问题标签 [r-mice]

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r - R(鼠标包)中的错误,权重过多

使用库“mice”中的mice 函数输入缺失案例时出现以下错误

该问题是由函数产生的,mice.impute.polr并且mice.impute.polyreg是因为默认的最大权重数。我无法通过使用命令来解决它,也无法substitute通过复制函数的代码和编写新函数mice.impute.polr来解决它mice.impute.polyreg(因为我找不到 call 的函数augment)。我已经告诉我应该去源代码修改它。

我该怎么做?还有其他解决方案吗?

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r - 如何从 R-package 'mice' 中提取汇总的估算数据?

我有一个关于由 R-package 'mice' 创建的估算数据聚合的问题。

据我了解,'mice' 的'complete' 命令用于提取例如第一个插补的插补值。但是,当总共运行十次插补时,我不确定要提取哪些插补值。有谁知道如何在所有插补中提取(汇总)插补数据?

由于我想将数据输入 MS Excel 并在另一个软件工具中执行进一步的计算,这样的命令将非常有帮助。

谢谢您的意见。一个简单的例子(来自“老鼠”本身)可以在下面找到:

如何聚合五个估算数据集并将估算值提取到 Excel?

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r - R中分类数据的多重插补

我使用 R 软件进行了多次插补来完成我的数据集。

见下面的例子:x3(最小值=0,最大值=6);x4(最小值=1,最大值=5)。

在通过mice(with m=5) 对我的数据集进行插补后,我想为每个插补数据集 (m=1 到 5)这两个变量 (A3和) 插补后产生新的比例(即插补比例)。A4您是否知道如何将五个估计的结果合并为一个(比例和标准误差),如下所示:A3= x%、x%、x%、x%、x%、x% 和 A4 = y%, y%, y%, y%, y% ?

你知道任何R代码来处理这个吗?

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r - 在 R 中使用小鼠进行多重插补的自定义预测矩阵不起作用

我正在尝试将我自己的预测矩阵强加到 R 中的 mouse 包的命令中,以控制估算哪些变量以及基于哪些变量估算它们。但是,该命令不起作用。我有 33 个变量,我以这种方式构建矩阵:

我对其他 5 个变量做同样的事情(将行和列都设置为 0,这样它们就不会被估算,也不会用于估算其他变量)。因此,这发生在总共 7 个变量中。

然后我开始估算

插补开始后我收到的错误消息是:

其中 Ed_level 和 Occ_level 是两个变量 - Occ_level 是行和列已设置为全 0 的七个变量之一(也许不是机会?)。

由于数据集很大,我无法使示例更具重现性。但是我对较小数据集的所有实验都有效;这是因为矩阵,因为如果我不使用自己的矩阵,一切正常。我想不出什么可能是错的。除了两个维度都等于变量的数量(仅包括 0 和 1)并且对角线 = 0 之外,预测矩阵是否还必须遵守其他要求?我在老鼠的文档中找不到任何东西。先感谢您!

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r - 如何在老鼠之后对多个因变量重复执行glm?

我有一个数据框 ,nrow=4312, ncol=105我使用它执行了多个插补mice

现在,我需要使用 40 个不同的因变量重复并分别执行多个逻辑回归,并将特定值提取到不同的数据框中。一种这样的回归和价值提取的例子是:

  1. 我怎样才能做到这一点,而不是为每个变量写 40 次?
  2. 是否可以使用 for 循环来做到这一点?

谢谢大家的帮助!

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r - 将嵌套小鼠模型与交互项进行比较

Rmice包含一个函数 ,pool.compare来比较适合估算对象的嵌套模型。如果我尝试包含交互项:

然后它返回以下错误:

听起来方差 - 协方差矩阵不包括交互项作为其自己的变量。解决这个问题的最佳方法是什么?

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r - 如何将多重插补数据与小鼠相结合?

我将数据集分为男性和女性,然后使用mice包分别估算。

现在,我有两个包含 10 个估算数据集的对象。一个给男人,一个给女人。我的问题是,如何将它们结合起来?通常,我只会使用:

comp_imp<-complete(imp,"long")

我是不是该:

  1. 用于rbind.mids()合并男性和女性的数据,然后将其转换为长格式?
  2. 我应该先转换为长格式然后使用rbind.mids()orrbind()吗?

感谢您的任何提示!=)

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更新 - 可重现的示例

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r - 结合 Cox 模型后的估算数据

我想在表中估算一些缺失的数据,并在估算的表上运行 Cox 模型。

我可以在我的数据上运行插补,并在插补数据上运行 cox 模型,但我不明白如何查看数据集中的 cox 输出,其中一些值是插补的(即我特别需要我输出中的风险比和 P 值)。

命令是:

然后我确保我的相关变量是因素(例如,队列可以是 0 或 1,以确保这些被视为不同的类别)。

然后我重新调整因素以使 Cox 模型在以后更容易解释:

然后我对数据进行了估算:polyreg 用于具有两个以上级别的分类数据,logreg 用于具有 3 个级别的因子。

然后,我运行 Cox 模型以在估算数据集上运行:

输出是 5 个 cox 模型分析。我无法将信息集中在一起。当我输入“pool(cox_with_imp)”时,它会给我一些统计数据。但我想要一个包含 HR 和 P 值的“汇总”表。

有谁知道我输入的命令,将 5 个估算的 Cox 模型汇集到一个具有 HR 和 P 值的共识 Cox 模型中。

谢谢。

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r - 即使列中的数据相同,也会进行 MICE 插补

即使列中的所有值都相同,是否可以使用包 MICE 进行插补?然后它将仅使用该数字进行估算。

例子:

仅估算 var2。我希望它也用 2.3 替换 var1 中的 NA。

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r - 提取 Kaplan-Meier 阶跃函数

我要做的是在来自 MICE 的 5 个估算数据集上拟合 5 个 Kaplan Meier 曲线。我的目标是在每个时间点取 5 个生存概率的平均值。我认为如果我有构成每条 KM 曲线的阶跃函数的确切形式,这将很容易,但我不知道如何提取它。

这是我将运行的代码示例

挑战在于生存时间和死亡指标始终是固定的,但每个性别的数量在插补之间会发生变化。正因为如此,每组中的数量,因此事件的数量和时间在插补之间发生变化。

我的计划是什么,假设我可以得到阶跃函数,那就是在阶跃函数上使用 apply predict 来获得手段。这是最好的解决方案,还是您认为会有更好的解决方案?