我如何确定 metaMDS 何时应用于我的社区数据的转换类型autotransform=TRUE？
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请参阅 的帮助?metaMDS。详细信息部分解释了该函数的作用。尤其是
转换：如果数据值大于常见的丰度类尺度，则函数执行威斯康星双标准化 (
wisconsin)。如果值看起来非常大，该函数还会执行 sqrt 转换。通常发现这两种标准化都可以改善结果。但是，限制是完全任意的（目前，数据最多 50 个触发器sqrt和 9 个触发器wisconsin）。如果您想完全控制分析，您应该autotransform = FALSE独立设置、标准化和转换数据。autotransform用于社区数据，对于其他数据类型，您应该设置autotransform = FALSE. 此步骤使用metaMDSdist.
如果您在运行metaMDS开始执行随机启动之前查看打印到屏幕的输出，它将打印使用的转换：
library('vegan')
data(varespec)
set.seed(1)
metaMDS(varespec)
> metaMDS(varespec)
Square root transformation
Wisconsin double standardization
Run 0 stress 0.1843196
Run 1 stress 0.2455912
Run 2 stress 0.2169407
....
于 2020-04-11T20:13:03.753 回答