r - R heatmaply：在顶部显示高表达值

Question

底部有高表达值的热图

我对 Rstudio 很陌生，我正在尝试使用 r 中的 heatmaply 函数制作热图，但在某些热图（具有不同数据）中，高表达式值（红色）显示在顶部，而另一个数据集则高表达式值显示在底部，顶部的表达式值较低，如图所示。

我对不同的数据集使用相同的代码

heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2(low="blue",high="red", midpoint=0,limits=c(-4,6))

这是我的数据形成方式的结果吗？是否有一个命令可以让热图翻转，以便高表达式值显示在顶部，就像在我的其他热图中一样？

提前致谢！

Answer 1

热图通常基于层次聚类而不是值的大小进行排序。要根据幅度（顶部高，反之亦然）排序，您需要提供树状图（如 Tal 建议的那样）或手动重新排序数据（例如，基于行总和或行均值（或列总和/方法））。

请参阅下面的玩具示例。

mat <- scale(mtcars)
heatmaply(mat, dend = "none")
heatmaply(mat[order(rowSums(mat)), ], dend = "none")