我想在表中估算一些缺失的数据,并在估算的表上运行 Cox 模型。
我可以在我的数据上运行插补,并在插补数据上运行 cox 模型,但我不明白如何查看数据集中的 cox 输出,其中一些值是插补的(即我特别需要我输出中的风险比和 P 值)。
命令是:
>library("mice")
>Table <-read.table("TestTable",stringsAsFactors=TRUE,header=TRUE)
然后我确保我的相关变量是因素(例如,队列可以是 0 或 1,以确保这些被视为不同的类别)。
> Table$Cohort <-as.factor(Table$Cohort)
> Table$Sex <-as.factor(Table$Sex)
> Table$Type <-as.factor(Table$Type)
> Table$Grade <-as.factor(Table$Grade)
> Table$Comorbidity <-as.factor(Table$Comorbidity)
> Table$SNP1 <-as.factor(Table$SNP1)
> Table$SNP2 <-as.factor(Table$SNP2)
然后我重新调整因素以使 Cox 模型在以后更容易解释:
>Table$SNP1 <-relevel(Table$SNP1,"WT")
>Table$SNP2 <-relevel(Table$SNP2,"WT")
>Table$Grade <-relevel(Table$Grade,"1")
>Table$Comorbidity <-relevel(Table$Comorbidity,"1")
然后我对数据进行了估算:polyreg 用于具有两个以上级别的分类数据,logreg 用于具有 3 个级别的因子。
imp <-mice(Table,maxit=5,seed=12345,me=c("","","","","","","","","","","","polyreg","polyreg","logreg","logreg"))
然后,我运行 Cox 模型以在估算数据集上运行:
library("survival")
Table$Survival <-as.numeric(Table$Survival)
cox_with_imp <- with(imp,coxph(Surv(Survival,Event)~strata(Cohort) + strata(Grade) + strata(Comorbidity) + factor(SNP1) + factor(SNP2)))
输出是 5 个 cox 模型分析。我无法将信息集中在一起。当我输入“pool(cox_with_imp)”时,它会给我一些统计数据。但我想要一个包含 HR 和 P 值的“汇总”表。
有谁知道我输入的命令,将 5 个估算的 Cox 模型汇集到一个具有 HR 和 P 值的共识 Cox 模型中。
谢谢。