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如何计算ggadjustedcurvessurvminer 函数的变异指数（SE 或 CI）？我正在使用条件方法。任何人有任何输入或资源？

背景：在为期 4 年的半年随访时间中，患者可能会切换到不同的药物组。为了解决这个问题，我将生存数据转换为计数过程形式。我想比较药物组 A、B 和 C 的生存曲线。我正在使用扩展的 Cox 模型，但想对每个危险函数进行成对比较或进行分层对数秩检验。pairwise_survdiff我认为，由于我的数据形式而引发错误。

示例数据：

问题：

survdiff在survival包装中使用时，

我得到错误：

我认为这源于计数过程形式，因为我在网上找不到比较随时间变化的协变量的生存曲线的示例。

问题：是否有快速解决此问题的方法？或者，是否有具有相同通用性的替代包/功能来比较生存曲线，即使用不同的方法？如何使用survidff计数过程表单数据实施分层对数秩检验？

注意：这在 survminer 包中被标记为已知问题，请参阅此处的 github 问题，但更新 survminer 并没有解决我的问题，并且使用一个时间间隔，tstop-tstart 将不正确，因为那会离开，例如，在 6 个月内多次输入，而不是按照实际的风险间隔。

我正在对某些单个组件保留在软件项目的源代码中的时间进行生存分析，但其中一些组件正在被survfit函数删除。

这就是我正在做的事情：

这是输出

我预计事件的数量是 69，但我有 12 个科目被丢弃。

我最初以为我在滥用包功能，并采取了一种type="interval2"方法，在类似的情况下，但随着现在奇怪的连续数量的主题和事件计数不断下降：

接下来，我找到了我所谓的半空中解释，进一步澄清了情况。我知道这是由于在“恒定审查时间”之后出现的未审查对象造成的，但同样，为什么？

这让我以某种方式深入挖掘并阅读了有关右截断的信息，并意识到这种类型的研究与我正在经历的下降非常接近。这是克莱因和莫施伯格：

当仅观察到事件时间位于某个观察窗口$(Y_L,Y_R)$内的那些个体时，就会发生生存数据的截断。未观察到事件时间不在此区间内的个体，且调查人员无法获得有关该主题的信息。

当$Y_L$等于 0 时发生右截断。也就是说，我们仅在$X \leq Y_R$时观察生存时间$X $ 。

从我的角度来看，无论何时进入，这些水滴都为我的研究提供了重要信息。

我怎样才能停止滴？

我想知道是否有一种方法可以将两个箭头添加到森林图的 x 轴，类似于此示例中显示的内容：如何将箭头添加到森林图？（此代码不适用于 ggforest）

这是示例代码：

而且我希望 x 轴下方的两个箭头指向任一方向，并带有“风险增加”和“风险降低”的注释。

我有 583 名 2 型糖尿病患者的样本数据，想计算每位患者事件的 5 年发病概率。收集的变量是 5 年审查的事件变量的时间、事件状态和 38 个独立参数。

Cox 回归对所有变量都给出了不显着的结果，因此应用了为 cox 家族指定的弹性净回归。

使用了 R 中的以下命令：

获得贝塔系数后，风险评分 (RS) 由 RS = B1*X1 + B2*X2 + ... + Bn*Xn 确定。接下来，我要计算该事件的 5 年概率。莫尔纳等人。（2017）使用公式“1 - S（5）EXP [RS]”和Yang等人。(2007)使用公式“1 - S(5)EXP[RS - RS 的平均值]”。

我的问题是：

1) 应用glmnet后如何计算生存函数S(t)？survfit 命令是一个选项吗？杨等人。指出当风险评分取其平均值时，S(t) 是 t 年的生存函数。如何确定？

2) 哪个公式是更好的选择？我找不到关于杨等人开发的公式的任何背景。

任何帮助将不胜感激。

我正在使用包“survival”来拟合具有时间间隔的 cox 模型（间隔为 30 天）。我正在从 xlsx 工作表中读取数据。我不断收到错误消息，说我的停止时间必须大于我的开始时间。起始值都小于终止值。

我检查以确保这些被读取为它们的数字。我还将它们更改为没有解决问题的整数。我使用此代码查看是否有任何观察符合此标准：

大约一半的数据集符合这个标准，但是当我查看数据时，所有的开始时间似乎都小于结束时间。

有谁知道为什么会发生这种情况以及我该如何解决？我是一个 R 新手，所以也许有一些我不知道的明显的东西？

在此处输入图像描述

我有一个每行分组观察的数据集。但是，我想将每行观察从每个重复的单个观察扩展到设定的数量（在这种情况下，每个观察为“20”个）。

在附图中，

每个重复都是一行。我想将每一行扩展为 20。因此，“LS x SB”的“wellA”将扩展为同一行的 20。作为奖励，我还想创建一个名为“Replicate2”的新列，以数字方式列出 1 到 20，以反映每个复制的这 20 个新行。

然后这个想法将添加每个人的生存状态（反映在新列“状态”和“事件”中）。

我认为 tidyr 中的“扩展”功能具有潜力，但无法弄清楚如何为每个复制添加一个固定数量。使用“活着”列添加可变数量的观察值。

任何帮助表示赞赏！

我试图获得用于生存分析的 Gumbel 分布的对数似然的最大似然估计量（我这样说是为了让你不会被对数似然函数迷惑，我认为它是正确的）。为了做到这一点，我必须通过使用 optim 函数来最大化负对数似然，我试图这样做，但控制台在 fn(par, ...) 中给了我一个错误：缺少参数“b”，没有默认值。

我也尝试以与此链接的答案类似的方式执行此操作：在约束条件下使用两个参数求解最大似然性，但控制台游戏我如下： optim(c(1, 1), function(x) 中的错误) log_lhood(x[1], x[2], d = lung$status, : 优化中的目标函数计算为长度 0 而不是 1。

I am trying to use mstate package in R, for which I have to use coxph function using strata command. Here is a sample code:

I would like to assign an offset term only in the model for transition=3 (i.e. transition from illness to death) so that I can estimate the impact of different treatment effects by changing the offset term. Now, I can assign an offset term for all strata by

My question is how I can assign an offset term, for example, with coefficient=2 in the above code only for transition = 3 or strata=3? Note that I plan to run the following code from mstate package after. I would really appreciate any help on this.

我有一组等待器官移植的患者数据集。事件是死亡时间。该集合包含以下变量：患者ID、时间、状态、年龄、性别、体重指数、疾病。我通过使用加速故障时间模型制作了一个等待名单上患者的生存时间模型，它作为协变量年龄、性别、bmi 和疾病的函数，其中基线分布由对数正态分布给出。

现在，我需要对 60 岁且 bmi 为 23 的男性纤维化（疾病 = 2）患者的生存曲线进行预测，并且我还需要在该曲线上添加逐点置信区间。

所以当我运行这段代码时，我得到了我的预测模型，但现在我必须在这个图中添加一个逐点置信区间。我该怎么做？我已经尝试过 conf.type 但这并没有做任何事情。

编辑：我使用以下代码来计算和绘制置信区间：

所以现在我可以绘制置信区间了，但现在的问题是如何让虚线一直持续到跟进结束？

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