问题标签 [pls]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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python - python中的稀疏偏最小二乘回归

我知道在 R 中有一个用于稀疏 PLS 的库(由 Chun 和 Keles 2010 开发;DOI:10.1111/j.1467-9868.2009.00723.x),在 Python 中有一个用于 SPLS 的库,所以我可以随时使用吗?顺便说一句,SPLS 与“稀疏最小二乘回归”不同。谢谢。

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r - 在 R 中使用 mlr 包执行多类 PLS-DA

我想使用偏最小二乘判别分析 (PLS-DA) 来解决要预测多个类的分类问题。我知道 PLS-DA 不限于两个类问题,我相信使用 Caret 包中的 plsda 可以处理这个问题,但是当我尝试在 mlr 包中构建 PLS-DA 模型时,我得到一个错误提示我的任务是“多类问题,但学习者 'classif.plsdaCaret' 不支持!”

是否可以使用 mlr 构建多类 PLS-DA 模型,我只是使用了错误的学习器吗?这是一个可重现的示例:

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r - PLS-DA 个人在 R 中使用插入符号包绘制

我想用 R 中的插入符号包为 PLS-DA 绘制个人图(类似于 PCA 图)并为不同的组添加颜色(见附图,这是 PCA 的一个示例,但我想要相同PLS-DA 的图形)。有人可以帮我弄这个吗?

PCA 图

这是一个生成与我使用的数据相似的随机数据的代码。Ycalib 包含有 2 个级别的向量变量,Xcalib 包含 539 个光谱波长(代码下方生成 10 个波长)。

这是我在插入符号中的 PLS-DA 代码:

我希望它足够清楚,因为我是 R 的初学者。

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r - 如何从 pls 模型中解释 y 方差

我已经用“PLS”包计算了一个 PLS 模型,我想绘制解释的 Y 方差。我尝试查看创建的变量,但找不到任何相关的内容。但是,我可以找到解释的 X 方差和总 X 方差。当我在我的模型上使用汇总函数时,我确实看到了我想要的数字,但我无法找出如何提取它们以便我可以绘制它们。

完美的场景是如果有一个包含 X 和 Y 方差的默认图,但我认为没有。

这是我正在寻找的摘要的最后一行。

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r - 在 PCR 函数 R PLS 包中使用预定义拆分

为了确保良好的人口代表性,我从我的训练数据中创建了自定义验证集。但是,我不确定如何在 R 中的 PCR 中进行接口

我试图在分段参数中添加一个列表,其中每个索引类似于您在 python 预定义拆分 cv 迭代器中所做的操作,该迭代器运行但需要永远。所以我觉得我一定在某个地方犯了错误

其中 test fold 是包含属于索引的验证集的列表

例如,如果训练数据由 9 个样本组成,我想使用前三个作为儿子的第一个验证集

这运行但它非常慢,如果我执行常规“CV”,它会在几分钟内运行。到目前为止,结果看起来还不错,但是我需要进行一千多次跑步,并且需要 1 小时才能完成一次。因此,如果有人知道我如何加快速度,我将不胜感激。

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r - 在 R 中绘制 3D:以辛烷为函数的经典光谱汽油

在 pls 包中加载一个数据集,该数据集包括 60 个汽油样品在 401 个波长下的光谱强度,以及它们的辛烷值。在我的例子中:

我喜欢用辛烷值绘制 NIR 的 3D 表示,我的圣杯图是:

https://it.mathworks.com/help/stats/examples/partial-least-squares-regression-and-principal-components-regression.html

但是这个输出图是在 matlab 中创建的,而不是在 R 中创建的。原始代码是(https://it.mathworks.com/help/stats/examples/partial-least-squares-regression-and-principal-components-regression。 html ):

请问R中有任何想法或类似的功能/包吗?提前致谢!

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python - 如何计算多个因变量(y1 和 y2)上的自变量(x)的相关性?

假设我们有 10 个自变量 x1,x2,x3,...xn,它们都是具有相同级别 0,1,2 的分类(例如,0 = 无颜色,1 = 红色,2 = 绿色),你有两个相关(响应)变量(例如,y1 = 裤长,单位为 m,y2 = 腰围,单位为 m)。我们如何确定哪些自变量 (x1,x2,x3,...xn) 驱动因变量 (y1 和 y2)?

数据示例如下:

我在 python 中尝试了 PLS 回归,这是我的代码

这种方法的实际结果如下:我正在为数据集中的所有行获取一个 numpy 数组,如下所示

如何解释这个?

而且,有没有办法计算这类问题中的直接相关性和特征重要性?

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r - 从 R 中的 PLS 中提取系数/变量以用于决策树或其他类型的模型

我在 R 中运行了偏最小二乘法 (PLS),我想提取变量以便我可以运行决策树或随机森林或其他类型的模型。

我试过 pls1$coefficients

我想要它创建的实际变量本身。例如,PCA 创建 PC1、PC2 等。我假设(可能不正确)PLS 也是如此。

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r - 如何使用ggplot2重叠两个具有不同轴的双图?

我正在尝试重新创建以下 plsr biplot:

请加载图

plsr代码

提取真菌类群负载

提取叶特征载荷

生成两张图,一张用于真菌类群,一张用于叶性状

叠加图的功能

在单个地块上运行函数

这就是我最终得到的:

请使用 ggplot2 加载绘图

我的问题是如何让顶部 x 轴与绘图顶部匹配?目前它位于顶部并与地块相邻。我使用了之前在这里找到的代码(使用 ggplot2 绘制偏最小二乘回归 (plsr) biplot)。任何帮助都会很棒!

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r - pls路径建模中的两步内生变量

我正在研究一个 PLS-PM 模型,该模型基本上由 24 个李克特规模的问题 (1-5) 组成。我使用 6x4 问题(清单变量)来组成 4 个潜在结构/变量。

我需要帮助的地方是将模型转换为基本上两个步骤。所以我想要这些 24 MV -> 4 LV -> 1 LV。这意味着四个潜在构造构成了最终的潜在构造。

现在我确实有一个问题要探索这个最终的潜在变量,但我认为这不是基于数据收集过程的好衡量标准。所以我想知道是否有人在从 24 个清单变量到 4 个潜在变量的两步模型中有提示,然后将它们绑定到一个最终的潜在变量中。

我一直在使用以下数据:

然后将这些数据实现到 PLS-PM ( plspm-package) 框架中,如下所示:

我已经编写了自己的函数来评估 PLS_model 太长,无法在这里分享,但是结果是这样的:

所以令我困惑的是我如何将这些结果转换为对“ME”变量的实际估计,或者我是否可以在利用这 4 个潜在构造(PU、LE、BE 和体育)。

所以基本上我感兴趣的是关于如何使用这些数据为最终的 ME 变量创建度量的想法,并且通过 plspm 框架有一种不同的方法,它比使用差的 MV 度量更好( '我' - 变量)。

我查看了 Gaston Sanchez 的 pls-pm 包指南,链接在第 143-148 页,讨论了两步过程,但似乎清单变量与基于潜在变量解释的最终变量相关联.