问题标签 [r-faq]

我有一个mat500 行 × 335 列的二维矩阵和一个 120425行的datdata.frame。data.framedat有两列I和J，它们是用于索引行、列的整数mat。我想将值添加mat到dat.

这是我的概念失败：

（我在 Win32 上使用 R 2.13.1）。再深入一点，我发现我在滥用矩阵索引，因为我似乎只得到 的子矩阵mat，而不是我预期的一维值数组，即：

我期待类似的东西int [1:100] 20 1 1 1 20 1 1 1 1 1 ...。使用行、列索引来索引二维矩阵以获取值的正确方法是什么？

我在 R 中发现了 t-tests 和 chi-squared 这个问题，但我认为这个问题通常适用于其他测试。如果我做：

我得到：t = -64.6472, df = 18.998, p-value < 2.2e-16。我从评论中知道-2.2e-16的值是.Machine$double.eps- 的最小浮点数1 + x != 1，但当然 R 可以表示比这小得多的数字。我还从 R FAQ 知道 R 必须将浮点数舍入到 53 位二进制精度：R FAQ。

几个问题：（1）我将其读取为 53 位精度的二进制数字是否正确，或者 R 中的值< .Machine$double.eps是否计算不准确？(2) 为什么在进行此类计算时，R 没有提供一种方法来显示 p 值的较小值，即使精度有所损失？(3) 有没有办法显示更小的 p 值，即使我失去了一些精度？对于单次测试，2 个十进制有效数字就可以了，对于我要 Bonferroni 正确的值，我需要更多。当我说“失去一些精度”时，我认为 < 53 个二进制数字，但是 (4) 我完全弄错了，任何 p 值< .Machine$double.eps都非常不准确吗？(5) R 只是诚实而其他统计数据包不是吗？

在我的领域，非常小的 p 值是常态，一些例子： http : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20154341，http: //www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10 .1371%2Fjournal.pgen.1002215这就是为什么我要表示如此小的 p 值。

感谢您的帮助，对于如此曲折的问题感到抱歉。

我有一个 R 数据框，我试图从另一列中减去一列。我使用运算符提取列，$但列的类是“因子”，R 不会对因子执行算术运算。是否有特殊功能可以做到这一点？

我想卸载一个包而不必重新启动 R（主要是因为在我尝试不同的、冲突的包时重新启动 R 会令人沮丧，但可以想象这可以在程序中使用一个函数然后使用另一个函数——尽管命名空间对于这种用途，引用可能是一个更好的主意）。

?library没有显示任何可以卸载包的选项。

有一个建议可以detach卸载包，但是以下都失败了：

错误detach(vegan)：无效name参数

错误detach("vegan")：无效name参数

那么如何卸载包呢？

这是一个常见问题解答问题，因此请尽可能完整。答案是社区答案，因此如果您认为缺少某些内容，请随时进行编辑。

这个问题在 meta 上得到了讨论和批准。

我正在使用 R 并尝试过some.function，但收到以下错误消息：

这个问题经常出现。当你在 R 中遇到这种类型的错误时，你如何解决它？

我有一个数据框，并试图只选择我感兴趣的观察结果：

不幸的是，这个命令破坏了data.frame结构并返回一个 long vector。

我想要得到的是data.frame不符合我的标准的观察结果的缩短。

我想在 Linux 上将几个 R 库 (*) 从一个驱动器移动到另一个驱动器，并且想知道一个简单的移动是否可行且安全，或者我是否应该卸载并重新安装这些包。我意识到库的位置是.libPaths()通过“R 安装和管理”手册来确定的，并查看了有关迁移库的信息，但没有看到推荐的过程。

我认为三个选项：

1. 运行remove.packages()所有非基础包，并通过install.packages(lib = "/path/to/new/location").
2. 使用符号链接移动库（目录）mv并使用符号链接指向新位置（并最终删除符号链接）
3. 按照R 安装和管理手册中的建议，使用mvLinux 中的命令将目录批量移动和更新.Library.siteR_HOME/etc/Rprofile.site

选项#1 是直截了当的。选项 #2 应该可以工作，但似乎有点不合理。

#3 安全还是存在严重问题？我发现的问题是：目录权限以及任何包的设置存储绝对路径而不是相对路径的可能性（这似乎不合理且不必要）。

关于绝对路径的存储，我发现rJava将 的位置存储R_HOME在一个名为run. 这本身不是库问题，但它表明一个包（以及一个好的包）保留了绝对路径的私有副本。

(*) 有几个库和许多包。自然，只有库（目录）被移动，但包可能会受到影响。

更新 1 / 澄清：只是为了澄清：我只是迁移库，而不是更改 R 的版本或包的版本。更新 R 或软件包可以单独完成，但问题只是移动库是否可行。似乎如果有必要更新或重新安装所有软件包以确保正确安装，那么这是一个更类似于选项 #1 而不是选项 #3 的路径。

更新2：另一个SO帖子的答案对如何在升级时避免这个问题有一些好主意。我没有升级 R，但 Dirk Eddelbuettel 建议不在 R 的文件树中安装软件包是明智的。

我使用 R 绘制了一个简单的线性回归。我想将该图像保存为 PNG 或 JPEG，是否可以自动执行？（通过代码）

有两个不同的问题：首先，我已经在我的显示器上查看情节，我想按原样保存它。其次，我还没有生成绘图，但我想在执行绘图代码时直接将其保存到磁盘。

我想制作一个条形图，其中一个值比所有其他值大得多。有没有办法让y轴不连续？我的数据如下：

有没有办法让我的轴从 1-10 运行，然后从 490-500 运行？我想不出任何其他方式来绘制数据（除了转换它，我不想这样做）

[编辑 2019-05-06]：

8 年后，需要修改上述代码以使用 3.1.1 版本ggplot2才能创建相同的图表：

如何连接（合并、组合）两个值？例如我有：

我的目标是将“tmp”中的两个值连接到一个字符串：

哪个功能可以为我做到这一点？