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我如何确定 metaMDS 何时应用于我的社区数据的转换类型autotransform=TRUE？

我正在寻找有关如何正确解释 NMDS 图上的排序椭圆以及该解释如何随着用户选择的不同置信水平和椭圆“种类”（例如标准误差与标准偏差）而变化的清晰解释。具体来说，我正在使用包中的ordiellipse()功能vegan。

例如，在我的 NMDS 图中，我的数据按具有三个级别的因子分组。ordiellipse()我可以使用specificying绘制三个单独的排序椭圆kind='sd'，conf=.60它们包含我的大部分但不是全部的点，让我了解每个组内点的质心和分布。但我正在努力准确地表达这些椭圆所代表的含义。他们是否意味着我们有 60% 的信心，每组的真实平均值位于其椭圆内？或者我们有 60% 的信心，每个组的平均值 + 1 个标准差位于其椭圆内？还是完全不同的东西？如果我改变conf内的置信水平，这种解释会如何变化ordiellipse()？kind还是从 SD 到 SE的椭圆？

我有一个单词共现矩阵，如下所示。我想使用 MDS 来减少尺寸并绘制它。在 sklearn 中有一个函数model = MDS(n_components=2, dissimilarity='precomputed', random_state=1)并应用模型output = model.fit_transform(input)我的理解是输入应该是一个相异矩阵，而不是我所拥有的相似矩阵。那是对的吗？有没有可以用来转换这个共现相异矩阵的函数？我对此很陌生。非常感谢您的帮助。

我已经对 Isomap 函数进行了编码，首先是计算欧式距离矩阵（使用 scipy.spatial.distance.cdist），接下来基于 K-最近邻方法和 Dijkstra 算法（确定最短路径）我已经计算了全部距离矩阵路径，最后我做了地图计算，然后是降维。但是，我想使用 epsilon 而不是 K 近邻，如下所示：

Y = isomap (X, epsilon, d)

• X 是一个 n × m 矩阵，对应于具有 m 个属性的 n 个点。

• epsilon 是距离矩阵的匿名函数，用于查找邻域的参数。（邻域图必须通过消除宽度大于完整距离图的ε的边来形成）。

• d 是表示输出维度的参数。

• Y 是一个n × d 矩阵，表示从isomap 产生的嵌入。

提前致谢

我目前正在尝试了解 Isomap 结果与 PCA 和 MDS 有何不同，以及它们是否更适合我的数据。为此，我开始使用 vegan 在 R 中使用 BCI 数据集及其基本示例https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/isomap提供的 isomap 函数（代码如下） . 一些出版物将残差方差作为一个很好的衡量标准（例如“Tenenbaum 2002 年的原始论文，第 2321 页） https://web.mit.edu/cocosci/Papers/sci_reprint.pdf 然而，到目前为止我还没有从示例中的对象“ord”中提取此信息。有这个元素 ord[["eig"]]，可能与它相关，但到目前为止我很困惑。非常感谢帮助！

我正在尝试使用 MDS 可视化我的数据框的 3 个特征，以将它们缩放到 2 维。

因此，我在二维中执行 MDS 以绘制新数据，根据目标变量为每个点赋予不同的颜色。我的目标变量是“类型”

当我应用 MDS 时，它运行良好并生成了新的数据集。

但我的问题在于绘图。

TypeError：列表索引必须是整数或切片，而不是 str

----> plt.scatter(x,y,c=colors[i],label=all_outliers_type.target_names[i])

Ceph在磁盘满的情况下卡住，但修复后，cephfs mds长时间卡在rejoin状态。

Ceph -s截断输出：

我检查了 mds1 的日志，它说mds.0.cache failed to open ino 0x101 err -116/0。

谁能帮我修复 mds 并使 fs 健康？

Ceph 版本：

完整的 mds 日志在这里：

期待您的帮助，谢谢！

我正在尝试使用eurodist数据集进行一些 MDS 分析，但是当我绘制配置时，我得到了一个颠倒的图表：

当我在经典 MDS 上时，我可以通过在 x 轴上进行反射来避免这种情况：

因此，我能够生成正确的地图：

但是，当我执行度量 MDS 时，如何从smacofSym函数中获取 x 和 y 点对我来说并不那么明显，因此我不知道如何在以下代码之后纠正绘图的颠倒：

任何帮助表示赞赏，谢谢。

我正在尝试绘制 PCoA，但该图对我来说没有多大意义。

以前，我使用 10 种沿海植物物种在 5 种不同处理（改变水和盐度）下的重要性数据运行 PERMANOVA (adonis)，并且为此我使用了 Bray-Curtis 矩阵。使用相同的数据，我正在尝试绘制 PCoA。我的对象太大，所以我只选择了其中的一部分作为示例。这是代码：

这就是我得到的（agua表示水，sal表示盐度）：

我想绘制物种（名称）来代替点和处理，如矢量。这可能吗？

我已经为每种治疗分别尝试了另一种方法，如 MDS（使用 metaMDS 函数），但我得到了错误：

min 没有不可缺少的参数；返回 Inf

有人可以建议我如何以更好的可视化方式绘制 PCoA 或提出更好的建议吗？我在这里阅读了其他问题，但我真的找不到任何我可以使用或适应的东西。

非常感谢，T。

我有一个 SSIS 包，可以将记录更新或插入到 MDS stg 表中。这是基于源表到 MDS stg 表的插入和更新的增量加载。

这个过程完全适用于 MDS 阶段表。

我正在执行存储过程udp_XXXXX_Leaf，通过此执行，我可以在 MDS 前端看到记录。

但是当我更新一条记录时，例如针对特定代码，我更新了源系统中的名称，它反映在 stg 表中，但没有反映在 MDS 的前端，插入工作正常，但不是更新。

谁能帮我解决这个问题？

谢谢 - 非常感谢。