我们有一个物种存在表（二进制：1=存在，0=不存在）。使用metaMDS该vegan软件包时，它会在绘制时产生我们数据的水平分布，而不是集群。

我们尝试使用不同的距离方法（Euclidean、Bray、Jaccard），但它们似乎都产生了相同的图。

myfungi.all看起来像这样：

我们的脚本如下所示：

有没有人有什么似乎是问题的建议？

目前我们的情节是这样的：

我正在尝试使用非度量多维缩放在两个轴或组件中可视化我的高维数据集。此功能在 scikit-learn 库中可用。这是我的代码：

n_init 的默认值为 4，max_iter 为 300，n_jobs=None（表示 -1）。即使我减少了默认值并增加了 n_jobs，这也需要永远运行。它也让我的笔记本在一段时间后崩溃。我应该提到我的数据有 20000 行，当我保留代码的注释行（只有 100 行）时，它可以工作。有谁知道我怎样才能使这项工作？更快或以某种方式确保笔记本电脑不会崩溃。

我运行 metaMDS 并希望通过基于某些数据框字符的分组来绘制和颜色代码。在我的原始数据框中，df$yr 是年份，df$2 是网站。我想按年着色。

我也从这篇文章中尝试过：

没有情节

一）问题

假设我有一个这样的矩阵，其中包含不同人家之间的距离（以公里为单位）。

我有一个这样的数据表：

我想做多维缩放（距离不同）来可视化 i）每个人与另一个人的生活距离；ii）每个人投票给哪个政党（每个政党的颜色不同）

二）目前的结果

我当前的 MDS 图（用 SPSS 制作）是这样的（我不使用代码行，而是 SPSS 中的菜单命令）。：

III) 预期结果

我想根据这个人投票给哪个政党为每个人添加不同的颜色：

四）问题（S）

我可以在SPSS中做到吗？如何在矩阵中添加有关投票的数据以及如何在 MDS 图中显示？

编辑 R. R 有完全相同的问题和解决方案 ）创建双标签 MDS 图 但我想在 SPSS 中进行。

I have a NMDS plot overlaid with PCA scores. I have 45 PCA vectors that are each an animal species.

The issue is that the labels of my arrows (animal names) overlap one another. I was wondering if there was a way I could make the graph interactive such that one could hover over one of the PCA vector (red arrow) to make the name of the animal appear?

Here is the code I used to produce the graph:

Show the sites on the NMDS solution

sites:

PCA vectors (and not NMDS) overlaid onto the NMDS Calculates species vectors

adds species vectors on NMDS plot

我正在尝试将维度减少到从 64535 x 67 矩阵到 64535 x 2 矩阵的二维。我不确定为什么下面的拟合变换计算会挂起的原因是什么，除了这是一个大矩阵和一个大缩减的事实。难道 mds 不具备处理这么大的矩阵/缩减的能力吗？有解决方法吗？

我对数据科学还很陌生，想用简单的话（比如教你的祖母）知道度量和非度量多维缩放之间的区别是什么。

我已经用谷歌搜索了 2 天并观看了不同的视频，并且无法完全理解人们用来描述差异的一些术语，也许我缺乏一些基本知识，但我不知道在哪个领域，所以如果你在解决这个问题之前，我应该对我应该有一个深刻的了解有一个想法，我会很感激你的建议。这是我所知道的：

多维缩放是一种减少维度的方法，以便能够以更友好的方式可视化或表示数据。我知道 MDS 有几种方法，如公制和非公制、PCA 和 FA（也许 FA 是 PCA 的一部分，我不确定）。

我试图应用这个的例子是一组数据，显示不同的城市和与这些城市相关的属性。例如，对于 1-7 的分数（1 最低 - 7 最高），这是每个城市的分数和相应的属性。

柏林--------- 4 --------- 2---------------- --------5------------6

日内瓦---------6 --------- 3----------------- ------7------------7

巴黎------------ 3 --------- 4------------- ---------6-------------7

巴塞罗那----- 2 --------- 6--------- --3-------------------------4

我如何知道我应该使用公制 MDS 还是非公制 MDS。是否有一般的经验法则或简单的逻辑可供我在不深入技术流程的情况下做出决定。

谢谢

我想问一下是否有人在 R 中使用 MDS 和语料库（不是数字数据，而是文本）？如果是，我需要技术帮助（可用脚本，MDS 脚本遵循哪个功能？

谢谢你的回答安德里亚

我们最近从 SQL Server 2014 迁移到 2017 并升级到 Windows 10。迁移后我们已经安装了 Excel 的 MasterDataServices 2017 插件。该插件出现在我的 Office 365 Excel 应用程序中。但是，当我尝试添加连接并测试连接时，它要么挂起，要么没有任何反应。

在网上搜索后，我看到了一个禁用和重新启用 Excel 插件的选项，这似乎对某些人有用。然而，这对我也不起作用。

由于 Excel 是我们的业务用户用来管理这些数据的主要前端 - 我们现在被过时的数据所困扰。任何帮助将不胜感激。

提前谢谢了。

请让我知道我是否需要任何其他细节来澄清这个问题。

更新 1：链接到禁用和启用插件的战术修复 https://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/686e92ba-9d4d-4fe5-9ebc-c9e207a710fb/mds-2016-excel-plug -不工作

https://answers.microsoft.com/en-us/msoffice/forum/all/sql-server-2017-mds-add-in-for-excel-does-not/11c6d519-f92a-448f-b338-ec6b430ad867

更新 2：我在下面的累积更新 13 中进一步发现了问题，但我们已经在 18 上。

https://support.microsoft.com/en-au/help/4469292/cannot-connect-to-the-mds-database-using-the-mds-add-in-for-excel

我正在尝试确定盐度是否对无脊椎动物群落结构有任何影响。我已经设法制作了我的 NMDS，但每次我尝试 ordiplot 或 envfit 时都会出现数据类型不合适的错误。我可以使用另一个矢量命令吗？

这是我的数据

输入（无脊椎动物）

社区矩阵

NMDS

以及如何更改图例标题？尝试了所有额外的命令，但出现了错误。

谢谢