问题标签 [heatmaply]

我正在使用 heatmaply 生成二进制矩阵的“热图”，其中矩阵中的每个值都是 1 或 0。我将 1 设置为红色，将 0 设置为灰色，它工作正常。代码如下所示：

这适用于第一种情况（其中 dummy_data 包含 1 和 0）。但是，uniform_data 只有 1，代码生成了一个全灰色的热图。

我希望热图全是红色。我怎样才能做到这一点？我尝试将颜色更改为c("red", "#C0C0C0"),c("red","red")和c("red")，但这没有效果。

我的会话信息：

如何计算两棵树内（而不是两棵整棵树之间）的个体的共同距离？

我想计算两个树状图中每个个体的位置相似性/相异性，并使用 R 包 dendextend 和 heatmaply 以组合热图和树状图的行颜色显示结果。

我有一个问题，可能是 heatmaply 或 plotly 中的错误。热图侧栏中的颜色未显示我指定的颜色。请参阅下面的代码示例，在第 6 部分代码的末尾）第一个图使用 plot 函数绘制（显示颜色的简单图）正确显示颜色（黄色和蓝色）：

在热图侧栏中使用这些颜色的第二个图（热图侧栏颜色错误）：

无法正确显示它们，而是显示随机颜色。在具有真实数据的类似图中，侧边栏中甚至有红色和橙色（热图侧边栏显示红色和橙色，而颜色范围为蓝黄色）：

而所有代码都是使用蓝黄色范围生成的。任何想法可能导致此错误以及如何在侧栏中显示与其颜色代码一致的颜色？

在完整数据和数据子样本的基础上比较两棵树中叶子之间的共同相似性

在 R 中使用 heatmaply 后，我试图获取所有行元素的 5 个列表。我设置 k_row = 5，因此树状图显示 5 种不同的颜色。我只想返回一个包含 5 个列表的列表，其中每个列表都包含一个集群中的行元素。行是名称，列是类别。

基于当前用于 ngs 实验和功能富集分析结果的可视化项目，我正在尝试使用 R 包 heatmaply-the values 创建一个交互式热图，其中包含行中的特定生物过程名称和列中的特定注释基因本质上是 log2 倍数变化，无论是正值还是负值，0 表示特定基因与特定生物学机制没有相关性/关联性：

但是，如果您看到我附加的快照 png 图像，值 0（即所需的中点）在 heatmapbody 中未显示为白色，并且没有白色（同样，因为过多的离散值）在许多基因，它们用不同的颜色着色-即在ggplot2的函数scale_fill_gradient2的下限中定义的蓝色-

因此，有办法解决这个问题吗？并正确指定调色板的低端、中端和高端？

先感谢您

埃夫斯塔西奥斯

我正在尝试将交互式热图部署为闪亮的应用程序，但不仅仅是交互式热图，而是闪亮热图的精美热图，但是当我运行 deployapp 时没有任何反应

这是我的用户界面

这是我的服务器

通过运行

说

但最后什么都没有发生

已编辑

这是要在部署的应用程序中显示的数据

请问有什么帮助吗？

底部有高表达值的热图

我对 Rstudio 很陌生，我正在尝试使用 r 中的 heatmaply 函数制作热图，但在某些热图（具有不同数据）中，高表达式值（红色）显示在顶部，而另一个数据集则高表达式值显示在底部，顶部的表达式值较低，如图所示。

我对不同的数据集使用相同的代码

这是我的数据形成方式的结果吗？是否有一个命令可以让热图翻转，以便高表达式值显示在顶部，就像在我的其他热图中一样？

提前致谢！

我在 R 和 heatmaply 中创建了一个热图。我需要将此热图添加到我正在发表的论文中。热图非常大，热图的缩放非常有用。是否可以将此热图（保存时变为 .html 文件）添加到 PDF？除了超链接，还有什么方法可以添加交互式热图吗？

我有一个数据框 S=[rows x cols] 包含样本 s，这样行名告诉样本的名称，列名告诉各个样本的特征。在这个数据框中，我插入了一个测试样本 t1。现在我想提取与 t1 相似或孪生的特定样本“s”的名称和值。为此，我使用了 heatmaply() 来绘制层次聚类。观察这个图，我可以看到在第 1 阶段（迭代层次聚类过程）创建的集群只包含两个成员，一个是我的测试样本 t1，另一个成员是它的几乎双胞胎或几乎相似的样本。现在我只想从第 1 阶段制作的集群中提取与我的测试样本 t1 相似的孪生或样本 s，仅此而已。请在这方面指导我。

我对 hclust 和 dist 函数略知一二。dist 的问题在于它提供了太多信息，我想不出如何从 dist 矩阵中提取我的测试样本 t1 的孪生。我对 cutree() 有一点了解。据我所知，我认为它可以给出成员所属的集群，具体取决于参数 k 的值。因此，当 k 的值发生变化时，集群的成员也会发生变化。我想知道我是否可以利用 cutree 来获得第一阶段的集群（包含两个成员）并找到与我的测试样本 t1 相似的成员。hclust 对象的值让我特别感兴趣。例如合并和排序。也许有人可以指导我更多关于它的信息，我可以用它们来获得双胞胎

我很抱歉这篇长文。我试图以简洁的方式尽可能清楚地解释，并想表明我已经尝试了我的知识，但非常感谢您的经验来解决这个问题。

我正在使用该包heatmaply来可视化单细胞表达数据。
我想使用自定义颜色并将“黄色”分配给表达式级别> 2，将“洋红色”分配给表达式级别<-2。之间的范围[-2,2]应由“洋红色”-“黑色”-“黄色”的平滑渐变表示。

在这里，我的示例文件是一个 10 行 x 5 列的矩阵：

它产生正确的“PurpleAndYellow”颜色热图，但是它在整个范围内缩放 [-5, +5]

如果我指定 scale_fill_gradient_fun，热图的颜色变成“RdBu”幽灵（Heatmap2）：

你能告诉我如何使用 heatmaply 改变颜色和调整热图的亮度吗？