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我正在尝试使用基因疾病关联列表制作一个令人不安的情节。我假设我根本不明白需要哪种数据类型作为输入,因为大多数示例都使用人工创建的数据类型为“int64”的数据集。

Upsetplot:https ://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/upsetplot/latest/upsetplot.pdf和https://pydigger.com/pypi/UpSetPlot

我复制了上面链接中给出的示例,它们工作得很好。当我尝试自己的数据集时,我收到错误消息: AttributeError: 'Index' object has no attribute 'levels'

我用作输入的数据是带有布尔信息的数据框(参见附件“mydata.png” mydata boolean df)。因此,我将疾病作为列,将基因作为行,然后是关于特定基因是否与该疾病相关的布尔语句(如果需要,我可以使这听起来更具计算性)。可以在文档或屏幕截图“upsetplot_data_example.png” upsetplot_data_example中找到一个有效的示例数据集。在文档中提到了“类别成员资格”,但我不太明白那是什么数据类型。

我认为这是一个基本问题,即不了解需要什么“格式”。如果有人知道我需要做什么,请告诉我。我欢迎所有反馈。我不希望有人真正为我编写代码,但是一些指针会很有帮助。

感谢大家!

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最近发布的数据格式指南可能会有所帮助。也许您需要在传入数据框之前将这些布尔列设置为数据框的索引,尽管最终它可能更易于使用from_contentsfrom_memberships描述您的数据。

然而,在未来的版本中,不安的情节有望使输入格式更容易

于 2021-07-14T11:04:32.240 回答