”的可用包 Traceback（最近一次调用最后）：9：renv:: restore() 8: renv_restore_run_actions(project, diff, current, lockfile, rebuild) 7: renv_retrieve(packages) 6: handler(package, renv_retrieve_impl(package)) 5: renv_retrieve_impl(package) 4: renv_retrieve_unknown_source(record) 3: renv_retrieve_repos( record) 2: stopf("未能检索到包 '%s'", record$Package) 1: stop(sprintf(fmt, ...), call.= call.)

如何“强制” renv ::restore 直接从全局缓存（而不是 CRAN 存储库）创建所谓的符号链接？

我现在的解决方法是将 RENV_PATHS_LOCAL 变量设置为与全局缓存相同的路径，并将 private_package.tar.gz 文件复制到全局缓存。尽管如此，这应该不是必需的，因为我在设置全局缓存时已经安装了包。使用此解决方法，用户必须使用 .tar.gz 文件将私有包安装到他自己的私有 renv 库中（在这种情况下，它不是符号链接，并为每个用户存储一个重复的版本）。

我正在尝试使用名为的 R 包建立与我的数据库的连接DatabaseConnector

我正在尝试下面的代码

当我执行上述命令时，出现以下错误

但直到几天，它工作正常，任何驱动程序位置都没有问题。我没有对司机的位置等进行任何更改。不知道为什么现在会提出这个问题。请问我可以寻求你的帮助吗？

因此，我尝试了以下两个选项。

a) 我下载了驱动程序并在函数的pathToDriver参数中键入下载的位置，ConnectionDetails如下所示。但是，这并不能解决问题

b）我按照此处文档中的建议设置了一个环境变量。所以，我有一个建议的环境变量是DATABASECONNECTOR_JAR_FOLDER. 这指向我下载的 jar 文件（Postgresql-42.2.19.jar）

c）后来，我尝试使用更新到我的 jar 文件位置的downloadJdbcDrivers()函数，pathToDriver但仍然无法解决问题

我可以寻求你的帮助吗？

我正在尝试renv在 R 中使用我的项目管道。

我的文件夹结构是

/rep1是我的分析管道的文件夹，也是我从中运行脚本的文件夹。我正在跟踪我正在使用的包renv，我在 中初始化/rep1，但我还没有创建快照。

/data包含file*.rda，它们由生产script1.R并具有相当大的尺寸。我无法在我的/rep1文件夹中移动它们中的任何一个。为了将它们与 一起使用script2.R，我将它们与

他们应该加载存储在其中的对象。

但是，每当我运行它时，我都会收到以下错误：

我错过了什么吗？当我切换文件夹时，我的印象是出了点问题，但我不确定如何解决这个问题。

预先感谢您的帮助

我在sf通过renv. 我已经在我的 Mac 中从源代码安装了 R，一切都很好。我能够安装rgdal并sf通过，install.packages但无法使用renv. proj_api.h问题是即使我指出了完整路径，安装脚本也找不到标头。

和

一切正常，无需进一步干预。内renv：

标题proj_api.h在 下/usr/local/include/，所以按照我试过的文档：

在安装之前，但结果相同。我不知道接下来要尝试什么。我不明白为什么renv找不到路径以及为什么没有找到路径（位置非常标准）。即使我通过完整路径，也无法理解如何找不到标头。

