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我想在 Linux 上将几个 R 库 (*) 从一个驱动器移动到另一个驱动器，并且想知道一个简单的移动是否可行且安全，或者我是否应该卸载并重新安装这些包。我意识到库的位置是.libPaths()通过“R 安装和管理”手册来确定的，并查看了有关迁移库的信息，但没有看到推荐的过程。

我认为三个选项：

  1. 运行remove.packages()所有非基础包，并通过install.packages(lib = "/path/to/new/location").
  2. 使用符号链接移动库（目录）mv并使用符号链接指向新位置（并最终删除符号链接）
  3. 按照R 安装和管理手册中的建议，使用mvLinux 中的命令将目录批量移动和更新.Library.siteR_HOME/etc/Rprofile.site

选项#1 是直截了当的。选项 #2 应该可以工作，但似乎有点不合理。

#3 安全还是存在严重问题？我发现的问题是：目录权限以及任何包的设置存储绝对路径而不是相对路径的可能性（这似乎不合理且不必要）。

关于绝对路径的存储，我发现rJava将 的位置存储R_HOME在一个名为run. 这本身不是库问题，但它表明一个包（以及一个好的包）保留了绝对路径的私有副本。

(*) 有几个库和许多包。自然，只有库（目录）被移动，但包可能会受到影响。

更新 1 / 澄清：只是为了澄清：我只是迁移库，而不是更改 R 的版本或包的版本。更新 R 或软件包可以单独完成，但问题只是移动库是否可行。似乎如果有必要更新或重新安装所有软件包以确保正确安装，那么这是一个更类似于选项 #1 而不是选项 #3 的路径。

更新2：另一个SO帖子的答案对如何在升级时避免这个问题有一些好主意。我没有升级 R，但 Dirk Eddelbuettel 建议不在 R 的文件树中安装软件包是明智的。

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选项#3（将旧库复制到新库）应该可以工作......但当且仅当你运行：

update.packages(checkBuilt=TRUE)

通过这种方式，需要为新版本重建的包将得到更新。通常情况下，新版本会添加要求（例如 2.14.x 中即将出现的 NAMESPACE 要求）。

编辑：看到这只是在躺椅周围移动....如果您要移动任何基本 R 安装，我将退出支持 #3。它在 Mac 上对我有用，但我在 R 安装和管理指南或 R 常见问题解答中没有看到它应该工作的承诺。您可以通过以下顺序完成#1（这在各种条件下可能是最安全的）：

# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories.

使用新安装的 R 版本，并将 .Libpaths 设置为您的首选项（甚至是相同的旧安装）：

load("pkglist.Rdata")
install.packages(save.pkg.list)

如果 R 可执行文件未更改，只需将包移动到新库可能会成功（假设您还更改了 .Libpaths），但我没有 Linux 安装来测试它或知道配置操作设置的任何指针将如何受到影响。

于 2011-08-20T22:28:21.573 回答
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将接受的答案与这个答案结合起来，我找到了一个更简单的解决方案：

lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
remove.packages(to_install, lib="C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3")
install.packages(pkgs = to_install, lib="C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")
于 2019-11-20T01:30:17.600 回答