r - r - ggord NMDS 图按组的点状和实心椭圆

Question

我正在使用下面的代码来询问有关使用分组来更改椭圆线类型的问题。

# to install ggord
library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")

library("ggord")
library("vegan")
library("data.table")

irises <- iris

irises <- as.data.table(irises)

irises[, Group := as.factor(c(rep("Dotted", 100), rep("Solid", 50)))]

ord <- metaMDS(irises[, 1:4])

ggord(ord, irises$Species, poly = FALSE, vectyp = irises$Group)

对于这个例子，我想用虚线椭圆表示 setosa 和 versicolor，用实心椭圆表示Virginica。这在虹膜的“组”列中标识。有什么建议么？

Answer 1

v1.1.3 包含一个polylntyp参数。

library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")

library("ggord")
library("vegan")
library("data.table")
library("ggplot2"

irises <- iris

irises <- as.data.table(irises)

ord <- metaMDS(irises[, 1:4])

p <- ggord(ord, irises$Species, poly = FALSE, polylntyp = irises$Species)
p

# change defaults
p + scale_linetype_manual(values = c('solid', 'solid', 'dashed'))