没有的环境变量renv：

与renv：

三个变量不同，但我猜这很正常：

当然，有些RENV*变量只存在于renv案例中。

进一步挖掘并从这个问题中获得灵感，我检查了gcc. 视情况而异renv。

与renv：

没有renv：

很明显，renv标准内部/usr/local/include不存在（其他路径也存在一些差异）。这是为什么？我该如何解决？

每当我想在我的 Windows 机器上重新创建一个项目时，renv:restore()它总是无法安装包。我总是得到同样的错误（尽管包可能会改变）：

这是我的会话信息：

这也可能有用：

运行后：（Sys.setenv(RENV_DOWNLOAD_METHOD = "curl")或 wininet或libcurl）我总是得到与以前相同的错误。

作为一种解决方法，我执行了以下操作：

1. 关闭项目
2. 正常安装包（没有 renv）
3. 使用 renv 打开项目
4. 恢复快照

如果之前已经安装了这些软件包，它们将被符号链接并且它们可以工作。

不幸的是，这非常麻烦，因为许多软件包都有依赖项，我必须手动安装它们，而这正是我想要避免的事情之一，也是使用 renv 的原因之一！

我正在尝试使用renv::install().

通常，我会使用

指定 icudt61l.zip 依赖项的位置。我怎样才能在 renv 中做到这一点？

我试图添加ICUDT_DIR='path/to/icudt61l.zip/'我的 .Rprofile 但它没有用。

知道如何告诉 renv ICU 在哪里安装 stringi 吗？

这是我得到的错误

我已经获得了可以运行大型模拟的强大机器的访问权限。我已经用 renv 在 RStudio 项目中开发了代码。Renv 制作所有包的本地副本并将其版本存储在锁定文件中。

目标计算机（运行 Windows）无法访问 Internet。我已将项目文件、代码文件、renv 文件夹（包括包的所有本地副本、锁定文件和.RProfile文件）复制到目标计算机上的文件夹中。

当我在目标机器上打开项目时，.RProfile执行source("renv/activate.R"). 但是，这无法加载项目，而是给我以下消息

问题是我无法重新安装它们，因为这台机器无法访问互联网。我可以手动浏览每个包并在我的工作机器上下载二进制文件，然后将它们传输到目标机器，然后逐个安装它们，但这似乎是一件非常痛苦的事情。

有没有办法让我说服 renv 或 R 本身只使用本地 renv 文件夹中的包？

我有一个使用 renv 的 R 项目。但是，我已经有一段时间忽略了拍摄任何快照，现在我收到了一些我不知道如何处理甚至开始制作可重复示例的神秘消息。任何想法，因为我在运行时收到以下错误消息renv::status()

这与我跑步时的消息相同renv::snapshot()

谢谢 ：）

我有一个存储为 tar.gz 文件的 Renv 包。

我想解压缩文件夹并执行以下步骤

a) 单击 .Rproj 文件

b) 使用 Rstudio 中的“安装并重启”选项来构建包

但是，.Rproj 文件不会打开。相反，它一直在加载 fprever，我收到以下错误。

Rstudio 服务器需要很长时间才能响应。您的 Rsession jas 可能会变得无响应。是否要终止当前正在运行的 R 会话

我是 R 和 Rstudio 的新手。关于我应该怎么做才能打开这个 .Rproj 文件的任何建议？

我已经在一台新笔记本电脑（在 MacOS Catalina 上运行）上下载了一个旧的 repo，并尝试运行一个 R 脚本。

回购有一个 renv 锁定文件 - 意思是，我应该能够恢复所有依赖项。

但是当我运行renv::restore()命令时，会出现以下错误消息：

我无法理解错误消息中的链接（此处复制：Mac OS XR error "ld: warning: directory not found for option"）。

从我的问题搜索中，我遇到了一些超出我的 R 知识水平的可能解决方案，例如：

• “[...] 在我的主目录中创建文件 ~/.R/Makevars。” （无法在 R 中安装基于 fortran 的软件包 - “gfortran -m32:not found”）
• “[...] 安装了 gcc 和 gcc-fortran 并解决了它”（无法在 R 上安装软件包）
• 类似的想法在这里：OS X 软件包安装依赖于 gfortran-4.8

这里的一些指导将不胜感激。如果您需要任何其他信息，请告诉我（第一次在这里发布）。

提前致谢！

解决方案

从此页面下载并安装“gfortran-6.1.pkg（OS X 10.11+，签名，64 位）”：https ://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/