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我将不同的文本聚集成 15 个集群。

文本格式如下：

我将文本转换为 100 维的 Word2Vec。现在我有 15 个集群，我想绘制它们。

我不想绘制所有点，而是想为每个集群绘制 1 个点，这样图中就有 15 个点。我怎么做？

想法：

谢谢

我想可视化使用 LDA 算法进行的主题建模。我使用名为“pyldavis”的 python 模块和 jupyter notebook 作为环境。

它确实工作正常，但我并不真正了解 mds 参数......即使在阅读了文档之后：

mds :function 或函数的字符串表示

以 topic_term_dists 作为输入并输出 n_topics × 2 距离矩阵的函数。输出近似于主题之间的距离。有关默认函数的详细信息，请参见 js_PCoA()。如果为后两者安装了 sklearn 包，则字符串表示当前接受 pcoa（或大写变体）、mmds（或大写变体）和 tsne（或大写变体）。

有人知道btw有什么区别吗？mds='pcoa'，mds='mmds'，mds='tsne'？

谢谢！

应该是一个简单的问题，但到目前为止我还没有找到确切的方法。

我有一个矩阵如下：

我使用 Vegan 进行了 PCoA 并绘制了结果。现在我的问题是我想根据预定义的组为样本着色：

如何导入组，然后根据所属组绘制彩色点？它看起来很简单，但我一直在为此挠头。

谢谢！塞布

我使用 ggord 在 R 中创建 NMDS 图。它同时显示了图和物种，但我也想从图中删除所有物种名称和箭头。有什么解决办法吗？

这是我的代码：

我的情节如下所示：

假设我有一个 MDS 图，如下所示：

现在，假设 MDS 图中的所有内容看起来都完全相同（彩色点的位置没有改变）。但只有一件事发生了变化：x 轴（“第一维”）：

1）如果 x 轴范围从 -200 到 100 （而不是目前的 -100 到 50），并且点之间的距离都相同，我们可以说信噪比更好吗（即组更好地分开）因为x轴限制更大？

2) 如果在一种情况下，x 轴解释了 25% 的变化，但在另一种情况下，x 轴解释了 75% 的变化，如果在两种情况下，点彼此之间的距离都相同，我们可以说在第二种情况下，S:N 比更好，因为这些点（样本）之间的距离可以用更多的变化来解释？

感谢您对这些问题提出您的想法！

您好，我正在尝试运行 MDS 来创建绘图，这些是我的数据

这是我的代码

mds<-metaMDS(macnally, k=2, distance="bray", autotransform=FALSE, trymax=100)

但我得到这个错误：

FUN(X[[i]], ...) 中的错误：仅在具有所有数字变量的数据帧上定义此外：警告消息：在 Ops.factor(left,right) 中：'<' 对因子没有意义

可以帮助我，以便我可以绘制它吗？太感谢了

我需要绘制一个带有向量的 MDS，以显示我的物种的丰度变化。我需要只有向量的情节

这是我的每个物种和代码的丰富数据

我正在使用这些代码来创建数据框

这是我用来绘制图表的代码

但我无法绘制任何图形并出现错误（错误：ggplot2 不知道如何处理 metaMDS/monoMDS 类的数据）。

我想要这样的东西

谢谢

我对 R 相当陌生，我希望很好地可视化我的 368k 客户的 k-means 细分，其中 36 个变量分为 6 个细分。

为此，我相信我需要先对数据集进行 MDS 才能绘制它，但我似乎总是遇到同样的问题，即 R 无法分配该大小的向量长度。

我一直在研究其他方法，例如 NMDS，但仍然遇到类似的问题。想知道是否甚至可以将缩放值存储为向量以外的其他东西作为解决方法？

意识到这可能太大而无法可视化，而且可能甚至不值得这样做。

欢迎任何提示或指导。

我尝试使用的代码是：

这给了我“错误：无法分配大小为 1.4 Mb 的向量”消息

然后我打算使用以下代码来拟合和绘制图形：

我正在使用下面的代码来询问有关使用分组来更改椭圆线类型的问题。

对于这个例子，我想用虚线椭圆表示 setosa 和 versicolor，用实心椭圆表示Virginica。这在虹膜的“组”列中标识。有什么建议么？

我想对 pyspark DataFrame 执行多维缩放。我知道如何使用 pandas + sklearn 解决我的问题，但我正在努力处理 spark 数据框。这是基于熊猫的解决方案：

关于上面算法的第一部分，我有一个算法的想法，但是不知道怎么实现。

第二个问题是如何应用manifold.MDS。