问题标签 [renv]
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r - 将 renv 用于私有 GitLab 包
我有一个本地 GitLab 帐户,其中包含可以通过以下方式安装的 R 包:
当我运行renv::init()
包源时未知。入门文章确实提供了有关如何设置函数来处理私有存储库的详细信息,但在使用devtools
和时我无法为 GitLab 弄清楚git2r::cred_user_pass
。我可以将GIT_USER
和存储GIT_PASSWORD
在一个.Renviron
文件中,但我不确定如何使用这些凭据强制使用该init
功能。devtools::install_git
我确实尝试过,但后来出现错误:
他们提供的所有示例选项都使用 GitLab 令牌进行身份验证:
也许有一种更好的方法可以从本地 GitLab 存储库安装,并且可以更好地使用renv
?
r - 可以使用 renv 来创建具有特定 R 版本的虚拟环境吗?
在之前使用依赖 R 3.6.3 之后,我最近安装了 R 4.0。为了管理 R 存储库,我使用 Rstudio(目前在 Windows 10 机器上为 1.2.5042)。升级到 R 4.0 后,我打开了几个月前的一个项目,并意识到 Rstudio 现在默认使用较新版本的 R(以及它的库文件夹)。运行时renv::restore()
,renv
尝试为较新版本的 R 重新安装 .lock 文件中的所有库,但我看不到任何方法可以指定我要继续使用 R 3.6.3 及其关联库。
来自 python 背景,我假设这renv
将创建一个虚拟环境,该环境将解释器和项目使用的库隔离开来(类似于 anaconda 环境的创建方式)。但是,在查看文档并进行一些搜索后,我发现没有提及隔离特定版本的 R。但是,我发现 Rstudio 默认使用最新版本的 R,这不一定是我想。
我曾尝试使用 anaconda 来管理 R 环境。然而,Anaconda 依赖于它自己的较小的 R 包存储库,而且我需要的许多库都来自研究人员,他们将代码存放在 GitHub 上。
有没有办法创建一个 R 环境,我可以在其中隔离 R 库和 R 本身的版本?或者,关于如何使用 R/Rstudio 的环境,我可能缺少一些东西?
r - 无法使用 renv 在闪亮的服务器中加载已安装的软件包
我有几个大型闪亮应用程序,它们可以在我的本地计算机上完美运行,但不能在我闪亮的服务器上运行,因为似乎无法加载大多数已安装的软件包。
我使用这个包是renv
因为我想避免不同闪亮应用程序中使用的包之间的依赖问题。所以我所有的 nessecary 包都包含在一个文件夹renv
中,我想从中加载它们以运行我的应用程序:
最小的工作示例:
当我调用相应的 http 页面时,此错误消息出现在我的日志文件中:
当我标记library(RPostgreSQL)
为评论时,我可以毫无错误地运行该应用程序。由于所有 packages shiny
、DBI
和仅在我的 renv 文件夹中可用(而不在默认的闪亮库中),我假设通过命令加载包RPostgreSQL
似乎有效。因此,我不认为这只是一个权限问题(我不欠管理员权限或以用户shiny运行/登录的权限。shinyalert
.libPaths()
此外,我不认为这个问题仅限于包RPostgreSQL
,因为我试图加载许多不同的包。
它适用于以下软件包:
shiny
leaflet
stats
utils
graphics
DBI
shinycssloaders
shinyalert
shinyjs
DT
.
它不适用于以下软件包:
sp
plotly
RPostgreSQL
postGIStools
dplyr
lubridate
devtools
rCharts
rjson
yaml
config
.
我至少知道以下两个类似的问题:
但是,他们都没有帮助解决我的问题。
我的本地计算机和闪亮的服务器都使用 R 3.6.3。
非常感谢任何帮助!
r - 当我尝试删除 renv 文件夹时,Renv 正在重新启动我的电脑并提示蓝屏
我在 Rstudio 上创建了一个项目,并尝试删除该项目创建的所有文件夹。我还创建了一个 renv(r 虚拟环境),当我尝试删除该文件夹时,我的系统提示蓝屏。我试过renv::deactivate()
但它不起作用
r - 如何使用 renv 更新项目中使用的 R 版本
我有一个使用 R 3.6 的项目,我已将 R 升级到 4.0.2,并希望在该项目中使用 4.0.2。我想知道如何去做,或者我应该完全删除renv/
并重建?
编辑
我做了以下事情:
并且2
从上面选择,这似乎是合理的。
r - 默认情况下如何为 `renv` 导入已安装的包
我想测试跨个人集体维护 R 脚本的潜在功能。我尝试与 Can 软件一起开发 Rstudio 项目,例如。Dropbox 和版本控制(例如 Git),所以我们可以拥有来自不同维护者的所有更新的所有记录。因此,我尝试测试新发布的 R 包renv
。
在我的 Mac OS 上,我新安装的软件包位于第一个目录中,如下所示。
但是,当我使用renv::init()
. 它只有基本的包可用。我怎样才能将这些已安装的包直接移动到全局缓存中而无需重新安装这些包?
python - 如何以类似于 Python 和 Pyenv 的方式从 shell 管理多个版本的 R
对于 Python,我可以在终端中使用 Pyenv 来安装和管理不同的 Python 版本,从中我可以创建用于项目的虚拟环境。
使用 RI 可以使用 renv 创建 R 环境,但我不知道如何从终端安装和管理不同版本的 R 本身。
我在 mac os 上 - 但希望该解决方案适用于 mac 或 Linux。
类似问题
我很欣赏与此类似的问题,我所看到的内容如下,不适合我的问题:
- 如何安装和管理 R 的多个版本 是旧的,并且是关于没有 root 访问权限(我有 root 访问权限)
- 如何在 Mac 上管理不同版本的 R? 是特定于 mac 的,并且似乎需要使用一些 GUI 工具,而我希望能够从 shell 管理事物。
r - .r 版本的目的是什么
我正在使用 RStudio 项目并renv
用于包控制。在我的renv.lock
文件中,正在使用的 RI 版本是4.0.2
,这确实是项目正在使用的 R 版本。但是,我在项目的根目录中有一个文件,.r-version
其内容是
这个文件的目的是什么,我该如何更新它,或者我应该删除它?
r - renv 0.12.0 是从项目库中加载的,但是 renv 0.11.0 记录在 lockfile 中
在 rstudio 上打开项目后,我收到以下警告:
运行时renv::record("renv@0.12.0")
我收到此消息:
运行时renv::restore()
我得到这个:
我假设有一个锁文件,但它不在那个路径中,所以我在父目录中查找锁文件。我的操作系统是 Ubuntu 20.04
但是这个文件夹下没有lockfile。我在这里想念什么?在谷歌搜索上找不到任何有用的答案。
更新:renv::diagnostics()
根据要求
再次锁定文件似乎不存在
r - 初始化 renv 导致 RStudio 崩溃
我最近在一台新计算机上安装了 R 和 RStudio,并想创建一个 RProject。我以前使用过renv包,到目前为止效果很好。
但是,当我尝试初始化 renv 库时,它首先在 Rproject 中创建了所有必要的文件夹,但随后突然出现以下错误:
Fehler in data[[1]] . Indizierung ausserhalb der Grenzen
后来它说:Fataler Fehler:无法初始化 JIT
最后产生致命错误并崩溃。
我已经卸载并重新安装了 R 和 RStudio 两次,但没有成功。有任何想法吗?