问题标签 [upsetplot]

我一直在尝试，一整天都在尝试完成这项工作，但它开始让我生气了！我要做的就是创建一个必要的熊猫系列，以便输入到 uptplot 中，如下所述：

https://pypi.org/project/upsetplot/

我不明白 generate_data 函数是如何操纵它的集合来制作一个系列的。我会假设通过调用 set() 有一种简单的方法可以做到这一点，但我似乎找不到它。

所以我开始直接操作我的数据框，但怀疑这些尝试被误导了。

因此，我求助于在下面提供一个简单的数据框，并祈祷一些善良的灵魂可以启发我。

包装主页中的示例

我正在尝试使用基因疾病关联列表制作一个令人不安的情节。我假设我根本不明白需要哪种数据类型作为输入，因为大多数示例都使用人工创建的数据类型为“int64”的数据集。

Upsetplot：https ://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/upsetplot/latest/upsetplot.pdf和https://pydigger.com/pypi/UpSetPlot

我复制了上面链接中给出的示例，它们工作得很好。当我尝试自己的数据集时，我收到错误消息： AttributeError: 'Index' object has no attribute 'levels'

我用作输入的数据是带有布尔信息的数据框（参见附件“mydata.png” mydata boolean df）。因此，我将疾病作为列，将基因作为行，然后是关于特定基因是否与该疾病相关的布尔语句（如果需要，我可以使这听起来更具计算性）。可以在文档或屏幕截图“upsetplot_data_example.png” upsetplot_data_example中找到一个有效的示例数据集。在文档中提到了“类别成员资格”，但我不太明白那是什么数据类型。

我认为这是一个基本问题，即不了解需要什么“格式”。如果有人知道我需要做什么，请告诉我。我欢迎所有反馈。我不希望有人真正为我编写代码，但是一些指针会很有帮助。

感谢大家！

鉴于我拥有的实际集合，我想使用UpSetPlot，但我找不到任何以这种方式使用它的示例。标准示例是这样的：

生成example的位置Series如下所示。

cat0有没有办法从类别中cat1的实际元素自动生成这种计数结构cat2？

如何upsetplot在 Python 中更改模块中的 figsize？我看到有一个fig参数，但我不知道如何为它分配一个具有预定义大小的新图形。

我正在使用 google colab 进行 python 编程。但是，没有安装包 UpSetPlot。我尝试使用以下命令：

但出现以下错误：

我正在尝试将 y 轴标题移向刻度。但是，如果不切断组合矩阵标签，我会遇到麻烦。我已经尝试过 withggupset和ggplot功能。请参阅下面的代表。

谢谢您的帮助！

^{由reprex 包于 2021-07-30 创建 (v2.0.0 )}

我有一个看起来像这样的数据框，

我想在 R 中制作一个 UpSet 图以查找常见基因，并且
我想在直方图中绘制类型（SNP 或 DEL）的分布。

这是我到目前为止的代码

这是我的错误，我无法解决

非常感谢任何帮助

我正在尝试使用 uptplot 来查找数据框中列数据之间的交集。我正在使用该库的开发人员提供的代码，如下所示：

因此，上面的代码给了我一个图表作为输出，其中包含不为空（不是数字）的 df 中的单元格/pd_series 的计数。但是我想要一个代码，而不是 notna 我可以计算所有列中的“核心”项目。

我上面的代码将从这个数据框中给我（在这个例子中将数字更改为字母）：

...类似于这样的图形：

但实际上我想要的是一个包含如下信息的图表：

你们中是否有人对如何将“pd.notna”更改为另一段可以提供我正在寻找的代码的想法？提前致谢！

我正在尝试使用ComplexUpset包在不安图中绘制堆积条形图。我想得到的情节看起来像这样（在我的例子中 mpaa 将是组件）：

我有一个大小为 57244 x 21 的数据框，其中一列是 ID，另一列是记录类型，其他 19 列是从 1 到 19 的组件：

1 和 0 表示与某个组件的从属关系。如文档中的示例所示，我首先将这些 1 和 0 转换为逻辑，然后尝试绘制基本的不安图。这是代码：

但不幸的是，在处理最后一行时考虑了一段时间后，它会吐出如下错误消息：

虽然我知道我使用的是 32Gb RAM 架构，但我确信我无法将内存淹没到无法分配 167 Mb 的程度，所以我的猜测是我在 R 中管理内存有点错误。如果可能的话，你能否解释一下我的代码有什么问题。

我也知道 UpsetR 包绘制相同的数据，但据我所知，它没有提供堆叠条形图的方法。

我查看了这个问题的上一个答案并尝试创建一个列表输入，但它没有用。这是我的代码，它产生了一个可爱的不安情节，但审阅者要求从标签中删除下划线。我回到 CSV 文件并删除了下划线，但最后我用句号代替了下划线。有没有办法重新标记集合名称？