我正在尝试使用ComplexUpset包在不安图中绘制堆积条形图。我想得到的情节看起来像这样(在我的例子中 mpaa 将是组件):
我有一个大小为 57244 x 21 的数据框,其中一列是 ID,另一列是记录类型,其他 19 列是从 1 到 19 的组件:
ID component1 component2 ... component19 type
1 1 0 1 a
2 0 0 1 b
3 1 1 0 b
1 和 0 表示与某个组件的从属关系。如文档中的示例所示,我首先将这些 1 和 0 转换为逻辑,然后尝试绘制基本的不安图。这是代码:
df <- df %>% mutate(across(where(is.numeric), as.logical))
components <- colnames(df)[2:20]
upset(df, components, name='protein', width_ratio = 0.1)
但不幸的是,在处理最后一行时考虑了一段时间后,它会吐出如下错误消息:
Error: cannot allocate vector of size 176.2 Mb
虽然我知道我使用的是 32Gb RAM 架构,但我确信我无法将内存淹没到无法分配 167 Mb 的程度,所以我的猜测是我在 R 中管理内存有点错误。如果可能的话,你能否解释一下我的代码有什么问题。
我也知道 UpsetR 包绘制相同的数据,但据我所知,它没有提供堆叠条形图的方法。